В Пречистенском соборе, где совершалось отпевание, вместиться смогли только король и великий князь Сигизмунд со свитой и радные паны. Тысячи людей, пребывавших в скорбном молчании, разместились вокруг собора и на прилегавших к нему улицах. Местом упокоения великой княгини послужил тот самый храм, в котором она совершила первую молитву в Вильно, который она восстановила из развалин. По завещанию Елены Пречистенскому собору была передана чудотворная икона Божьей Матери, которую она привезла из Москвы как родительское благословение. В конце панихиды Фома сотворил молитву Пресвятой Богородице:
— Умягчи наши злые сердца, Богородице, и напасти ненавидящих нас угаси, и всякую тесноту души нашей разреши, на Твой святый образ взирающи, Твоим состраданием и милосердием о нас умиляемся и раны Твои лобызаем, стрел же наших, Тя терзающих, ужасаемся. Не даждь нам, Мати благосердная, в жестокосердии нашем и от жестокосердия ближних погибнути. Ты бо есть воистину злых сердец умягчение…
День отпевания и похорон выдался дождливым. Люди говорили: небо плачет по великой княгине, нашей заступнице и божьей угоднице, нашему ангелу во плоти… Но как только процессия вступила в город, моросящий и, казалось, нескончаемый дождь стал ослабевать, а затем и вовсе прекратился. По мере приближения процессии с гробом к Пречистенскому собору небо светлело, а затем открылось и солнце. А вскоре все собравшиеся в изумлении застыли, а затем многотысячная толпа, творя молитвы, опустилась на колени. Собор и всех собравшихся накрыло собой чудесное природное явление: над площадью перед храмом образовался светящийся шар, затем над его крестами возникло разноцветное облачко, которое, увеличиваясь в размерах, стало опускаться на людей и накрывать их благодатной теплой влагой. Прямо на собор и прилегавшие улицы одним из своих концов опустилась радуга. Все вокруг начало наполняться необыкновенным, многокрасочным светом, который всем показался божественным… Воздух, насыщенный мельчайшими капельками воды, начал переливаться красными, желтыми, оранжевыми, зелеными, синими и фиолетовыми сполохами. Переливаясь, цвета смешивались, усиливая мягкий, теплый красно-оранжевый свет. Им заполнилось все вокруг. Позолоченные купола собора, влажные от дождя, заиграли невиданным желто-красным свечением.
Затем при солнечном свете снова начал падать дождь. Все присутствовавшие воздели руки к небу: то королева плачет…
Священники, несшие гроб великой княгини, у входа в храм опустили его на скамейки и, по примеру Фомы, в молитве простерли руки к небу. На всю площадь звучал голос священника:
— Мы хороним святую великую княгиню, которая всем делала добро и никогда не делала зла. Она была нашей заступницей и берегиней. Это сам Господь Бог, это небо прощается с ней…
Тысячи людей пребывали в изумлении, перераставшем в восхищение невиданной доселе красотой. Все неистово молились. Примерно через полчаса божественно красивый свет, поднимаясь ввысь, стал слабеть, его разноцветье уступало место обычному, привычному солнечному свету. Но широкая семицветная дуга радуги, перекинувшейся через все небо, еще долго радовала людские взоры. Она сияла и в то время, когда гроб с телом Елены опускали в могилу. Над могилой была установлена икона Божией Матери, которою Иоанн III благословил свою дочь перед ее отъездом в Вильно.
О смерти Елены скорбела вся православная церковь Западной Руси. Прерывающимся рыданиями голосом настоятель Пречистенского собора отец Дионисий говорил прихожанам:
— Слышали? Свершилось горестное событие. Странное пророчество свершилось!.. Ужас, позор и посрамление! Скончалась наша благодетельница, королева и великая княгиня литовская Елена, дочь великого князя московского Иоанна III и Софьи Палеолог. В соответствии с заповедью Христа она учила нас любить врагов наших, добро творить ненавидящим нас.
Брак великого князя литовского и московской княжны вопреки ожиданиям не привел к примирению Москвы и Литвы. Наоборот, стал давать новые поводы для раздоров. После смерти Елены ее брат великий московский князь Василий продолжал войну с братом Александра Сигизмундом. В ряду причин выставлялись и оскорбления, наносившиеся Елене.
