Через четыре дня генерал-поручик граф Де Бальмен получил приказание Потемкина вступить в Крым, причем особое внимание он должен был уделить отношению к местному населению: «Вступая в Крым и выполняя все, что следовать может к утверждению Шагин Гирея паки на ханство, обращайтесь, впрочем, с жителями ласково, наказывая оружием, когда нужда дойдет сонмища упорных, но не касайтесь казнями частных людей. Казни же пусть хан производит своими, — писал Потемкин, — если в нем не подействует дух кроткий монархини нашей, который ему сообщен. Естли б паче чаяния жители отозвалися, что они лучше желают войти в подданство Ея императорскому величеству, то отвечайте, что вы, кроме спомоществования хану, другим ничем не уполномочены, однако ж мне о таком произшествии донесите… Сообщите мне и примечания ваши о мыслях и движении народном, о приласкании которого паки подтверждаю».
Хан, получивший военную помощь России и обнадеженный Потемкиным, двинулся к Перекопу. Толпы мятежников разбегались при подходе русских полков. Однако русский дипломатический агент Я.И. Рудзевич, донося Потемкину 30 октября 1782 г. «об успокоении большей части черни и о просьбе мурз защитить их от гнева хана», сделал весьма важное замечание: «Но Шагин Гирею никто бы не повиновался без русских войск».
Потемкин и сам, побывав в эти дни в Крыму, убедился, что личность Шагин Гирея вызывает недовольство у татарской знати, она, возможно, с большим желанием восприняла бы протекторат России, нежели такую «независимость». Особое влияние на настроение крымских жителей оказала та необычайная жестокость, с которой Шагин Гирей расправился с мятежниками. Батыр и Арслан Гирей были брошены своими сторонниками и захвачены в плен. Только вмешательство Потемкина и Екатерины спасло их от казни по приказанию хана.
29 декабря состоялась казнь двух старшин и 10 мулл, обвиненных в сопротивлении, что подробно описал Цебриков в своем сочинении: «Халым и все другие убеждали чернь о прощении, особливо Халым неробко выгаваривал, дабы опомнились, и из черни многия их из рук в руки перехватывали, не смея нихто приступить к начальному убийству. Но когда адним штапом велено к зборищу приступить 30 донским казакам, то по долгом смятении, адин из бешлеев, взявши камень, сперва бросил в голову Халыма, а потом и зборище, тем поощерясь, в 12 часу днем всех 11 человек насмерть побили. Халымов труп публично татара похоронили в городе Карасубазаре».
Столь жестокая казнь, учиненная Шагин Гиреем вопреки манифестам Екатерины II о «человеколюбии и щадении повинную приносящим», стала известна высочайшему двору и самому Потемкину. Хан надеялся утаить эти события или сгладить их с помощью Рудзевича, в данном случае сыгравшего роль так называемого «двойного агента». При начале подавления мятежа против хана Потемкин дал Рудзевичу секретный ордер, чтобы он «испытал у крымцов мысли, могут ли они предшествовать отзывом и желанием в российское подданство». Суть своей миссии Рудзевич открыл хану и стал тайно помогать ему в противостоянии с Потемкиным; и, как писал Цебриков, он «все рачение употреблял к затмению возчатаго князем о подданстве прознаменования… и донесений, хотя пред всеми об оных оглашал, к князю ни чрез кого не отправлял…».
Постоянная угроза со стороны Турции (для нее Крым являлся возможным плацдармом в случае нападения на Россию) вынуждала строить мощные укрепленные линии на южных рубежах страны и отвлекала силы и средства от хозяйственного освоения пограничных губерний. Потемкин, являясь наместником этих областей, видя всю сложность и нестабильность политического положения в Крыму, пришел к окончательному выводу о необходимости присоединения его к России. Это завершало территориальное расширение империи на юг до естественных границ и создавало единую экономическую область — Северное Причерноморье.
В декабре 1782 г., возвратясь из Херсона, Потемкин обратился к Екатерине II с известным меморандумом, в котором подробно высказал свою точку зрения, особо указав на благоприятную для действий внешнеполитическую ситуацию:
«Крым положением своим разрывает наши границы, — заявлял Потемкин. — Нужна ли осторожность с турками по Бугу или с стороны Кубанской — в обеих сих случаях и Крым на руках. Тут ясно видно, для чего хан нынешний туркам неприятен: для того что он не допустит их чрез Крым входить к нам, так сказать в сердце.
Положите ж теперь, что Крым Ваш и что нету уже сей бородавки на носу — вот вдруг положение границ прекрасное: по Бугу турки граничат с нами непосредственно, потому и дело должны иметь с нами прямо сами, а не под именем других. Всякий их шаг тут виден. Со стороны Кубани сверх частных крепостей, снабженных войсками, многочисленное войско Донское всегда тут готово.
Доверенность жителей в Новороссийской губернии будет тогда несумнительна. Мореплавание по Черному морю свободное. А то, извольте рассудить, что кораблям Вашим и выходить трудно, а входить еще труднее. Еще в прибавок избавимся от трудного содержания крепостей, кои теперь в Крыму на отдаленных пунктах.