Таким образом путь основным силам был расчищен, они были надежно прикрыты от угрозы фланговых ударов, и 28 июня войска царя и Черкасского подошли к Смоленску. Сразу начали осадные работы: строили лагерь — «земляной город», батареи на Покровской горе, шанцы и острожки, перекрывшие дороги. Подтягивались части генерала Лесли, полковников Бутлера, Гипсона, Траферта, Дестервилля, Яндера, Гундермахера, Энгли. В городе насчитывалось 2 тыс. немецкой пехоты, 4 тыс. шляхты (не считая вооруженных слуг), 1,5 тыс. «жилецких людей» и 6 тыс. ополчения из мещан. Для обороны столь мощной крепости, как Смоленск, этого было вполне достаточно. Но большинство горожан воевать не желало, было много перебежчиков. Литовскому воеводе Обуховичу и коменданту Корфу приходилось изворачиваться. Пушки сосредотачивали по башням и воротам, где ставили немцев и верных гайдуков. А горожан расставляли на менее ответственных участках, по стенам, под надзором башенных гарнизонов.
Поляки использовали обычную в подобных случаях тактику. Защитники Смоленска должны были сдерживать и сковывать царские силы, а поблизости, в Красном, разместился Радзивилл с 15-тысячным полевым войском, чтобы бить осаждающих по тылам, проводить в город подкрепления, а после того, как у него соберется достаточная армия, обрушиться на русских и зажать между крепостью и своим войском, как было в войну 1632–34 гг. Но на этот раз наши воеводы не собирались выжидать подобного развития событий. Под Смоленском остался Алексей Михайлович, а Черкасский с частью войск выступил против Радзивилла. Первый бой обернулся не в пользу русских. Авангард вел себя легкомысленно, шел без разведки, на привалах не выставлял охранения. И Радзивилл, скрытно приблизившись по лесам, напал на него ночью. Среди необстрелянных новобранцев возникла паника, они побежали, бросив пушки и обоз. Пленных поляки не брали, перебили тех, кто был захвачен сонным или пытался сдаться. Большинство русских удрало. И Радзивилл раззвонил о полном разгроме противника, о тысячах убитых. Хвастал, что русским не видать Орши, как своих ушей. Разумеется, приврал. Разбит был лишь передовой отряд. А основной корпус Черкасского только выдвигался. Бойцы учли горький урок. И озлобились на поляков за расправу над товарищами. «Победитель» с полками Черкасского предпочел не встречаться, вопреки своим заверениям бросил Оршу и отошел южнее, к Копыси.
Однако на Россию в это время обрушилось другое, неожиданное бедствие. В Москву прибыло посольство из Грузии. Царя в столице уже не застало, но завезло из Закавказья «моровое поветрие». Чуму. Эпидемия оказалась страшной, стала косить москвичей десятками и сотнями. Находившиеся в городе дворянские и боярские семьи с прислугой начали разъезжаться по поместьям — и разносить заразу по стране. Никон отписал царю, предлагая эвакуировать его семью в Калязин монастырь. И Алексей Михайлович согласился, разрешил выехать и самому патриарху и боярам Пронскому и Хилкову, оставшимся управлять столицей. Объявил, что он никого не неволит оставаться в Москве. Но Пронский и Хилков покинуть свой пост отказались. А Никон повел себя двойственно. Скорее как глава правительства, а не патриарх. Собрал царский двор, штат основных приказов, и огромный обоз спешно покатил прочь из столицы. То есть, с одной стороны, Никон сберег близких государя и работоспособный аппарат управления. А с другой, получалось, пренебрег духовными обязанностями.
Это стало причиной «чумного бунта». Ведь далеко не все имели возможность эвакуироваться, люди продолжали умирать. Собственно бунта как такового не было — москвичи ударили в набат, собрались по колокольному сигналу к Успенскому собору, где шла служба и находился Пронский. Народ обратился к нему встревоженно и возмущенно — почему, мол, патриарх бросил паству в бедствии? Указывали, что некому даже поставить священников взамен умерших, и жертвы эпидемии приходится хоронить не по-христиански. Пронскому удалось успокоить москвичей. Он пояснил, что Никон уехал по царскому указу, обещал сообщить обо всем Алексею Михайловичу, и настроения успокоились. Москвичи стойко переносили бедствие, а Пронский и Хилков энергично боролись с ним. Устанавливали санитарные кордоны, налаживали вывоз и захоронение трупов, обеспечивали город продовольствием…