Самое деятельное участие принял Потемкин в назначении П.И. Панина в «спасители отечества» летом 1774 г., когда стране угрожало восстание Емельяна Пугачева. Считаясь с влиянием Н.И. Панина, он с его помощью рассчитывал еще более укрепить свое положение при дворе. Уже 7 марта Павел Панин в ответ на сообщение своего племянника князя А.Б. Куракина о фаворе Потемкина, высказывает мнение о неординарности нового любимца императрицы и предполагает, «что сей новый актер станет ролю свою играть с великой живностью и со многими переменами, если только утвердится». Потемкин, несомненно, прилагал все усилия к тому, чтобы занять ведущее место в системе власти, участвовать во внутренней и внешней политике и активно влиять на разработку и реализацию важных государственных проектов. 9 апреля 1774 г. скончался А.И. Бибиков, и войска, действовавшие против Пугачева, остались без начальника, в то время как бунт, охвативший всю заволжскую сторону, начал принимать все более и более грозные размеры. Перед этим П.А. Румянцев ослушался приказа Военной коллегии и не отпустил из армии А.В. Суворова под предлогом того, что тот находился «на посту в лице неприятеля». В начале июля 1774 г. Екатерина решилась поручить начальство князю П.М. Голицину, но курьер, ехавший с этим приказом, был остановлен в Нижнем Новгороде по причине небезопасности дороги.
Тем временем обстановка накалялась, пугачевщина грозила захватить все большие территории. В этих трудных обстоятельствах Екатерина решила собрать чрезвычайное заседание Совета при высочайшем дворе, членом которого уже стал Потемкин. Письмо графа Никиты Ивановича Панина своему брату Павлу в Москву живописует это заседание. Открылось оно заявлением самой императрицы о решении принять личное начальство над войсками и ехать «для спасения Москвы и внутренности империи». «Безмолвие между нами было великое, — пишет Никита Панин. — Государыня ко мне одному обратилась и с большим вынужденней требовала, чтоб я ей сказал, хорошо или дурно она сие сделает. Мой ответ был, что не только не хорошо, но и бедственно в рассуждении целости всей Империи…» Граф Панин сказал, что волнение «презрительной черни» не заслуживает столь решительных мер. Желание Екатерины поддержал Потемкин. Панин решился на следующий шаг для отвращения императрицы от ее решения. «После обеда, — продолжает Никита Панин, — взял новаго фаворита особенно и, облича дерзость его мыслей, которой ни лета, ни практика ему не могут дозволить, и повтори резоны, мною сказанные, угрожающие разрушением Империи, объявил ему, что на отвращение сего я решился ехать против Пугачева или ответствовать за тебя… Вот, мой любезный друг, каковым образом жребий твой решился». Панин-старший поспешил известить брата о его назначении, сообщив ему эту новость как решенное дело. Тем не менее Екатерина еще не отказалась от идеи ехать самой в Москву, видимо, Панин выставил определенные условия назначения своего брата во главе войск, вызывавшие у нее настороженность и опасения. Свидетельством этого является ее письмо к Потемкину, где звучит обеспокоенность далеко идущими планами Панина: «Увидишь, голубчик, из приложенных при сем штук, что господин граф Панин из братца своего изволит делать властителя с беспредельною властию в лучшей части империи…» Но Потемкин находит выход: он предлагает перехватить у Панина инициативу выдвижения его брата, и 29 июля 1774 г., в тот самый день, когда Екатерина подписывает полномочия Панину, направляет ему письмо. Потемкин напоминает генералу об их беседе в январе в Москве, когда Петр Панин говорил о своем желании «охотно принять команду войск, отряженных против бунтовщика и государственного злодея Пугачова», и сообщает, что именно он рекомендовал его императрице, а Н.И. Панин подтвердил желание своего брата. В этом же письме Потемкин предлагает не только помощь в политическом решении вопроса, но и напоминает о своих возможностях: «Ежели я найдусь к чему ни есть вам потребен, не щадите меня: я всякое ваше приказание с охотою исполню».
