В ответ на предпринятые инками тактические шаги испанцы вскоре оказались вынуждены прибегнуть к контрстратегиям. Ввиду применения шаров испанским всадникам потребовались для сопровождения пехотинцы, которые бы разрезали веревки, в сетях которых могли оказаться кавалеристы. Между тем на улицах города испанские отряды кавалеристов и пехотинцев взялись за демонтаж баррикад — делать это им зачастую приходилось под градом камней. В это время индейцы канярис и чачапойя занимались засыпанием ям, вырытых воинами Манко для сдерживания лошадей. Индейцы этих племен также принялись за снос каменных террас на склонах холмов, чтобы предоставить кавалеристам и пехотинцам возможность для контратак.
Хотя до сих пор ни один из испанцев не был убит, многие получили ранения разной степени тяжести; все они осознавали, что без помощи их индейских союзников их положение было бы совсем плачевным. Гарсиласо де ла Вега писал:
«Дружественные индейцы оказывали испанцам очень значительную помощь, врачуя их раны и удовлетворяя самые разные их нужды… Видя это, многие испанцы говорили, что они не знали, как бы им пришлось выходить из ситуации, если бы не помощь индейцев, которые приносили им кукурузу, травы, при этом сами индейцы ограничивали себя в еде, заботясь лишь о том, чтобы могли поесть их хозяева. Индейцы исполняли для испанцев роль разведчиков и караульных, при помощи секретных знаков днем и ночью они предупреждали испанцев о намерении врагов».
Несмотря на все усилия инков, испанцам удалось убить несколько сот туземцев и при этом самим не потерять ни одного человека: правда, среди индейских союзников испанцев потери, вероятно, все же были. Инкские полководцы быстро поняли, что нанести испанцам урон в живой силе очень сложно. Только окружив всадника и сбросив его с лошади, индейцы могли убить его в ходе рукопашной схватки. Но вскоре инки обнаружили, что испанские всадники все время старались держаться вместе, приходили друг другу на выручку и очень внимательно следили за тем, чтобы не угодить в ловушки.
При том что у испанцев не было потерь, после двух дней атак противника их перспективы оставались мрачными. Испанцы очень сильно уступали в численности; они были изолированы от внешнего мира, и соответственно на помощь им не могло прийти подкрепление; их запасы продовольствия все уменьшались; к тому же к этому времени испанцы достаточно обессилели, в их рядах было много раненых. Эрнан и подчиненные ему капитаны решили: для того чтобы выжить в ходе этого столкновения, им необходимо тем или иным образом выбить воинов Манко из близлежащей крепости Саксауаман. Дело было не только в том, что эта крепость являлась командным пунктом всей наступательной кампании инков, — со склонов, прилегавших к этой крепости, инки разворачивали свои ударные атаки. Их войска спускались с крутых склонов и входили прямо в город, не опасаясь кавалерийских атак. В других местах, к примеру, в открытой долине на юге, им было затруднительно организовывать серьезные атаки, поскольку был риск нарваться на кавалерийскую контратаку. Если бы испанцам удалось вновь захватить крепость, они бы избавили себя от угрозы прямых атак на свой самый незащищенный фланг. Кроме того, они бы заполучили самый выгодный в стратегическом плане пункт на примыкающих к городу высотах.
После консультаций с капитанами Эрнан наконец решил, что захват Саксауамана был единственным средством снизить уязвимость позиций испанцев, хотя и при всей очевидной опасности фронтальной атаки на усиленно охраняемую крепость. Педро Писарро вспоминал:
«Эрнан Писарро согласился с тем, что нам следует попытаться захватить крепость, ибо оттуда нам грозила наибольшая опасность… До того как индейцы начали осаду, мы не задумывались о важности удержания этого стратегического пункта. После того как согласие было достигнуто, нам, кавалеристам, был отдан приказ готовить оружие и атаковать крепость; Хуан Писарро был поставлен во главе нашего отряда».
