На этом общеполитическом фоне, в условиях противостояния власти и общества в вопросах расширения религиозных свобод и развертывалась деятельность Сергия Страгородского на новой кафедре и в Синоде. На него стали возлагать всякого рода поручения, в том числе важные и неотложные, требующие немедленного решения. Его по-прежнему призывали к делам Учебного комитета Синода. Особенно острым был вопрос о предоставлении автономии духовным академиям. В ноябре 1905 года проходило специальное совещание делегаций от духовных академий, на котором новый обер-прокурор Синода князь А. Д. Оболенский столкнулся с решимостью представителей академий добиться автономии. Первенствующий член Синода митрополит Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский), будучи последовательным противником автономии и стремясь «разбавить» решимость и единство академиков, предложил А. Д. Оболенскому пригласить на заседание «свежие силы» — архиепископа Сергия Финляндского (Страгородского) и епископа Псковского Арсения (Стадницкого), который недавно занял пост члена Учебного комитета Синода.
Но неожиданно для него и Арсений, и Сергий, хотя и с небольшими оговорками, поддержали позицию профессоров. Все вместе они смогли склонить и митрополита Антония к тому, чтобы в проект нового устава духовных академий были включены следующие положения: академии находятся в подчинении Святейшего синода; ректор и инспектор избираются советом академии и утверждаются Синодом в своей должности; в состав совета академии вводятся и доценты; совет академии окончательно принимает решения об утверждении в ученых степенях.
17 декабря 1905 года Николай II принял в Царском Селе трех митрополитов: Петербургского Антония (Вадковского), Киевского Флавиана (Городецкого) и Московского Владимира (Богоявленского) и имел с ними беседу о созыве Собора. По окончании аудиенции иерархи получили указание готовить и провести Собор «в ближайшее по возможности время». В этих целях было создано Предсоборное присутствие — особый орган из представителей иерархии, ученого монашества, академических кругов для разработки необходимых церковно-административных документов и материалов к Собору.
Сергий стал неизменным членом Предсоборного присутствия, руководил отделами, которые должны были готовить программу соборных заседаний, материалы для соборных обсуждений.
Атмосферу ожидания скорейшего свершения важнейшего события, каким должен был стать Собор, хорошо передает письмо Сергия от 25 декабря 1905 года Арсению Стадницкому, в котором были такие строчки: «Ваше Преосвященство, Высокочтимый Владыко и Архипастырь! Поздравляю Вас сердечно с великими праздниками и наступающим Новым годом. Дай Бог Вам в этом году всякого успеха и сил в многообразном служении церковном; будем молиться, чтобы Господь умиротворил нашу страну и дал нам возможность всем встретиться на Всероссийском церковном соборе».
Предсоборное присутствие предложило всем епархиальным архиереям прислать свои соображения относительно вопросов церковной реформы. Среди многочисленных отзывов были и предложения Сергия. В главном они могут быть сведены к следующему: Собор, состоящий из епископов, клириков и мирян, прежде всего должен заняться реформированием центральных органов церковного управления и устройством епархиальной и приходской жизни. Компетенция же Святейшего синода в делах законодательных не должна была простираться далее издания разъяснительных постановлений к существующим церковным законам. Синод не должен был по своей инициативе решать вопросы канонического и вероучительного свойства, которые подлежат ведению исключительно поместных соборов.
Касаясь животрепещущей тогда темы — восстановления патриаршества, Сергий писал: «Патриарх наш не будет ни папою, ни даже патриархом в византийском смысле этого слова; он будет лишь председателем Синода. По отношению к другим епископам он будет лишь первым между равными и поэтому пользуется обычными нравственными правами старшего брата: правом братских советов, предостережений или увещеваний; если найдет это необходимым, он привлекает виновного епископа к суду Священного синода»[31].
Когда на голосование была поставлена рекомендация о восстановлении Патриаршего престола и о наименовании первоиерарха Русской церкви, то епископ Сергий был среди тех членов Предсоборного присутствия, кто голосовал «за» и считал возможным наименовать первоиерарха «патриархом». Заметим, что Сергий и еще 20 архиереев выступали и за обсуждение вопроса о богослужебном языке церкви, полагая, что по желанию прихожан таковым может быть отчасти и русский язык.
