Американская митрополия недолго простирала свою власть над корейской миссией. Ее подчинение Японской епархии создало непреодолимые трудности. После Второй мировой войны борьба за политическое влияние в Корее завершилась окончательным уходом японцев. Освободившись от многолетнего гнета, корейцы считали совершенно неприемлемой любую зависимость от Японии. Поэтому подчинение Японской епархии, даже формальное, стало для корейской миссии невозможным. Но, в соответствии с церковными законами, Корейская Православная Церковь не могла существовать автономно.
Это и было причиной того, что съезд корейских православных христиан, состоявшийся 25 декабря 1955 г., после долгих обсуждений и молитв, принял решение присоединиться к Константинопольскому Патриархату в лице Греческой архиепископии в Америке. Юрисдикционно вопрос был урегулирован признанием власти архиепископа Михаила, греческого экзарха Патриарха Константинопольского в Северной Америке. Таким образом, Церковь получила новое название: «Корейская Православная Церковь (диоцез) Греческой Северо-Американской Православной Церкви». (Сегодня Корейская Православная Церковь является экзархатом Константинопольского Патриархата во главе с Его Преосвященством Митрополитом Дионисием Новозеландским).
После окончания войны (1953 г.) греки покинули Корею, взяв с собой двух корейских студентов – Кима Костаса и Чанга Александра, которые были зачислены в семинарию в Коринфе. На память о себе греки оставили в Сеуле прекрасный храм и целый ряд греческих имен, заменивших собою русские имена, бывшие раньше в большом употреблении.
После Корейской войны русская община в Сеуле практически прекратила свое существование, из «довоенных русских» остались в городе считанные единицы. Православная Церковь и корейская православная община перешли под покровительство единоверцев-греков, что ее, по сути, и спасло от полной гибели. Советских дипломатических представительств в Корее не было, так что в Сеуле осталось только несколько русских семей. Обладателей советского паспорта в Южную Корею пускали только в исключительных случаях и ненадолго.
С середины 1950-х годов основную тяжесть приходской деятельности в Сеуле нес священник-кореец Борис Мун, отдавший миссионерскому делу 21 год своей жизни. К концу 1950-х гг. в стране насчитывалось около 400 православных корейцев. Спустя два десятилетия православная миссия в Южной Корее активизировала свою деятельность благодаря трудам новых пастырей, прибывших сюда из Греции.
Долог и труден был путь восстановления и укрепления Православия в Корее. Прилагая огромные усилия, отец Борис и его верные соратники старались сделать все возможное, чтобы поддержать это «маленькое стадо» верующих, чтобы сохранить церковные ценности, конфискованные корейским правительством, и чтобы вновь в 1978 году воздвигнуть церковь Святого Николая Мирликийского (здание этой церкви, выстроенное в византийском стиле по сей день стоит на том же самом месте).
1970 г. стал важной вехой в жизни православных корейцев: решением патриарха Константинопольского Афинагора и Синода Константинопольской Церкви была учреждена специальная митрополичья кафедра. Она объединила под своим управлением православные приходы в Новой Зеландии, Индии, Корее, Японии, на Филиппинах, Сингапуре, Индонезии, Гонконге. В 1990-х гг. Корейская православная миссия находилась под омофором митрополита Новозеландского Дионисия (Псиахас, р. 1916 г.). Помощь ему, начиная с 1975 года, оказывал архимандрит Сотириос (Трампас).
В конце 1970-х – начале 1980-х годов работниками православной миссии в Южной Корее являлись два священника: настоятель-грек архимандрит Сотириос (Трампас) и молодой клирик-кореец о. Даниил На. В их ведении находились три православных общины, расположенные в самых густонаселенных центрах страны: в Сеуле (8 млн. жителей), Пусане (3 млн.) и Инчхоне (1 млн.). В миссионерском центре Сеула имеется храм в честь Успения Богоматери.
Главное направление работы православной миссии в Корее – евангельская проповедь среди корейцев-нехристиан. Эта задача осуществляется двумя путями – укреплением и подготовкой кадров, способных вести такую проповедь, и ее непосредственным проведением во всех тех местах, где она может быть услышана. Одним из основных препятствий для работы иностранных миссионеров в Корее по-прежнему является языковой барьер. За последнее время эта проблема успешно решается – кадры проповедников готовятся непосредственно из числа самих корейцев. В 1980-х гг. эту задачу решали о. Даниил На и секретарь миссии Савва Ли.