Правительство Филиппа действовало не менее энергично. Булла была распространена в искаженном и кратком изложении, в связи с чем казалось, будто папа предъявляет права на феодальное господство над всей Францией, тогда как 10 апреля 1302 г. французские Генеральные штаты были специально созваны, чтобы выразить общественное мнение относительно того, что королевская власть представила как атаку папства на французский народ. В ответ папе король заявил, что сам он и его предшественники на французском троне всегда считали себя помазанниками Божьими, однако папа в своем декрете требует, чтобы король и в светских делах подчинялся ему и правил в своем государстве исключительно под контролем церкви. Тогда папа призвал к себе прелатов и университетских богословов Франции, желая получить некое оправдание в связи с безосновательно возлагаемыми на него королем и его приближенными обвинениями и отвести оскорбительные выпады последних по адресу духовенства и церкви. Это был всего лишь предлог для того, чтобы лишить и французское королевство кое-кого из лучших его представителей. Римская церковь угнетала церковь французскую бесконечными запретами и судебными тяжбами, стремясь к тому, чтобы наиболее важные епархии Франции были переданы в руки епископов-иностранцев. Французские церкви душили непосильными налогами. В итоге за время понтификата Бонифация VIII подобные злоупотребления достигли такого уровня, что терпеть их дольше не стало сил67.
Итак, французское духовенство оказалось перед острой дилеммой — преданности своему королю и преданности папе римскому. Священники жаловались папе на страшные скандалы, разразившиеся по всей Франции, поскольку миряне совершенно перестали уважать церковь, и молили его возобновить эдикт о созыве Собора, дабы мир снова мог быть восстановлен во владениях французской церкви68. Теперь уже Бонифаций не намерен был постыдно отступать, как в 1297 г. Римский собор состоялся в начале ноября 1302 г., и за ним последовало издание знаменитой буллы «Unam sanctam», которая, основываясь на аргументации и терминологии двухвековой традиции правления папства, подробно излагала основную доктрину папского верховного владычества. Летом 1303 г. Бонифаций подготовил буллу «Super petri solio», в которой Филипп IV отлучался от церкви. Он намеревался издать ее 8 сентября69.
Однако и Филипп Красивый тоже не дремал. В июне 1303 г. Гийом де Ногаре, легист и министр короля, назначенный на эту должность в 1302 г., во всеуслышание обвинил Бонифация во множестве преступлений, в том числе: убийстве, идолопоклонстве, содомии, симонии и ереси. Должен был состояться очередной Собор, где предполагалось допросить папу70. И это были не пустые слова! В Париже и провинциях прошли судебные заседания, на которых неоднократно были перечислены преступления папы71. В августе 1303г. Ногаре с небольшим отрядом направился в Италию и 7 сентября 1303 г. вместе с членами семейства Колонна совершил неожиданное нападение на папу в городе Ананьи, осыпая его оскорблениями и угрозами, однако этот план до конца осуществить не удалось из-за ссоры Ногаре с семейством Колонна. Ногаре не рискнул увезти папу во Францию, опасаясь ширившейся оппозиции, и вынужден был освободить его. Однако Бонифаций, которому было уже под восемьдесят, через месяц скончался, не вынеся потрясений72.
Новый папа, Бенендикт XI, попытался несколько успокоить политические страсти как отсрочками, так и тем, что раздельно обсуждал дела с самим Филиппом и с его советниками, прежде всего с Ногаре. С марта по май 1304 г. он снял с короля Филиппа и семейства Колонна все предъявленные им обвинения, однако Ногаре по-прежнему был отлучен от церкви73. А потому у королевского министра имелась личная заинтересованность в проведении расследования, теперь уже посмертного, по поводу многочисленных преступлений Бонифация VIII, и он стремился непременно осуществить задуманное. В конечном итоге расследование все-таки было проведено в 1310-1311 гг. Требование Ногаре провести его совпало и как бы переплелось с необходимостью провести расследование по делу тамплиеров и весьма сильно сказалось на дальнейшей политике папы Климента V. Меры, предпринятые Бенедиктом XI, восстановили статус короля Франции до того уровня, на котором он находился до издания булл Бонифация VIII. Однако 2 июля 1304 г. Бенедикт умер, и конклав кардиналов в очередной раз был вынужден подбирать подходящего кандидата, который удовлетворил бы обе практически непримиримые партии: сторонников Бонифация VIII и защитников французского государства. По этой причине они в итоге — в качестве компромиссного решения — и сошлись на кандидатуре гасконца Бертрана де Гота.
