А на Украине развернулись страшные бои. Теперь там сторонники Дорошенко рубились со сторонниками Брюховецкого. Одному помогали татары, другому — русские. Но ход военных действий куда в большей степени определялся изменами. Полковники лукавили, перекидывались то туда, то сюда. Естественно, со своими полками и городами, и отнюдь не спрашивая мнения горожан и селян. А потом на этих горожан и селян обрушивались противники их полковника, и волей-неволей приходилось защищаться.
Бои шли и в Сибири, где продолжались нападения калмыков и «кучумовичей». Один из них, князь Девлет, разграбил и сжег Далматов монастырь на р. Исети. А в Москве новый сюрприз преподнес Никон. Он вдруг приехал в столицу и как ни в чем не бывало начал вести службу в Успенском соборе. При этом сослался, что во сне увидел прежних патриархов, которые и призвали его вернуться на свой престол, спасать Россию и веру. Потом выяснилось, что «видение» вряд ли имело место, поскольку операцию по возвращению Никона заранее организовал его сторонник боярин Зюзин. Царь такого положения, когда патриарх по своему желанию оставляет и занимает престол, терпеть не стал. Приезд вполне мог спровоцировать волнения в народе, и Никон получил приказ вернуться в Новый Иерусалим. Опять был скандал с «отрясанием праха с ног», сыпались проклятия на Артамона Матвеева, выдворявшего его из Москвы.
Вдобавок Никон увез святыню, посох св. митрополита Петра и не хотел отдавать. Возвращали тоже со скандалами, переговорами и проклятиями. Когда начали разбирательство, патриарх заложил Зюзина, его сослали в Казань. Последовала и еще одна попытка «бегства» Никона — он намеревался в простой одежде ходить и скандалить по Руси. На службах в Новом Иерусалиме он теперь доходил до того, что себя сравнивал с самим Христом, а своих противников величал Пилатом, Иродом, Каиафой, Анной и прочими гонителями Спасителя. По распоряжению царя публицист и проповедник Симеон Полоцкий составил очередное обращение к вселенским патриархам, и грек Мелетий поехал уговаривать их приехать в Россию, помочь разрешить кризис.
Лишние проблемы принес и Ордин-Нащокин, получивший чин окольничего и назначенный воеводой в Псков. Со свойственной ему кипучей энергией он ударился в реформы по собственному разумению. Ограничил торговые права иностранцев в пользу русских компаний, вместо принятой на Руси системы монопольных государевых кабаков ввел свободную продажу вина. На что посыпались жалобы духовенства, купцов, воевод других городов. А торговыми ограничениями возмутились шведы — это было нарушением Кардисского и Плюсского договоров. И царю пришлось вмешаться, отменить «псковские уставы», указав, что в одном городе реформы вводить нельзя, поскольку «будет от того смута большая». Впрочем, он прощал такие промашки Ордину-Нащокину, его инициативность и способности нравились государю, и он все больше приближал Афанасия Лаврентьевича.
Переговоры в 1665 г. так и не возобновились. Поляки тянули время, несколько раз переносили сроки. Но на фронтах наступило затишье. И, пользуясь этим, русское правительство установило регулярные почтовые сообщения с Европой. Прежде ямская служба ограничивалась пределами страны, теперь же стали собирать служебную и частную корреспонденцию для отправки в другие государства и раз в неделю отсылать ее на Запад. Мирная обстановка, похоже, действовала разлагающе на некоторых воинов, и произошел бунт в одной из донских частей. Долгоруков его подавил, повесив зачинщика Ивана Разина, старшего брата Стеньки. В некоторых источниках указывается, что имел место всего лишь самовольный уход на Дон, но это вряд ли. Царь и Боярская Дума такой приговор не утвердили бы, поскольку по закону за дезертирство полагался кнут, а за вторичное дезертирство — кнут и убавка жалованья. Очевидно, Разин был осужден за более серьезное преступление: или за то, что возглавил вооруженный мятеж, или мародерничал по пути следования отряда.
Брюховецкому кое-как удалось разгромить врагов, установить контроль над всем Левобережьем, и в сентябре он, первым из гетманов, нанес визит в Москву. Прибыл со свитой из 300 человек и был обласкан царем. Его пожаловали в бояре, подправили и гетманский титул — он стал зваться уже не гетманом Запорожского Войска, а гетманом Русским. Приехавшие с ним делегаты от казачьей старшины Филиппов, Цесарский, Забелло, Гречанин, Шикеев, Федяненко, Константинов, Романенко, Винтовка, Гамалея и Дворецкий стали думными дворянами. Но чувствовал себя гетман во главе Украины явно неуверенно. Поэтому решил подольститься к Алексею Михайловичу. И делегация привезла «московские статьи», где представители старшины сами же просили несколько ограничить свою автономию.