В течение 10 лет отряды так называемой вооруженной оппозиции, которые всегда многократно превосходили правительственные силы, не имели постоянного состава. Не было и четкой организационно-штатной структуры вооруженных формирований. Низшим звеном являлась боевая группа, в состав которой входило от 15 до 20 человек. Группы объединялись в отряды, которые являлись основной тактической единицей сил вооруженной оппозиции. В зависимости от обстановки отряд мог насчитывать 150-200 человек. В 1984 – 1985 гг. появились так называемые «исламские полки» или «дивизии», которые по структуре и организации мало отличались от обычных армейских частей и соединений. Многие из них существовали лишь номинально. Созданные по родоплеменному и территориальному признаку и лишенные достаточной материальной базы, они, по сути, оставались на уровне прежних отрядов.
Наряду с «полками» в некоторых районах Афганистана создавались отдельные партизанские батальоны. В 1987 г. военным комитетом штаб-квартиры Исламской партии Афганистана был разработан план создания маневренных полков на уровне отдельных провинций.
Вся территория страны, с учетом их важности в антиправительственной деятельности, была условно поделена на зоны. Имелись зоны, откуда отряды (группы) оппозиции проводили вылазки и налеты. Были зоны, в которых моджахеды «растворялись» среди мирного населения и действовали скрытно. Существовали правительственные зоны, куда иррегулярные формирования проникали тайно только для выполнения конкретной задачи в течение непродолжительного времени.
В зависимости от численности, вооружения, уровня подготовки иррегулярные формирования могли выполнять различные боевые задачи.
Боевые группы, располагаясь обычно в кишлаках, совершали диверсии на близлежащих коммуникациях – подрывали мосты, трубопроводы. Они минировали дороги, нападали на малочисленные войсковые гарнизоны, административные здания с целью уничтожения и психологического воздействия. Легкое вооружение обеспечивало группам большую маневренность, позволяло осуществлять оперативный выход из боя и отход в случае встречи с превосходящими силами.
Во внутренних провинциях действовали небольшие группы оперативного назначения в составе 8-10 человек, укомплектованные в основном молодыми, физически развитыми мужчинами, прошедшими подготовку в учебных центрах за рубежом в течение 3-6 месяцев. Группы предназначались для диверсий и террористических акций, в открытые боевые действия они обычно не вступали.
Отряд, как правило, дислоцировался в одном месте (крепости) или же рассредоточивался по 1-2 человека в домах жителей нескольких кишлаков. По составу сил и средств он был способен вести самостоятельные боевые действия или входить в более крупное формирование. Иногда на отряд возлагалась задача по проводке караванов через контролируемую территорию.
Многие отряды и группы могли быстро «растворяться» среди местных жителей. Оружие при этом складировалось в тайниках. Иногда для его хранения использовалась женская половина дома, куда Кораном мужчинам вход запрещен.
Полки иррегулярных войск постоянно находились в приграничных с Пакистаном и Ираном районах, проникали в глубь афганской территории только для решения конкретных боевых задач и возвращались обратно. Их личный состав был хорошо вооружен и экипирован. Так, моджахеды одного из полков, ответственного в оперативном отношении за провинцию Кунар, в конце второго периода боевых действий имели новейшее автоматическое оружие и облегченную форму черного цвета.
В зонах ответственности крупных группировок оппозиции создавались базовые районы, где накапливались силы и средства для вооруженной борьбы, находились центры по подготовке личного состава, мастерские по ремонту и обслуживанию боевой техники и вооружения. В таком районе одновременно могли находиться до 500 человек.
Для временного складирования оружия, боеприпасов, материальных средств на караванных маршрутах вблизи границ с Пакистаном и Ираном организовывались перевалочные базы. Они представляли собой промежуточные органы снабжения групп и отрядов, где осуществлялось распределение и продажа оружия, был установлен пропускной режим, системы наблюдения, оповещения, ПВО, охраны. Иногда перевалочные базы совмещались с базовыми районами.
В течение всего периода боевых действий в Афганистане вооружение иррегулярных сил постоянно совершенствовалось за счет поставок более современных образцов из-за рубежа. К началу 1980 г. отряды оппозиции имели на вооружении стрелковое оружие, и лишь в отдельных случаях – незначительное количество артиллерии и танков, захваченных у правительственных войск. В дальнейшем, отказавшись от применения тяжелых артиллерийских систем и бронетехники, которые значительно сковывали мобильность и маневренность, они стали приобретать современное оружие, наиболее соответствовавшее характеру и особенностям афганского театра войны.