В пользу антисионистской версии говорило имевшее широкое хождение в самиздате в конце 1970-х годов анонимное «Письмо священнику Александру Меню», которое, конечно, читал и отец Александр. «Важнейшей задачей сионизма, — указывается в письме, — является борьба с христианством и, прежде всего, с Православием как наиболее верным хранителем евангельской истины. <…> Поэтому сионизм особенно заинтересован иметь в Православной Церкви своих „постовых“, которые встречали бы людей, искренне идущих к истине, и провожали бы далеко от нее, стараясь, однако, уверить, что ведут их верно, именно к Православию. <…> Таким „постовым“ сионизма в Православии и являетесь Вы, отец Александр». Через несколько лет после смерти в 1986 году известного богослова, митрополита Ленинградского и Новгородского Антония (Мельникова), это письмо было опубликовано в интернете на ряде сайтов от имени митрополита Антония. Однако бывший референт Отдела внешних церковных сношений Московской патриархии, близко знавший митрополита Антония и рукоположенный им в священный сан игумен Иннокентий (Павлов) сообщил о том, что авторство митрополита Антония в данном случае является подлогом. По словам игумена Иннокентия, подложным является не только содержание, но и сам жанр «открытого письма», поскольку в советское время «не было такого СМИ, где его было возможно „открыть“».
Лидер национально-патриотического фронта «Память» Дмитрий Васильев открыто заявлял, что Александр Мень — еретик и что как проповедник он «не только приносит вред, но и очень опасен». В этой связи группа Лещенкова подробно прорабатывала версии, инспирированные «церковным» отделом КГБ и изложенные в газетных публикациях о «еврейском заговоре» внутри общины отца Александра, который якобы существовал для разрушения РПЦ изнутри. Следователи группы Лещенкова выясняли, в частности, «является ли богоизбранность евреев по рождению выражением расовой теории», а также «каким образом относились к о. А. Меню люди, традиционно воспитанные в иудаизме». Также Ивана Лещенкова интересовала тема ритуальных убийств, якобы практикуемых в талмудическом иудаизме, поднимавшаяся еще в начале XX века на следствии по делу Бейлиса. Эта тема возникла в попытке проследить взаимосвязь трех вышеупомянутых убийств священников. Но погибшие вскоре после отца Александра служители церкви были убиты дома, и, как выяснилось, причина их смерти не связана с его смертью. С игуменом Лазарем (Солнышко) отец Александр был знаком лишь постольку, поскольку, обращаясь к митрополиту, он был вынужден общаться с его секретарем. С отцом Серафимом (Шлыковым) вообще знаком не был.
Основная «антисионистская» версия сводилась к тому, что убийство отца Александра — дело рук православных архиереев. Так, в публикации еженедельника «Аргументы и факты» (№ 39 за 1991 год) указывалось, что «бывший сотрудник церковного отдела КГБ» сообщал о том, что отец Александр перед смертью якобы получил «материалы, компрометирующие высшее церковное, партийно-государственное и чекистское руководство». Известно, что никто из представителей Русской Православной церкви не принес своих соболезнований вдове отца Александра до момента его похорон, за исключением митрополита Ювеналия, служившего панихиду на его могиле. В послании, которое было направлено в день похорон отца Александра патриархом Алексием II, было указано: «В своем богословском дерзновении отец Александр иногда высказывал суждения, которые без специального рассмотрения нельзя охарактеризовать как безусловно разделяемые всей Полнотой Церкви». Позже русско-американский журнал «Вестник» опубликовал гипотезу бывшего сотрудника журнала «Совершенно секретно» Вадима Молодого, в которой утверждается, что отец Александр Мень имел информацию о сотрудничестве очень высокопоставленных чинов РПЦ с КГБ и записал интервью с соответствующими разоблачениями.
