Институт располагался в подмосковной Балашихе, и зачастую там поселялись как студенты, так и преподаватели. На охотоведческом факультете было немало выходцев из тайги и заповедников, их характеры напоминали героев Джека Лондона, а надежность в дружбе ценилась особенно высоко.
Первые два года учебы в институте были особенно счастливыми для Александра. Природа вокруг здания института, организованного в бывшем имении, построенном по проекту Бажова, а к началу 1950-х реконструированном под служебные корпуса института и общежитие, была чудесной. Учебные корпуса окружал большой старинный парк, хотя и поврежденный новыми постройками. За парком начиналось поле, за которым виднелся лес. На поле из леса часто выходили лоси, отстрел которых в те годы был запрещен, что помогло значительному росту их численности. Рядом с институтом располагался зверосовхоз, а в охотничьем хозяйстве «Серпуховское» институт разводил пятнистых оленей. Учебные практики часто проводились в учебно-охотничьем хозяйстве в Калужской области, где находилась первая в СССР лосиная ферма и под руководством преподавателей института велись исследования по одомашниванию лосей.
Мест в общежитиях студентам-москвичам не давали, и первые два года учебы Александр с кем-нибудь из знакомых студентов снимал комнату на двоих в ближайшей деревне. Как это всегда бывало, его комнатка стремительно заполнялась книгами. Свой день в деревенской комнате он начинал с чтения утреннего правила — здесь было тихо и уединенно. Одновременно с углублением в биологию и зоологию Александр продолжал религиозно-философское самообразование.
Занятия в институте профильными предметами, лабораторные работы и поездки в заповедники были в радость для Александра. Изучение физики и химии давалось труднее и казалось менее значимым, чем исследование созданных Творцом форм жизни.
В первые дни занятий в институте Александр познакомился с Глебом Якуниным, учившимся в «пушмехе» на курс старше, вместе с Виктором Андреевым. Юноша с огненно-рыжей шевелюрой подсел к Александру в электричке, обратив внимание на книгу по истории папства, которую читал Алик в перерывах между общением с однокурсниками. Глеб интересовался восточными религиями, что было очень нетипично в то время. Александр предложил ему книгу по истории Древнего Востока. Обозначились общие интересы.
«Сверхсознание» Лодыженского, о котором Александр упоминает в «программе саморазвития» за 1953 год, дал ему прочесть именно Глеб. Александр с интересом читал и конспектировал Лодыженского, но теософия, историю которой исследовал в то время Глеб, не была близка Александру. Лодыженский в своей книге устанавливает апологетическое значение мистических явлений. Александр же через дискуссии с Валентиной Сергеевной Ежовой и Ватагиным давно пришел к тому, что теософское учение о возможности постижения Бога с помощью мистического откровения и интуиции, доступных избранным людям, уходит корнями в потусторонние явления, в то время как сам Александр отчетливо ощущал присутствие в мире Живого Бога и Его постоянное участие в событиях своей жизни. Тем не менее глубокий интерес Глеба к истории теософии вызывал уважение и симпатию Александра. Они стали друзьями. Впоследствии несколько лет они снимали комнату на двоих, и Александр написал немало страниц своих произведений под звуки кларнета, которым со времен музыкальной школы увлекался Глеб.
Студенты группы, в многонациональном составе которой оказался Александр, быстро сдружились. Александр с его открытостью и живым интересом к людям дружил со всеми.
Вот как вспоминает об Александре в студенческие годы его однокурсница Валентина Бибикова:
«…Он был и биолог, а самое главное — отличный человек, умный, добрый, веселый, наш друг. Все мы, неверующие, никогда не влезали в его церковные дела: они не мешали нам очень любить его.
На охотоведческом факультете мы получали очень разностороннее образование. Помимо занятий, работали и кружки. И вот на одном из заседаний зоологического кружка с докладом выступил худенький черноглазый первокурсник-заочник Алик Мень. Он говорил о роли руки в развитии и становлении человека. Преподаватели обомлели: Алик развивал свою теорию, которая отличалась от теории Энгельса. Время было уже не сталинское, но еще лысенковское. Думаю, что преподавателям стало страшновато, и поэтому они попробовали поспорить. И вдруг выяснилось, что спорить трудно: Алик уже много знал, читал книги, о которых преподаватели только слышали, и доказывал всё так убедительно, что было невозможно не согласиться. В 18 лет мы ничего этого не знали, но когда свой брат „кладет на лопатки“ преподавателей… Восторг!»
Этот эпизод его студенческой жизни со слов самого отца Александра Зоя Масленикова описала так:
