Г. Н. Батурин, участник похода таманцев, писал: «В 1-й колонне Ковтюх пользовался громадным доверием и популярностью, во 2-й и 3-й колоннах тоже слышали и знали о нем, знали также, что Ковтюх шел авангардом армии, памятны были его победы у Архипо-Осиповской, Михайловский перевал и Армавир… Боевые отличия Ковтюха и его популярность вполне соответствовали такому назначению».
Став командиром, Епифан Иович по-прежнему сталкивался с большими трудностями в снабжении своих частей: не хватало патронов, обмундирования, почти половина бойцов ходила раздетой и разутой. И все же боевой дух таманцев, ряды которых цементировали коммунисты, был необыкновенно высок. Армия отбила попытки корниловцев и марковцев, поддержанных алексеевскими и дроздовскими частями, снова вернуть Армавир и сама перешла в наступление на Ставрополь. 25–28 октября развернулись бои за город. Лежа в цепи, бойцы дрожали от холода и прижимались друг к другу, чтобы согреться. Почти не было патронов. Но Ковтюх мастерски разработал план операции: умело проведенная артиллерийская подготовка и внезапная атака принесли успех. Захватив богатые трофеи, таманцы под звуки оркестра вступили в город. За героическое взятие Ставрополя ВЦИК наградил Таманскую армию Красным знаменем.
Последний день боев за Ставрополь Ковтюх с трудом перенес на ногах: начался брюшной тиф. Больного командира перевезли на лечение в Пятигорск.
Как раз в дни болезни Епифана Иовича произошла ликвидация сорокинщины.
Главком северокавказских войск Сорокин не использовал всех возможностей, открывшихся с подходом таманцев. Эсер, авантюрист и властолюбец, он мечтал о личной диктатуре и постепенно убирал всех, кто мог ему помешать. По его настоянию был расстрелян выборный начальник таманских колонн Матвеев за то, что протестовал против гибельного плана Сорокина отходить на Астрахань и предлагал более правильный план движения на Царицын. Вскоре Сорокин расстрелял и руководителей ЦИКа и крайкома Кубано-Черноморской Советской республики, объявив их «изменниками». Новые злодеяния переполнили бойцов гневом. На втором фронтовом съезде в Невинномысской Сорокин был объявлен вне закона и бежал, но был схвачен таманцами и расстрелян. В записной книжке предателя были, кроме убитых Матвеева и секретаря крайкома В. Крайнего, намечены и другие жертвы, в том числе крупнейшие командиры Северного Кавказа: Ковтюх, Федько, Балахонов, Кочергин…
Желая видеть на посту главнокомандующего талантливого командира и преданного революции человека, Реввоенсовет Северного Кавказа предложил этот пост Ковтюху, но он был еще настолько слаб после болезни, что отказался. К тому же Епифан Иович считал себя слишком неподготовленным для поста главкома.
Смятение, вызванное провокациями и изменой Сорокина, имело тяжелые последствия для фронта. Был сдан Армавир, а Таманская армия, которой временно командовал помощник Ковтюха М. В. Смирнов, оказалась окруженной в районе Ставрополя. Тут, несмотря ни на какую слабость, Ковтюх поднялся с постели и выехал командовать Северным фронтом, куда входила прорвавшаяся с большими потерями из окружения Таманская армия. Епифану Иовичу удалось несколько стабилизовать положение на фронте и даже организовать переход таманцев в контрнаступление, но силы покинули его. Еще не оправившись от тифа, он заболел в середине декабря воспалением легких.
Январь 1919 года был тяжелым временем для советских войск Северного Кавказа, объединенных в XI армию. Под напором превосходящих сил деникинцев XI армия отступила от Святого Креста на Астрахань через калмыцкие степи. Сильные метели заносили бредущие по безлюдной степи колонны.
Ели лошадей, которых варили на кострах из повозок. Тиф, цинга и черная оспа косили людей тысячами. Обозы, где раненые и больные лежали вперемежку с умершими, едва ползли по бездорожью, отмечая каждую версту новыми трупами. На одной из таких телег лежал то и дело терявший сознание Ковтюх. Верные таманцы, насколько это было в их силах, выхаживали больного командира. В Астрахань Епифана Иовича удалось доставить живым.
Долго пролежал Ковтюх на госпитальной койке. После выздоровления его вызвали в Москву, в Реввоенсовет республики, для доклада о боевых делах таманцев. Это было в сентябре 1919 года, в то трудное время, когда враг подошел к Орлу и угрожал Москве. В докладе Реввоенсовету Епифан Иович просил разрешения возродить отдельное соединение таманцев (все части, отступившие в начале 1919 года в Астрахань, были переформированы). Приказом РВСР от 9 сентября Е. И. Ковтюху поручалось сформировать
Таманскую дивизию, которой передавались славные боевые знамена бывшей Таманской армии. Ядром дивизии должны были стать пехотная бригада и два кавполка. Кроме того, Ковтюху было разрешено обратиться ко всем таманцам и кубанцам с призывом собираться в Вольске, где был центр формирования. Со всех фронтов сначала одиночками, а потом группами стали собираться в Вольске ветераны.
