В российском тылу было, пожалуй, тяжелее и опаснее, чем на фронте. Моровое поветрие из столицы перекинулось на Нижний Новгород, Калугу, Тверь, Тулу, Суздаль, Рязань. Бояре Пронский и Хилков оставались с москвичами до конца. И долг свой исполнили до конца — чума унесла обоих. Лекарств от страшной напасти не было. Людей спасали лишь стойкость, выносливость и вера. В эту пору прославилось много чудотворных икон, у которых народ искал защиты — и получал ее. Теребинская икона Божьей Матери в Тверской епархии, Боголюбская — в Угличе, Седмиезерская — в Казани. В Москву из Красногорского монастыря была привезена Грузинская икона Богородицы. А в Шуе по видению одного из прихожан лучшему художнику Иконникову было поручено написать за неделю икону Богородицы-Одигитрии. Всю эту неделю город постился и молился, а после освящения иконы «моровая язва» стала прекращаться. Осенью она пошла на убыль и по всей стране, даже заболевшие начали вдруг выздоравливать, и с наступлением холодов эпидемия исчезла совсем.
Сколько людей погибло — неизвестно. Были вымершие деревни, улицы, слободы. Но утверждения ряда источников, что Москва потеряла сотни тысяч жителей, а Центральная Россия — половину населения, выглядят слишком преувеличенными. И столица, и государство в целом довольно быстро ожили и пришли в себя. То есть большинство людей в пораженных районах сумело спастись, отсиживаясь в запертых дворах и домах, либо разбегаясь на природу, в поля и леса. Правительство осенью сочло возможным вернуться в Москву. Но царь после взятия Смоленска из предосторожности остановился в Вязьме, где и встретился со своей семьей. Успехи русского оружия были впечатляющими. Алексею Михайловичу шли поздравления со всего православного мира. Константинопольский патриарх Паисий выслал в дар царю великую святыню — Влахернскую икону Пресвятой Богородицы, с которой византийский император Ираклий сокрушил персов.
А русские отряды брали все новые города — Гомель, Чичерск, Речицу, Жлобин, Рогачев. Часть сил, освободившихся из-под Смоленска, была отправлена под Витебск. В результате у Шереметева собралось 20 тыс. ратников, 20 больших орудий, и 17 ноября после бомбардировки город был взят ожесточенным штурмом. Всего же в кампании 1654 г. под русский контроль перешли 33 города. Но в ту эпоху не только в России, других странах зимой воевали редко. Оставлять войска в холодах и ненастьях означало обречь их на болезни и лишние потери. И Алексей Михайлович распорядился разместить гарнизоны в захваченных крепостях, а прочие части отвести на зимние квартиры, дворянам разрешалось разъехаться по поместьям. Фронт установился по линии Невель — Озерище — Витебск — Орша — Шклов — Могилев.
Отличившиеся командиры получили повышения в чинах, награды. Награждали, как водилось на Руси, прибавками к жалованью, кубками, шубами с царского плеча. Кстати, эти награды часто подвергались насмешкам иностранцев и историков. Вот, мол, как дешево ценили цари своих «холопей» — за подвиг или взятый город всего лишь шубу! Хотя при этом забывается, что эмалированные кусочки металла, из которых делают ордена, сами по себе тоже стоят не дорого. А царские шубы и кубки служили, конечно же, не обычной одеждой и посудой, а именно аналогом орденов. Их записывали в разрядные книги, кубки выставляли в доме на видном месте, а шубы надевали в самых торжественных случаях, напоказ — как ордена.
Все больше входя во вкус власти, Никон повел кампанию по «исправлению нравов» — огласил категорические запреты на пьянство, азартные игры, разврат, сквернословие. От каждого прихожанина требовалось ежедневно быть в церкви не менее 4 часов. По городам стали рыскать люди патриарха, донося о замеченных прегрешениях и хватая нарушителей для наказания. Особенно досталось служителям церкви. Если попадался пьяный священник, его сажали в тюрьму. Настоятелей монастырей, уличенных в тех или иных проступках, заковывали в кандалы и колодки, ссылали в сибирские обители. Последовал и новый виток церковной реформы. Никон созвал освященный собор и поставил на нем вопросы довольно хитро. Не конкретно о перстосложении и прочих расхождениях в греческом и русском богослужении, а в самом общем виде. О необходимости исправления книг и обрядов «по старым» и греческим оригиналам. При такой формулировке собор дал положительный ответ — да, мол, книги и обряды нужно править «по старым славянским и греческим» образцам. При этом коломенский епископ Павел отдельно поднял вопрос о земных поклонах и высказал мнение, противоположное никоновскому, но патриарх тут же, прямо с собора, отправил его в заточение.
