31 мая 1941 года был арестован П. И. Пумпур, 1900 года рождения, член ВКП(б) с 1919 года, генерал-лейтенант авиации, начальник Управления боевой подготовки ВВС РККА, затем - командующий ВВС Московского военного округа. Во время войны в Испании Пумпур - руководитель группы советских летчиков-истребителей, в числе самых первых удостоен звания Героя Советского Союза, награжден двумя орденами Ленина и орденом Красного Знамени.
1 июня 1941 года арестовали комдива Н. Н. Васильченко, 1896 года рождения, члена ВКП(б) с 1918 года, помощника генерал-инспектора ВВС Красной Армии.
3 июня 1941 года принимаются важные организационные решения. Дело в том, что с весны 1941-го военная контрразведка организационно входила в состав Наркомата обороны (3-е управление НКО). Это создавало определенные трудности и задержки в фабрикации «дел». Поэтому 3 июня Политбюро принимает следующее постановление: «Удовлетворить просьбу НКГБ о том, чтобы до слушания дела Пумпура в суде передать это дело для ведения следствия в НКГБ». Аналогичные решения были приняты позднее и по другим арестованным, таким образом чекистам были созданы все условия для интенсивной работы.
4 июня 1941 года арестован П. П. Юсупов, 1894 года рождения, беспартийный, генерал-майор авиации, заместитель начальника штаба ВВС РККА.
В тот же день, 4 июня 1941 года, арестованы два начальника отделов Научноиспытательного полигона авиационного вооружения ВВС Красной Армии: С. Г. Онисько, 1903 года рождения, член ВКП(б) с 1923 года, и В. Я. Цилов, 1896 года рождения, член ВКП(б) с 1918 года, военинженер 1-го ранга.
7 июня 1941 года арестован Г. М. Штерн, 1900 года рождения, член ВКП(б) с 1919 года, генерал-полковник, начальник Управления ПВО СССР. Правда, Штерн никогда не был летчиком, он кадровый военный, в годы войны в Испании - главный военный советник при республиканском правительстве, затем - начальник штаба и командующий войсками Дальневосточного фронта. Герой Советского Союза, награжден двумя орденами Ленина, тремя орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды.
В тот же день, 7 июня 1941 года, был арестован нарком вооружений Б. Л. Ванников (будущий руководитель Советского атомного проекта).
В тот же день, 7 июня, арестован А. А. Левин, 1896 года рождения, генерал-майор авиации, заместитель командующего ВВС Ленинградского военного округа.
На следующий день, 8 июня 1941 года, волна арестов захлестнула высший эшелон военного руководства. Арестовали Я. В. Смушкевича, 1902 года рождения, члена ВКП(б) с 1918 года, генерал-лейтенанта авиации, в 19391940 годах - главкома Военно-воздушных сил Красной Армии, затем - генерал-инспектора ВВС РККА, помощника начальника Генштаба по ВВС.
Выдающийся летчик-истребитель и командир, он воевал в небе Испании и Халхин-Гола, за исключительное мужество и мастерство был дважды удостоен звания Героя Советского Союза (в СССР до начала Великой Отечественной войны это звание дважды получили только пять человек).
9 июня 1941 года арестован А. Д. Локтионов, 1893 года рождения, штабс-капитан старой русской армии, член ВКП(б) с 1921 года, генерал-полковник. В 1937-1940 годах он - главком ВВС РККА, заместитель наркома обороны СССР, член ЦК ВКП(б), член Главного Военного Совета. Последняя должность перед арестом - командующий Прибалтийским особым военным округом (до февраля 1941 года, затем - «в распоряжении НКО»). Награжден двумя орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды.
17 июня 1941 года арестован К. М. Гусев, 1906 года рождения, член ВКП(б) с 1930 года, генерал-лейтенант авиации, командующий ВВС Белорусского ОВО, затем - ВВС Дальневосточного фронта.
19 июня 1941 года арестован П. А. Алексеев, 1888 года рождения, член ВКП(б) с 1920 года, генерал-лейтенант авиации, начальник Главного управления авиационного снабжения РККА, затем - помощник начальника ВВС Приволжского ВО.
На рассвете 22 июня 1941 года начались известные события, но они ни в коей мере не остановили и даже не притормозили раскрученный маховик репрессий. Через несколько дней после начала войны (точная дата все еще неизвестна) был арестован Герой Советского Союза, заместитель наркома обороны по боевой подготовке войск (до этого - начальник Генерального штаба Красной Армии) генерал армии К. А. Мерецков. Вечером 21 июня решением Политбюро он был назначен представителем Верховного командования на Северном фронте и утром 22 июня выехал в Ленинград. 23 июня Мерецков был включен в перечень «постоянных советников Ставки Верховного командования» наряду с такими доверенными людьми Сталина, как Молотов, Берия, Шапошников, Жданов, Маленков, Мехлис. В тот же день, 23 июня 1941 года, Мерецков был внезапно вызван в Москву и арестован (по одной из версий - прямо в приемной Сталина).
