«Персей» был шхуной зверобойного типа, приспособленной для плавания во льдах, общим водоизмещением 550 тонн. Форма корпуса — по морской терминологии — обводы — была примерно такой, как у «Фрама». При сжатии льды выжимали его на лед. Такие обводы необходимы кораблю, предназначенному для плавания во льдах, в открытом море делают судно подверженным большой качке. «Персей» качало очень сильно, в хороший шторм его запросто валило на борт до 45 градусов. Деревянный корпус имел сплошной набор, очень толстые шпангоуты стояли почти вплотную один к другому. И наружи и изнутри набор шпангоутов был обшит толстыми высокосортными сосновыми достками. Кроме того, корпус по ватерлинии покрывал пояс дубовых досок, которые предохраняли сосновую обшивку от повреждения льдами. Форштевень и скулы окованы железными шинами. Внутри корпуса на уровне ватерлинии были дополнительно введены 17 толстенных ледовых бимсов с мощными кницами. Форштевень сделан с большим наклоном, чтобы мог взбираться на лед. Корма была яхтенного типа с нависающим подзором. Руль был стальным, очень массивным, высоким и узким, с толстыми дубовыми накладками снаружи. Длина «Персея» по палубе равнялась 41,5 метра, ширина в средней части 8 метрам; средняя осадка с грузом около 3 метров.
Корабль был двухмачтовым, имел гафельное вооружение и далеко выстреленный бушприт. Он нес паруса: кливер, стаксель, трисель и грот. На фок-мачте была установлена наблюдательская бочка. В лабораторной рубке, построенной на носовой палубе, размещались 5 лабораторий и библиотека. В кормовой надстройке находились гидрологическая и гидрохимическая лаборатории, кают-компания, камбуз, радиорубка, баня и каюты капитана, старшего помощника и старшего механика. На передней части этой рубки возвышались штурманская, рулевая, а над ними компасный мостик. Под главной палубой в носовой части размещались каюты, штурманов, механиков, радиста и научного состава, очень маленькие, двух- или четырехместные, с двухъярусными койками, и только каюта начальника была одноместной. Так как борта при сплошном наборе были очень толстыми (около 40 сантиметров) и прорезать иллюминаторы не представлялось возможным, каюты освещались узенькими стеклянными палубными призмами. Относительно светло бывало в каютах только в ясные солнечные дни.
Вентиляция кают была принудительной, свежий воздух подавался электрической турбиной по трубам.
Кубрик верхней (матросы) и нижней (машинной) команды находился в кормовой части корабля. Всего было 40 жилых мест для экипажа (24 для команды, 16 для научного состава).
На баке для подъема якорей стоял паровой брашпиль, им можно было действовать и вручную. У передней стенки кормовой рубки была установлена большая паровая траловая лебедка. Над ней висел судовой колокол. На средней палубе по левому борту стояла первая траловая дуга, а ближе к корме, за дверью кают-компании, — вторая.
На практике выяснилось, что большим тралом на двух ваерах работать нецелесообразно. Стали запускать малый трал на одном ваере с уздечкой, а кормовую траловую дугу и лишние ваерблоки сняли.
Трал Сигсби, драги и другие тяжелые приборы опускали со второго барабана лебедки на тонком тросе через блок на гике, выведенном за борт.
Первоначально на правом борту устроили откидные лотовые площадки, а на палубе установили небольшие электрические лебедки для работы с батометрами и планктонными сетями. Однако даже при среднем волнении корабль так качало, что откидные площадки окунались в воду, и работать с них было нельзя.
И все эти установки перенесли на корму, там поставили электрическую вьюшку Томсона и вторую небольшую лебедку кустарного изготовления для подъема сеток и грунтовых трубок. Во время работы лебедка сильно гудела, и мы прозвали ее «трамваем».
Подзор кормы нависал над водой, и приборы при спуске и подъеме не бились о борт корабля даже при значительной волне и свежем ветре, а в случае необходимости и во время шторма, если становились носом на волну и подрабатывали машиной.
Главная паровая машина «Персея» тройного расширения, построенная в Гулле заводом «Амос и Шрютт», имела мощность 360 лошадиных сил. В машинном отделении были установлены две динамо-машины, поршневая и турбинная. Впоследствии поршневую демонтировали и вместо нее поставили динамо-машину с шестисильным двигателем Болиндера.
Не считая циркуляционной, в машинном отделении имелось четыре помпы разного назначения, но все они в случае аварии могли переключаться на водоотлив.
