По своему юрисдикционному положению о. Поликарп был «persona non grata» в глазах нового епископа Вениамина (Басалыги), подчиненного Американской митрополии. Последний вызвал корейского диакона Алексея (Ким Ли Хан) в Токио, рукоположил его во иерея и утвердил его в должности начальника Корейской миссии. Вернувшись в Сеул в декабре 1948 г., о. Алексей появился в церкви, но, часть прихожан не приняла его, и произошли беспорядки. Новый начальник миссии смог занять храм лишь с помощью полиции. Он сохранял власть на приходе до 1950 года.
В июне 1950 года, когда коммунисты вторглись в Южную Корею, они депортировали о. Алексея Кима на север, где он, вероятнее всего, и погиб. Во время битвы за Сеул здание русского консульства было разрушено. Здания миссии, давно не ремонтированные, сильно пострадали, а церковь была взорвана. Православные верующие вынуждены были распустить общину. Православие в Корее оказалось под угрозой исчезновения.
Почти все «белые русские» покинули Сеул к 1950 г., а немногие оставшиеся выехали уже во время Корейской войны 1950-53 гг. или сразу после нее. «Красные» уехали еще раньше и не по своей воле, – в 1946 году. На сеульском кладбище «для иностранцев» нашли свое упокоение миссионеры, дипломаты, предприниматели из разных стран Европы и Северной Америки. Здесь сохранилось и до 20 надгробных плит с русскими именами. На многих плитах – выбоины от осколков снарядов, это недобрая память о Корейской войне 1950-53 гг. Некоторые надписи еще можно прочитать. Вот некоторые из них.
Остальные надгробные плиты – 1930-1940-гг. – с трудно читаемыми надписями; у 2-3-х могил – свежие букетики цветов. (Май 2003 г.).
После смерти Сталина, по приказу которого была развязана война в Корее, между Севером и Югом было заключено перемирие. Беженцы начали возвращаться в города и восстанавливать храмы. Велико было изумление тех американских солдат, которые принадлежали к Православию, когда они обнаружили приход собственной Церкви в Корее.
В составе войск ООН, противостоявших северокорейским агрессорам-коммунистам, были военнослужащие из ряда стран мира, в том числе и православных. Греческая бригада особенно щедро жертвовала доллары на ремонт храма и на устройство школы в старом миссионерском доме. Эфиопские войска отнеслись к корейским православным по-братски. И их полковой священник авва Арайя Селассиэ держал себя с о. Борисом как с равным.
На приходе появилось даже несколько белых эмигрантов, вроде пожилого, обросшего седой бородой господина Ширинова, старожила Сеула, не знавшего ни одного языка, кроме русского. «Трогательно было присутствовать на литургии весной 1954 года, которая служилась и пелась на корейском языке, но по русским напевам, с несколькими ектениями по-славянски и по-гречески, причем солдаты отвечали хором на свой распев, – вспоминал Ричард Ратт. – Было еще любопытнее принимать участие в приходском пикнике с корейцами, греками и эфиопами. Каждая группа со своей национальной пищей, и я – один неправославный среди всех. Я долго буду хранить теплую память об «этапе», последовавшей за освящением новой школы при церкви».
Стараниями архимандрита Андреоса (Халкиопоулоса), прибывшего в Корею вместе с греческими вооруженными силами, и при участии православных верующих был воссоздан церковный приход в Сеуле. Здание церкви было восстановлено. Обездоленные войной обрели защиту, сотни новых прихожан приняли святое крещение и были обучены основам христианской веры. Прежде чем покинуть Сеул и вернуться домой отец Андреос приложил все усилия для того, чтобы его преемник, благочестивый мирянин Борис, избранный членами православной общины в Сеуле, смог принять духовный сан в Токио. Он был сначала рукоположен в диакона, а на следующий день в иерея (9 февраля 1954 г.) С этого времени богослужения в сеульском храме стали совершаться регулярно.