Реакция Екатерины и противодействие Потемкина не остались незамеченными для Н.И. Панина. Вслед за письмом фаворита он посылает тревожное сообщение брату, где пишет, что необходимость прибегнуть к его помощи против Пугачева воспринимается «внутренно крайним и чувствительным себе уничтожением, и следовательно, разстроганное сим чувствие обратилось все против меня…». Никита Панин высказывает недоумение изменением отношения к нему Потемкина, совсем недавно искавшего дружбу, но опытный политик видит в этом желание фаворита стать самостоятельной политической фигурой: «…а тот, которому бы надобно было мне служить подпорою уже от некотораго времени, забыл все свои предо мною обеты, и хотя, как я думаю, не сделался мне еще врагом, но по последней мере по рвению своего высокомерия и надменности оставил меня так, как и многих других, в которых увидел он, что более ему нет собственной нужды». Никита Панин чувствует угрозу своему положению при дворе с усилением влияния Потемкина. Возлюбленный Екатерины постепенно осваивался при дворе, подбирал команду верных сторонников, создавал себе придворную партию, которая стала бы гарантом его самостоятельности и независимости как политического деятеля. «Я уверен, мой любезный друг, — заключает он в письме в Москву с описанием назначения Павла, — что ты собственным своим прорицанием уже довольно постигнешь, в каком критическом положении я теперь и как очевидно извлекают меня из участвования в твоем деле, как будто бы в возмездие тому, что крайность привела к употреблению тебя, а из сего выходит самое притеснение и всем моим делам…»
При общих распоряжениях по усмирению Пугачевского бунта не забыты были и косвенные средства: два агента были посланы по непосредственному распоряжению Потемкина в Оренбург со значительной суммой денег. После решительного сражения Михельсона с мятежниками казачьи атаманы арестовали самозванца и выдали его отряду правительственных войск. С поимкой Пугачева восстание быстро угасло. Екатерина смогла убедиться в правильности своего выбора: Потемкин не только оказал ей должную помощь в скорейшем подавлении восстания, но и сумел нейтрализовать братьев Паниных. Их последующая переписка свидетельствует о постепенном охлаждении между Паниными и Потемкиным, чье положение к этому времени значительно укрепилось.
Докладные записки Потемкина этого периода на имя Екатерины с ее собственноручными резолюциями свидетельствуют о его большой осведомленности и участии в мероприятиях по поводу волнений в крестьянском сословии, в раздаче наград лицам, отличившимся во время подавления Пугачевского восстания. Имея большой опыт работы с депутатами-«иноверцами», Потемкин и тут хлопотал о назначении наград и льгот некоторым «инородцам» по аттестациям покойного генерала Бибикова и генералитета, причем на все предложения Потемкина императрица дала положительные резолюции.
Потемкин как наиболее приближенное лицо к Екатерине II был посвящен в секретные дела, связанные со следствием по восстанию Пугачева: он знакомился с материалами Казанской тайной комиссии, и императрица требовала от него не только высказывания своего мнения, но и действий. Пленный пугачевец, назвавшийся Мамаевым, заявил на допросе поручику Г.Р. Державину, что яицкие казаки послали в Петербург доверенных людей с ядом, чтобы отравить Екатерину и наследника Павла Петровича с женой. Императрица писала своему фавориту и советнику по этому поводу: «Я думаю, что гора родила мышь. Однако есть ли где сих шалунов отыскать должно, то чаю здесь, в Царском Селе… А приметы при сем посылаю». К этому же мнению пришел и Потемкин, сообщавший генерал-прокурору Сената князю А.А. Вяземскому (первому министру правительства Екатерины II) о своих планах в отношении опасных слухов, связанных с серьезнейшим политическим преступлением — покушением на жизнь членов императорского дома: «Мне кажется, что это не новое и, хотя больше на вздор, нежели на дело походит, однако ж в столь важнейшем пункте, как драгоценному здоровью касающемуся, не худо сделать строгое изыскание, что я здесь произвесть не оставлю».
Еще 10 мая Гуннинг доносил в Лондон: «Потемкин действительно приобрел гораздо больше власти, чем кто-либо из его предшественников». К великому удивлению большинства членов Совета при высочайшем дворе, куда входили самые важные лица империи, имевшие чины 1-го и 2-го классов (согласно «Табели о рангах»): граф Н.И. Панин, оба князя A.M. Голицины, граф З.Г. Чернышев, граф К.Г. Разумовский, князь Г.Г. Орлов, князь А.А. Вяземский, Потемкин занял место среди них. Когда он первый раз появился в Совете, 5 мая, у него был еще чин 3-го класса, но уже 30 мая 1774 г. последовал указ о назначении его вице-президентом Военной коллегии с чином генерал-аншефа. Хорошо осведомленный Гуннинг спешит донести в Лондон 21 июня: «Генерал Потемкин присоединен к графу Захару Чернышеву в Военный департамент. Это такой большой удар, нанесенный последнему…», причем дипломат считал именно Чернышева главной пружиной всех придворных интриг.
