В плотину был заложен серьезный запас прочности — она могла выдержать восьмибалльное землетрясение и даже ядерный взрыв. Пуск первого гидроагрегата станции состоялся 18 декабря 1978 года. Все десять агрегатов станции были готовы к 1986 году, но в постоянную эксплуатацию станцию все не вводили. В 1990-е годы ГЭС, как и вся энергетическая отрасль России, пережила нелегкие времена — налоговая полиция Хакасии описывала имущество станции, работники объявляли голодовки и забастовки. Само по себе удивительно, что эта строившаяся более двадцати лет ГЭС была введена в постоянную эксплуатацию всего лишь девять лет назад. Только в 2000 году глава РАО «ЕЭС России» Анатолий Чубайс подписал акт о приемке. Принята станция была не безоговорочно — к акту приложили перечень необходимых переделок с конкретными сроками выполнения. Капитальный ремонт гидроагрегаты обязательно должны проходить раз в пять лет. Когда злополучный второй гидроагрегат проходил в 2005 году капитальный ремонт, в нем было обнаружено всего два существенных дефекта — это очень хорошие показатели. Очередной капремонт был запланирован на осень 2009 года, так как в ноябре истекал тридцатилетний срок эксплуатации, отпущенный турбине Ленинградским металлическим заводом. После ремонта 2005 года гидроагрегат стал работать значительно хуже — усилилась вибрация, которая по состоянию на июль 2009 года почти в четыре раза превысила допустимую норму. В начале этого года на чрезмерно вибрирующий гидроагрегат даже поставили датчики виброконтроля, но официально они так и не были введены в эксплуатацию, то есть на их показания просто закрывали глаза… После реорганизации РАО «ЕЭС России» Саяно-Шушенская ГЭС отошла крупнейшей российской генерирующей компании «РусГидро», которая по сей день является собственником Саянки.
За годы существования Саяно-Шушенской ГЭС аварии на ней происходили трижды. 23 мая 1979 года плотина приняла первый удар стихии — во время паводка вода проникла в здание ГЭС, смыла грузоподъемный кран и другое оборудование. Последствия потопа ликвидировали вплоть до осени. В 1985 году с ГЭС случилась новая беда — во время половодья были полностью разрушены плиты крепления двухметровой толщины. В 1988 году паводок вновь нанес значительные повреждения станции. Но самая тяжелая аварии ожидала станцию летом 2009 года.
