Порой занятые поисками губернатора современники Писарро находили состоятельного маркиза в поле в окрестностях Лимы — совместное местным туземным населением он занимался жатвой импортированной из Европы пшеницы: «Он делал то, что ему нравилось, то, что было его естественным ремеслом». В Испании ни один респектабельный аристократ не позволил бы себе подобного рода деятельность. Когда на берегу реки Римак вблизи Лимы начали возводить две мельницы, нотариусу приходилось доставлять на стройку важные бумаги: «Он [Писарро] проводил на месте их строительства все свободное время, постоянно подгоняя и понукая строивших их рабочих». Подобным же образом, когда подошло время к отлитию первого бронзового колокола для собора Лимы, который Писарро посвятил Непорочному Зачатию Пресвятой Девы Марии, губернатора опять же можно было застать не почивающим в своей резиденции, а в кузнице — собственноручно занятым кузнечными мехами.
В то время как Писарро всецело посвятил себя управлению туземной империей — воплощенной целью всей своей жизни, его тридцативосьмилетний брат Эрнан прибыл в Испанию, с тем чтобы оправдаться перед королем за казнь губернатора Диего де Альмагро. Но один из подчиненных Альмагро офицеров, Диего де Альварадо, прибыл еще до него и немедленно выдвинул обвинения против Эрнана по поводу убийства Альмагро. Но Эрнан рассчитывал использовать к своей вящей выгоде доставку сокровищ из Перу. Однако, к своему немалому удивлению, не получив даже аудиенции у короля, он был арестован и брошен в тюрьму. Вскоре и другие сподвижники Альмагро вернулись в Испанию и также стали свидетельствовать против Эрнана, среди них был и такой влиятельный и именитый деятель, как дон Алонсо Энрикес де Гусман. Хотя последний сражался плечом к плечу с Эрнаном во время продолжавшейся почти год осады Куско, совместный боевой опыт не сблизил этих людей. В письме, направленном в Королевский Совет, Энрикес де Гусман без всяких обиняков дал характеристику этому высокомерному человеку, к которому начал испытывать уже настоящую ненависть.
