Изменники-бояре требовали от Гермогена «унять» поднявшиеся по его слову русские полки. Но ответом им было: «Да будут благословенны те, которые идут для очищения Московского государства, а вы, изменники, будьте прокляты!» 16 января 1611 г. на патриаршем дворе была поставлена стража, не допускавшая к Гермогену даже его дворовых слуг. Вскоре со старца силой сняли святительские одежды и заключили в подземную тюрьму Чудова монастыря, где патриарх умер голодной смертью.
Останки Гермогена были погребены в Чудовом монастыре. Царь Алексей Михайлович повелел перенести его тело в Успенский собор. Спустя 200 лет после мученической кончины Гермогена, во время Отечественной войны 1812 г., французы, занявшие Москву, выбросили его останки из гроба, и только после освобождения первопрестольной столицы России они вновь были помещены в гробницу. Еще через 100 лет, в мае 1914 г., произошло торжественное открытие мощей Гермогена, причисленного к лику святых. Дни памяти: 17 февраля (1 марта), 12 (25) мая и 5 (18) октября.
Сын Никиты Романовича Захарьина-Юрьева, родного брата Анастасии Романовны Захарьиной-Юрьевой, первой жены Ивана IV Грозного. Был женат на Ксении Ивановне Шестовой. Боярин (1587 г.), приближенный царя Федора Ивановича, после смерти которого был одним из претендентов на престол. По приказу царя Бориса Годунова в июле 1601 г. Федор Никитич насильно пострижен в монахи под именем Филарета.
После воцарения в 1605 г. Лжедмитрия I Филарет возвращен в столицу и рукоположен в сан митрополита Ростовского и Ярославского. В 1608 г. отряды нового самозванца Лжедмитрия II захватили и разграбили Ростов Великий, а митрополита пленили и отвезли в
Тушинский лагерь. По приказу самозванца Филарет возведен в сан патриарха.
После бегства самозванца в Калугу и распада его лагеря Филарет 4 мая 1610 г. вернулся в Москву. С приходом к власти Семибоярщины, избравшей новым московским государем польского королевича Владислава, Филарет возглавил Великое посольство к королю Сигизмунду III под Смоленск. После безуспешных переговоров Филарет вместе с другими членами посольства был взят под стражу и отправлен в Польшу. В плену он узнал об изгнании поляков из Москвы и об избрании царем его сына Михаила Федоровича.
В 1619 г., после заключения Деулинского перемирия Филарет вернулся в Москву. 24 июня поставлен на патриаршество иерусалимским патриархом Феофаном.
Все последующие годы, вплоть до самой своей кончины, патриарх Филарет был руководителем и наставником сына в деле управления государством.
Родился в Тюмени, в 1666 г. принял монашеский постриг, в 1675 г. стал игуменом Далматовского Успенского монастыря. По некоторым сведениям, поначалу был близок к старообрядчеству. В 1679 г. Афанасий оказался в Москве и был приближен к патриарху Иоакиму. Здесь он полностью принял «грекофильские» убеждения; стал одним из главных участников споров со старообрядцами.
Летом 1682 г. всего за 50 дней он написал полемический трактат «Цвет духовный», в котором отразил прения православных иерархов со старообрядцами, проходившие в Грановитой палате в присутствии царского семейства. Автор стремился уберечь православную паству от влияния «безумных мужиков», как он называл старообрядцев, доказать, что «есть здесь в России во святых Божиих храмех благолепие», а стало быть необходимо «слушати государей своих и пастырей и начальников». 20 сентября 1682 г. книга вышла в свет тиражом 1200 экземпляров, позднее несколько раз переиздавалась, рассылалась по епархиям, расходилась в рукописных списках, ее предписывалось распространять по приходам. «Цвет духовный» стал одним из главных антираскольнических сочинений 17 в.
Активное участие принял Афанасий и в полемике с Сильвестром Медведевым и его партией «латинствующих» (т. е. приверженцев католических догматов). Этому посвящены «Книга православного исповедания» (1688 г.) и «Щит веры» (1690 г.). Основываясь во многом на мнении Афанасия, церковный собор 1690 г. осудил «латинствующих».
В 1682 г. Афанасий был возведен в сан архиепископа и назначен в новообразованную Холмогорскую епархию. В своей епархии Афанасий начал каменное строительство, организовал иконописную мастерскую. В кон. 17 в. здесь сложилась книгописная школа со своеобразными традициями в письме и искусстве оформления книги.
Афанасий Холмогорский имел большую библиотеку, знал греческий и латинский языки, интересовался астрономией, медициной, архитектурой, географией. Собранные им сведения о Швеции легли в основу книги «Описание трех путей из России в Швецию». Его перу принадлежат «Шестоднев», различные поучительные сочинения, послания, а также «Лечебник».
