Параллельно Владимир Афанасьевич занимался изучением истории старообрядчества, а также сект. В работах он доказывал, что горизонтальные религиозные структуры должны быть оставлены в СССР (в отличие от вертикальных структур – Русской православной церкви); что такие общины являются первичными коммунистическими ячейками. В начале 1930-х в этом районе находят убежище гонимые в других регионах старообрядческие пастыри, тут же обосновываются катакомбники.
С конца 1920-х Галкин на городских собраниях открыто высказывался о положении в стране. Он выступал против растущей бюрократизации общества, против происходившего в те годы постепенного ограничения демократии. Такие взгляды Владимира Афанасьевича вызывали недовольство властей, и он подвергся преследованию. От репрессий его на время спасло поручительство Надежды Константиновны Крупской. С начала 1930-х годов за Владимиром Афанасьевичем велось наблюдение со стороны одного из агентов НКВД, учителя Матвеева. Галкин этого не вынес и заболел реактивным психозом. От нервного заболевания вылечился у профессоров Ганнушкина и Внукова.
21 ноября 1937 года ночью в дом Галкина явились работники НКВД, произвели обыск, но ничего не нашли, забрали лишь несколько брошюр. Владимира Афанасьевича арестовали по 58 статье и особым совещанием приговорили к пяти годам лагерей, но в реальности срок растянулся на девять лет. Мотивом для ареста послужил мнимый разгон Галкиным Совета рабочих депутатов в 1917 году, а также укрывательство врагов народа. На допросах выяснилось, что в общей сложности с 1933 года на Галкина регулярно писали доносы 12 человек.
Сначала его отправили в Покровскую тюрьму, затем в Таганку, Кресты, а оттуда в лагерь на Медвежью гору и в город Каргополь. О его пребывании в ГУЛАГе почти ничего не известно, сам он никогда не рассказывал о годах, проведенных там, а его товарищи по несчастью, кто мог бы что-то вспомнить, почти все умерли в первые годы заключения. Есть лишь информация, что в лагере Галкин устроился фельдшером, а также специализировался на написании жалоб заключенных.
В апреле 1946 года Галкин был отпущен из лагерей с поражением в правах. Но жить в Орехово-Зуеве ему запретили, и поселился он в городе Киржач Ивановской области, где стал работать учителем математики и физики в вечерней средней школе рабочей молодежи. В выходные дни приезжал в Зуево на свидание с родственниками. В этот год он принял деятельное участие в возрождении старообрядческой общины в Киржаче. Галкину повезло с компанией в этом городе – там жил ссыльный Дмитрий Краснов, один из активистов владимирских анархистов в 1910-1920-е годы. Он, как и Галкин, получил в 1937-м пять лет ГУЛАГа, вышел только в 1945-м. Вторым его товарищем стал активист старообрядцев-неокружников отец Савва Григорьевич Буянов. Как и Галкин, Савва Буянов был родом из Орехово-Зуева, в Киржач был сослан как антисоветский элемент – бывший член партии эсеров (в священники он был тайно рукоположен в конце 1930-х). Все трое задумывают открыть артель – последнюю доступную для людей при Сталине форму самоорганизации. Но идею не удалось осуществить. В 1948 году на всю троицу пишет донос местный священник РПЦ, недовольный активностью старообрядческой общины. В частности, одним из пунктов его обвинения было то, что компания организовала массовые регулярные походы-моления на святыню старообрядчества – озеро Светлояр (в соседней Горьковской области), где, по легенде, скрылся Китеж-град.
В конце 1948 года Дмитрия Краснова высылают в Ухту в Коми, отца Савву Буянова – в город Канаш в Чувашии, а Владимир Галкин получает 10 лет ГУЛАГа (сидел он в лагере в Мордовии).
Галкин выходит из лагеря по амнистии 1953 года, ему уже 67 лет. Наконец, по прошествии 16 лет, ему разрешают поселиться в Орехово-Зуеве. Заведующий гороно на работу в школу его не принял, помог секретарь горкома КПСС Шкурко – по его указанию Галкина назначили учителем математики в школу № 11. Потом Владимир Афанасьевич переходит на работу в вечернюю школу завода «Респиратор». Из ГУЛАГа он вернулся больным (двусторонняя грыжа). Доктора предлагали оперироваться, но его знакомый врач Кун строго-настрого запретил это делать: «Хочешь жить – живи так».
Галкин возобновляет рукописные журналы «Злоба дня» и «Будильник», на дому по субботам он полуподпольно читает лекции о марксизме, анархо-коммунизме, старообрядчестве, а также о своих старых знакомых, которых уважал и любил всю жизнь, – о космисте Морозове и писателе Платонове. На дом к нему продолжают приезжать чудом уцелевшие в сталинской мясорубке анархисты и вообще старые революционеры.
После долгих лет мучений В.А. Галкин решается на операцию. 25 сентября 1961 года, после операции в Первой городской больнице, которую делал хирург Мороз, Владимир Афанасьевич умер. Через два дня его похоронили на старообрядческом Зуевском кладбище.
