Если отбросить пафос и патетику, то выясняется, что в существе своем политика в отношении религиозных организаций остается неизменной. Правительство оставалось на позициях «христианского государства» и в своих практических шагах собиралось руководствоваться данной идеологией. Чтобы как-то завуалировать, смягчить обнаружившееся принципиальное расхождение в подходах к вероисповедным реформам между Думой и правительством, Столыпин заявил, что «права и преимущества Православной Церкви не могут и не должны нарушать прав других исповеданий и вероучений» и что в целях «укрепления начал веротерпимости и свободы совести» правительство внесет соответствующие законопроекты.
Вторая дума оказалась еще более левой по своим настроениям, чем Первая. А потому Николай II пошел и на ее досрочный роспуск, о чем сообщалось в манифесте от 3 июня 1907 года. Одновременно был опубликован и новый избирательный закон. Его цель, как и задумывалось П. А. Столыпиным, не допустить в Думу оппозицию. Для этого были кардинально пересмотрены квоты выборщиков в пользу помещиков и буржуазии при одновременном сокращении возможностей крестьянского населения и рабочих. Полностью были лишены представительства десять областей и губерний в азиатской части России под предлогом отсутствия у населения «достаточного развития гражданственности». Сокращено общее число депутатов Думы. Землевладельческая курия увеличила по новому закону число выборщиков почти на 37 процентов, а крестьянская и рабочая курии сократились, соответственно, на 45 и 46 процентов выборщиков. В результате по землевладельческой курии один выборщик приходился на 230 человек населения, по крестьянской — один на 60 тысяч, по рабочей — один на 125 тысяч человек.
Результат получился таким, каким его планировало правительство П. А. Столыпина: большинство в Думе оказалось за правыми и националистами, сплотившимися на началах «национализма и русскости», а кадеты и левые партии были низведены до оппозиционных фракций, не имевших существенных возможностей влиять на ход законотворчества в Думе и на ее работу в целом.
Нельзя не заметить, что православная церковь выступила в этот момент послушным механизмом власти. Правящие архиереи и приходское духовенство призваны были возвещать причины и обстоятельства «вынужденного» роспуска Думы, не оправдавшей, по мнению властей, «народных ожиданий». К примеру, в Москве в Историческом музее состоялось заседание специальной комиссии по вопросам проведения Чтения для рабочих. Перед участниками выступил с речью митрополит Московский Владимир (Богоявленский). Профессор П. Тихомиров следующим образом откликнулся на эту речь: «Власти церковные, послушные рабы самодержавной политической бюрократии, запрещают священникам становиться в ряды революционных партий во имя принципа невмешательства в мирскую борьбу, но считают вполне совместимым с этим принципом служить благодарственные молебны по поводу разгона Государственной думы, защищать политические убийства, совершаемые реакцией при посредстве фиктивных (военных) судов, благословлять погромные черносотенные организации и т. д.».
Обращает на себя внимание и тот факт, что императорское правительство сочло необходимым распустить Государственную думу с грубым нарушением Основных государственных законов, в порядке государственного переворота изменить закон о выборах в Государственную думу, чтобы тем самым обеспечить себе большинство в ней. Таким образом, третьеиюньские акты сыграли роковую роль в судьбе русского конституционализма. Ими был поколеблен основной принцип новой редакции Основных законов, по которому устанавливались нормы, не подлежащие изменению без санкции народного представительства. К таковым прежде всего относились основания избирательной системы. В угоду практической целесообразности правительство пожертвовало конституционным принципом, нанеся по зарождавшемуся в обществе правосознанию сокрушительный удар. Силы, высказывавшиеся за преобразование самодержавия путем постепенных реформ, проиграли в общественном мнении, поскольку не смогли осуществить ими же самими провозглашенные программы в Первой и Второй думах. Тогда как представители левого крыла российского общественного мнения могли торжествовать: события 3 июня становились для них весомым аргументом в доказательстве «бесплодности» ожиданий реформ сверху и возможности эволюционирования российской политической системы от самодержавия к демократии; отныне в качестве единственного аргумента признавались «силовое давление», революция.
