Ли с женой и шесть их компаньонов провели в Вилькабамбе два месяца. У Ли не было никакого опыта в области археологии, он был архитектором с довольно большим стажем, но он умел детализированно картографировать местность. Имея в своем распоряжении только альтиметр, компас, измерительную ленту длиной в пятьдесят футов, блокнот и спутниковую карту местности, Ли со своей группой занялся систематизированным исследованием и картографированием руин в долине Вилькабамба — сначала в Виткосе, а затем в святилище Чукипальты. Вблизи Уанкакалье Ли обнаружил перебравшееся туда семейство Кобос, которое за двадцать лет до этого сопровождало Джина Савоя к развалинам Эспириту-Пампы. Сейчас семейство Кобос также выразило свое согласие проводить экспедицию в Эспириту-Пампу. Они пошли по древней инкской дороге, которая их привела в долину Пампаконас.
Ли и его компаньоны читали в испанских хрониках о том, что в 1572 г. инки сразились с испанцами в форте Уайна Пукара (Новый Форт), и в ходе поисков группа нашла его. В хрониках было написано, что на горном хребте, где находился форт, туземцы, возглавляемые Тупаком Амару, установили гигантские валуны, с тем чтобы обрушить их на находившихся внизу испанцев. Ли обнаружил, что многие из этих валунов до сих пор находятся там; дело в том, что испанцы в свое время поразили инков, заняв высоты за их спинами и под прикрытием ружейного огня захватив форт. Ли вспоминал:
«Тропическая ночь снизошла на нас с поразительной внезапностью. В тот день мы едва могли поверить своей удаче. Мы, группа неофитов, на самой начальной стадии нашего путешествия уже нашли нечто значимое — самые внушительные развалины, ускользавшие от наших предшественников. Уайна-Пукара, давным-давно затерянный Новый Форт, вновь появился на карте».
Хотя открытие Уайна-Пукары и само по себе было удивительным событием, оно имело также дополнительное значение: следует отметить, что детали пути, которым путешественники шли к руинам Эспириту-Пампы, соответствовали приведенным в хрониках описаниям маршрута, которым испанцы добирались до Вилькабамбы. Это служило дополнительным подтверждением заявления Савоя о том, что руины Эспириту-Пампы представляли собой остатки Вилькабамбы. Прибыв к развалинам древнего города, которые уже вновь заросли джунглями, группа начала тщательно расчищать и картографировать местность. У Ли на руках имелся источник, которым Бингхем в свое время не имел возможности воспользоваться, а Савой не придал ему значения, — это была испанская хроника, которая проливала дополнительный свет на вопрос о Вилькабамбе. Монах-мерседарий Мартин де Муруа писал в 1590 г., что крыша по меньшей мере одного из зданий в Вилькабамбе была покрыта не обычной для инков соломой, а испанской кровельной черепицей:
«Город имел протяженность в пол-лье [1,75 мили] в ширину, как и Куско. Протяженность в длину его была значительно больше. В городе инки разводили попугаев, кур, уток, кроликов, индеек, фазанов, краксов и еще тысячу других разных видов птиц самой разнообразной окраски, порой очень красивой… Крыши домов и хранилищ были покрыты качественной соломой. В городе произрастало множество гуав, орехов-пеканов, лукум, папай, авокадо и многих других окультуренных и диких деревьев. Дворец инкского императора имел несколько уровней. Крыша его была покрыта черепицей; весь дворец был покрыт изнутри традиционными инкскими росписями — очень приятными для глаза».
