Существование некоторых специализированных судов обусловлено конкретной политической ситуацией в стране или исторической традицией. Определяющим фактором в создании судов специальной юрисдикции является необходимость установить особый порядок рассмотрения какой-либо категории дел.
Сегодня в мире существуют три модели организации специализированных ювенальных органов правосудия: семейные суды, суды по делам несовершеннолетних и специальные судебные коллегии общих судов. Ювенальные суды в рамках системы судов общей юрисдикции могли бы стать основным звеном системы ювенальной юстиции. Однако соответствующих изменений в законодательство не внесено и попытки ввести такую специализацию остались в рамках эксперимента. Специализация судей по делам несовершеннолетних ориентировалась только на уголовные дела.
Установление особого порядка производства по делам определенной категории хотя и является основой для создания судов специальной юрисдикции, но необязательно должно привести к выделению подсистемы таких судебных органов. Практически во всех странах отсутствуют отдельные суды для рассмотрения гражданских и уголовных дел, в ряде стран (к числу которых относится и Россия) судами общей юрисдикции рассматриваются также и дела, вытекающие из административно-правовых отношений.
Далеко не всегда структура судебной системы ограничивается выделением на основе принципов материальной и персональной юрисдикции особых судов для рассмотрения отдельных категорий дел по первой инстанции. Суды специальной юрисдикции также могут подразделяться на звенья, между которыми устанавливается инстанционная взаимосвязь, т. е. образовывать подсистему тех или иных судов специальной юрисдикции. При этом разграничение компетенции между судами специальной юрисдикции "внутри" подсистемы этих судов проводится на основе тех же общих принципов — территориальной, материальной и персональной юрисдикции.
Место, которое занимают суды специальной юрисдикции в судебной системе страны, может быть различным. В целом можно выделить три основные модели организации этих судов: 1) суды специальной юрисдикции образуются только как суды первой инстанции и процессуально замыкаются на вышестоящих судах общей юрисдикции (торговые суды во Франции, налоговые суды в некоторых штатах США); 2) суды специальной юрисдикции представляют собой отдельную подсистему, в рамках которой имеются вышестоящие (апелляционные) судебные инстанции, однако в конечном счете они замыкаются на высшем суде в системе судов общей юрисдикции (например, военные суды в ФРГ или в США); 3) создается полностью независимая от судов общей юрисдикции система судов, возглавляемая собственным высшим судебным органом (арбитражные суды в России, трудовые, социальные, финансовые, административные суды в ФРГ).
Конституция РФ упоминает о судах общей юрисдикции при определении полномочий Верховного Суда РФ, указывая, что он "является высшим судебным органом по гражданским, уголовным, административным и иным делам, подсудным судам общей юрисдикции". Из приведенной формулы Конституции РФ следует, что Верховный Суд РФ не может являться "высшим судебным органом" по делам, подсудным иным, чем суды общей юрисдикции, судебным органам. В то же время существующие в России военные суды, которые с теоретической точки зрения совершенно определенно являются судами не общей, а специальной юрисдикции, процессуально замыкаются именно на Верховный Суд РФ, в составе которого функционирует Военная коллегия.
Возможно, именно поэтому при разработке Федерального конституционного закона "О судебной системе Российской Федерации" было принято решение, хотя и не безупречное с точки зрения логики, однако позволяющее снять указанное противоречие: ныне и действующие военные суды, и специализированные федеральные суды, возможность создания которых предусматривается этим законом, были объявлены входящими в систему федеральных судов общей юрисдикции. Таким образом, несмотря на явное внутреннее противоречие термина "специализированный федеральный суд общей юрисдикции", следует констатировать, что любой суд (система судов), для которого высшей судебной инстанцией является Верховный Суд РФ, считается судом общей юрисдикции Российской Федерации.
В рамках системы судов общей юрисдикции существует также подсистема военных судов, призванных осуществлять судебную власть в Вооруженных Силах РФ, других войсках, воинских формированиях и федеральных органах исполнительной власти, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба. Необходимость осуществления деятельности непосредственно в войсках, выполняющих боевые задачи, в особой обстановке во время военных действий объективно требует создания судебных органов, особенности организации и комплектования которых позволяли бы эффективно решать задачи правосудия в таких специфических условиях, при которых деятельность других судов общей юрисдикции была бы невозможной.
