Родилась в Москве. Ее отец П. Ф. Соковин был окольничим. После женитьбы в 1648 г. царя Алексея Михайловича на М. И. Милославской Соковины, состоя в родстве с Милославскими, приобрели особое положение при царском дворе. В 1649 г. 17-летнюю Феодосию выдали замуж за боярина Елеба Ивановича Морозова. В 1650 г. у них родился сын Иван. После смерти мужа в 1662 г. ей досталось одно из самых больших состояний того времени. Морозова предалась делам благочестия, встав на сторону тех, кто поддерживал старую веру. Тридцатилетняя вдова стала носить власяницу и сделала свой дом прибежищем для старообрядцев.
В 1664 г. у Морозовой жил вернувшийся из сибирской ссылки протопоп Аввакум. В это время она вместе со своей сестрой княгиней Евдокией Прокофьевной Урусовой стала его «духовной дочерью». После ссылки протопопа Аввакума на Мезень в 1664 г. Морозова открыто стала выступать в защиту старой веры. В кон. 1670 г. она приняла тайное иночество и в связи с этим демонстративно отказалась присутствовать на свадьбе царя Алексея Михайловича и Н. К. Нарышкиной, состоявшейся 22 января 1671 г. Это было расценено как оскорбление царской фамилии, и Морозова оказалась в опале.
В ночь на 16 ноября 1671 г. Морозова вместе со своей сестрой Е. П. Урусовой, а также сподвижницами Марией Даниловой и инокиней Иустиной была взята под стражу. Они отказались причаститься даров, освященных по Служебникам новой печати, обвинив в ереси власти предержащие. В результате 19 ноября сестры были порознь отправлены в заточение. В кон.
1671 г. или в нач. 1672 г. умер ее сын, бывший к тому времени уже стольником. В связи с отсутствием наследников все имущество Морозовой было распродано, а вотчины розданы боярам.
В конце лета – осенью 1673 г. царь распорядился отправить узниц в Боровск. В нач. июля 1675 г. в остроге была построена глубокая земляная тюрьма, куда посадили Морозову и Урусову. Под страхом смертной казни страже запретили передавать заключенным пищу и питье. 11 сентября 1675 г. умерла Е. П. Урусова. Ненадолго пережила ее Морозова. После получения известий о смерти Морозовой и ее соузниц протопоп Аввакум написал в память о них «Слово плачевное».
Морозова почитается старообрядцами как святая преподобномученица, пострадавшая за правоверие.
В старообрядческой церкви память ее и пострадавших с ней Евдокии Урусовой, Марии Даниловой и инокини Иустины почитается 11 сентября.
Из дворян. В юности принял постриг в Соловецком монастыре: «От юности своей и до смерти житие иноческое опасно проводил». Келейная библиотека Никанора насчитывала свыше 250 томов рукописных и печатных книг. В июне 1653 г. братия Соловецкого монастыря провозгласила Никанора «нареченным архимандритом» и направила его для поставления в Москву. Умный и начитанный монах обратил на себя внимание царя Алексея Михайловича и был назначен игуменом Саввино-Сторожевского монастыря. Никанор пользовался особым доверием царя, в любое время дня и ночи беспрепятственно мог проходить во дворец. Патриарх Никон, зная неодобрительное отношение игумена к церковным нововведениям, старался отдалить его от церковно-государственных дел.