По характеристике одного из сподвижников Петра, современника Софьи Андрея Артамоновича Матвеева, ей были присущи одни лишь пороки: «высокоумие, зависть, хитрость, сластолюбие и любочестие». Ему вторил французский резидент в Москве де Невиль: «Эта принцесса с честолюбием и жаждой властолюбия, нетерпеливая, пылкая и увлекающаяся, с твёрдостью и храбростью соединяла ум обширный и предприимчивый». Однако, как мы уже знаем, она отличалась и многими положительными качествами.
Тот же Сильвестр Медведев отмечал в Софье «чудный смысл и суждение неусыпным сердца своего оком» творить благо для народа российского. И снова — в который уж раз! — удивлялся он тому, что была Софья «девой, исполненной ума, больше мужского».
Но неусыпным бдением Петра подобные отзывы в его царствование не только пресекались, но и объявлялись государственной изменой. И лишь через полвека после смерти Петра в книге «Антидот», вышедшей в Амстердаме в 1771 году и принадлежавшей, как потом выяснилось, перу Екатерины Великой, говорилось: «Надо отдать справедливость Софье, она управляла государством с таким благоразумием и умом, которое только можно было бы желать и от того времени, и от той страны, где она царствовала именами двух братьев».
Современник Екатерины, великий французский философ Вольтер, в книге «История Российской империи времён Петра Великого», описывая период, предшествующий его приходу к власти, дал Софье такую характеристику: «Принцесса Софья ума столько же превосходного, замечательного, сколько и опасного, возымела намерение стать во главе государства. Правительница имела много ума, сочиняла стихи на родном языке, превосходно писала и говорила, соединяя с благородною наружностью множество талантов, однако все они были помрачены громадным её честолюбием».
Споры о Софье не утихают и до сих пор, ибо её правление чаще всего противопоставляют царствованию её брата, забывая, что сама жизнь заставила их обоих занять позиции, враждебные друг другу. Но редко кто задумывается над тем, что Пётр, казнивший собственного сына только за намерение подготовить против него заговор, так снисходительно отнёсся к сестре, которая была его откровенной противницей, не однажды покушавшейся на его жизнь.
Наверное, Пётр высоко ценил таланты и во многом подобный его собственному характер сестры, если, смиряя свой бешеный нрав, не раз оставлял ей относительную свободу и всегда сохранял жизнь.
В тот страшный 1698 год, когда Пётр I примчался из-за границы, чтобы утопить в крови стрелецкий мятеж, он заодно расправился и со своей законной, но давно опостылевшей ему женой Евдокией. Заточив её в монастырь, он почувствовал, что теперь у него совершенно развязаны руки, и стал серьёзнее, чем раньше, размышлять о женитьбе на Анне Моне. Как и прежде, его правой рукой оставался Лефорт. Осенью 1698 года, уезжая на кораблестроительные верфи под Воронеж, Пётр оставил своим представителем в Москве «любезного друга Франца».
