Если дела о преступлениях, совершенных группой лиц, группой лиц по предварительному сговору, организованной группой или преступным сообществом, подсудны военному суду в отношении хотя бы одного из соучастников, а выделение уголовного дела в отношении остальных лиц невозможно, указанные дела в отношении всех лиц рассматриваются соответствующим военным судом.
Система военных судов состоит из трех звеньев: 1) гарнизонные военные суды, образующие основное звено и имеющие полномочия, аналогичные районным судам; 2) суды военных округов и флотов, которые можно приравнять к гражданским судам второй инстанции; 3) Верховный Суд РФ (высшая судебная инстанция по отношению к военным судам), в составе которого образуется Военная коллегия. Коллегия рассматривает в первой инстанции дела об оспаривании правовых актов, касающихся прав, свобод и охраняемых законом интересов военнослужащих и граждан, проходящих военные сборы. В ее компетенции также дела по новым и вновь открывшимся обстоятельствам в отношении вступивших в законную силу приговоров, определений и постановлений окружных и флотских военных судов.
Апелляционная коллегия Верховного суда РФ рассматривает дела по жалобам и представлениям на решения, определения и постановления Военной коллегии, принятые ею в первой инстанции и не вступившие в законную силу, а также дела по новым или вновь открывшимся обстоятельствам.
Структура военных судов и процессуальные инстанционные связи между отдельными его звеньями (гарнизонный военный суд, окружной (флотский) военный суд, Военная коллегия Верховного Суда РФ) идентична структуре иных судов общей юрисдикции, за исключением отсутствия такого звена, как мировой судья.
Высшим звеном подсистемы военных судов выступает Верховный Суд РФ, имеющий в своем составе Военную коллегию, также уполномоченную осуществлять функции всех судебных инстанций. По первой инстанции она рассматривает уголовные дела особой важности. Одновременно рассматриваются гражданские иски о возмещении ущерба, понесенного вследствие преступлений. В роли второй (кассационной) инстанции Военная коллегия принимает к рассмотрению не вступившие в законную силу приговоры и судебные решения окружных (флотских) судов, а в качестве надзорной инстанции осуществляет проверку законности приговоров и решений всех военных судов.
Организационное и ресурсное обеспечение деятельности судов. Включает мероприятия кадрового, финансового, материально-технического и иного характера, направленные на создание надлежащих условий для полного и независимого осуществления правосудия. Функции организационного обеспечения судебной деятельности в России в разные периоды времени возлагались то на органы Министерства юстиции РФ, то на вышестоящие суды. Причем ранее эта функция именовалась несколько иначе, а именно: организационное руководство или организационное управление судебной деятельностью. И только в современный период она трансформировалась в организационное обеспечение судебной деятельности. Организация обеспечения деятельности судов осуществляется различно в зависимости от уровня судебного органа и вида ветви судебной власти. Объясняется это не какими-либо теоретическими концепциями, а, скорее, соображениями практического свойства.
Так, Министерство юстиции РФ занималось организационным обеспечением только судов общей юрисдикции. Но с появлением Конституционного Суда РФ и формированием системы арбитражных судов эти суды вынуждены были самостоятельно решать проблему организационного обеспечения. В связи с этим в Федеральном конституционном законе "Об арбитражных судах в Российской Федерации" закреплено, что организационное обеспечение деятельности арбитражных судов в Российской Федерации осуществляется Высшим Арбитражным Судом РФ. Высший Арбитражный Суд РФ производит подбор и подготовку кандидатов в судьи, организует работу по повышению квалификации судей и работников аппаратов арбитражных судов, осуществляет финансирование арбитражных судов, обеспечивает контроль за расходованием финансовых средств, выделяемых арбитражным судам. Федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов РФ обязаны оказывать содействие Высшему Арбитражному Суду РФ в организационном обеспечении деятельности арбитражных судов в Российской Федерации.