К концу правления царь все реже обращался к совету «всей земли». Деятельность Земских соборов постепенно угасала. Значительно усилилась личная власть государя, расширилась компетенция центральных органов власти, возросло влияние приказной бюрократии. В 1654 г. по указу Алексея Михайловича создан «Приказ его великого государя тайных дел», куда сходились все нити управления государством, он надзирал за всеми гражданскими и военными делами, находившимися в ведении других государственных учреждений. В 1672 г. в Записном приказе составлен историко-родословный труд о династии Романовых, призванный показать ее преемственность династии Рюриковичей: богато иллюстрированный «Титулярник» включал портретную галерею русских государей, рисунки гербов городов и областей, а также изображения иностранных монархов.
При дворе Алексея Михайловича работали выдающиеся ученые-просветители Симеон Полоцкий, Епифаний Славинецкий, иконописец Симон Ушаков и др.
Приверженец западноевропейских новшеств, Алексей Михайлович завел в Москве и подмосковных царских селах сады и «огороды», в том числе для нужд Аптекарского приказа. В с. Преображенское была построена «комедиальная храмина», где в 1672 г. состоялось первое театральное представление. Отстроено и украшено с. Измайлово. В 1669 г. возведен грандиозный деревянный дворец в с. Коломенское, прозванный современниками «восьмым чудом света». В Москве сооружен каменный Посольский двор, а также новый Аптекарский двор, где по царскому указу кормили нищих и странников.
Алексей Михайлович оставил обширное литературное наследие: письма, мемуары, стихи и прозу («Послание на Соловки», «Повесть о преставлении патриарха Иосифа», неоконченные записки о русско-польской войне). Неофициально Алексей Михайлович именовался Тишайшим.
От первого брака Алексея Михайловича с Марией Ильиничной Милославской родились сыновья – будущие цари Федор Алексеевич и Иван V – и дочь Софья Алексеевна (будущая правительница); от второго брака, с Натальей Кирилловной Нарышкиной, – будущий царь Петр I.
Сын царя Алексея Михайловича и его первой жены Марии Ильиничны Милославской. Как и другие дети от первого брака, Федор Алексеевич был воспитанником Симеона Полоцкого, сторонника сближения России со странами католического мира, знал польский и латинский языки, сочинял стихи. В его правление в 1678 г. была проведена общая перепись населения, позволившая уже в 1679 г. ввести подворное обложение. В 1682 г. специально созванный Земский собор ликвидировал местничество. Правительство Федора Алексеевича начало подготовку к войне со Швецией за возвращение утраченных в Смутное время земель по течению р. Нева и в Карелии, но измена украинского гетмана П. Д. Дорошенко, захватившего в 1676 г. Чигирин, и начавшаяся в том же году война с Османской империей вынудили московские власти отказаться от планов борьбы за Прибалтику.
В конце правления Федора Алексеевича были усилены гонения на старообрядцев. 14 апреля 1682 г. «за великие на царский дом хулы» были сожжены протопоп Аввакум Петров и другие пустозерские узники.
Был женат первым браком на Агафье Семеновне Грушецкой (умерла при родах в 1681 г.). Второй брак – с Марфой Матвеевной Апраксиной был бездетным.
Сын царя Алексея Михайловича и его первой жены М. И. Милославской. В результате острой борьбы двух придворных партий – Милославских, поддержанных восставшими стрельцами, и Нарышкиных, к роду которых принадлежала вторая жена Алексея Михайловича, после смерти старшего сына Алексея Михайловича царя Федора Алексеевича (1682 г.) на царство были венчаны Иван, провозглашенный Земским собором «первым» царем, и его сводный брат Петр, ставший «вторым» царем. В малолетство Ивана и Петра реальная власть была сосредоточена в руках их старшей сестры царевны Софьи Алексеевны.
В 1689 г. власть фактически перешла к Петру. Отличавшийся слабым здоровьем Иван не принимал никакого участия в государственных делах ни при Софье, ни при Петре, пребывая, по свидетельству современников, «в непрестанной молитве и твердом посте». Был женат на П. Ф. Салтыковой; их дочь Анна Ивановна в 1730–1740 гг. занимала императорский престол.
Дочь царя Алексея Михайловича от первой жены М. И. Милославской. Получила прекрасное образование: ее учителями были Симеон Полоцкий, Сильвестр Медведев, Карион Истомин.
После смерти брата царя Федора Алексеевича (27 апреля 1682 г.) Софья активно включилась в борьбу придворных партий, группировавшихся вокруг Милославских и Нарышкиных (родственников второй жены Алексея Михайловича). На первых порах верх одержали сторонники Нарышкиных, провозгласившие царем младшего сына Алексея Михайловича десятилетнего Петра I.