Торгоуты делились на две ветви. Одна — здешние исконные жители — были в подчинении у китайского правительства. Другая — цохор-торгоуты, живущие в северной Джунгарии, — имела интересную историю. Как пишет Пржевальский, это были те самые торгоуты, предки которых, вытесненные джунгарами с родных мест, прикочевали в конце XVII века в пространство между Уралом и Волгой и приняли русское подданство. Затем, в 1770 году, большая часть торгоутов с их соплеменниками — хошутами, дэрбэтами, хойтами и олютами, — незадолго перед тем также прикочевавшими с реки Или на Волгу, всего около 460 тысяч кибиток, под предводительством хана Убаши, неожиданно вновь ушли в глубь Азии, сначала на озеро Балхаш, а потом в Илийский край. В пути из-за бескормицы и стычек с кочевниками погибло множества людей и скота и на Или пришло уже только около 260 тысяч человек обоего пола. Они приняли подданство Китая и были поселены в различных местах провинции Или, а также на плато Юлдуз.
На Гашун-Норе Пржевальскому пришлось попрощаться с Мирзашем — своим казахским проводником, а по совместительству батыром-конокрадом, — и нанять нового проводника из торгоутов. 2 мая 1879 года, выступив с озера Гашун-Нор, путники в тот же день покинули Южный Алтай и вступили в неизвестные европейской науке области Джунгарской пустыни.
Джунгария, или Джунгарская пустыня, простирается между Алтаем на севере, Тянь-Шанем на юге и хребтом Саур на западе. Лишь на востоке, суженная гигантскими хребтами подобно бутылочному горлышку, она соединяется с центральноазитатскими степями и пустынями Центральной Азии, а именно с пустыней Гоби. Джунгарская пустыня лежит на высоте около 2500 футов, немного понижаясь к югу. Она крайне бедна водой, а в центре и вовсе безводна, либо вода в озерцах и колодцах соленая и непригодная для питья: реки и ручьи протекают только по ее окраинам. Река Урунгу, по которой проходила экспедиция, была самой крупной и оживляла пустыню с севера.
Самую характерную черту весеннего климата Джунгарии, как и всей вообще Центральной Азии, от Сибири до Гималаев, составляют частые и сильные бури, приходящие почти всегда с запада и северо-запада. Начинается буря часов около девяти или десяти утра, реже с полудня или после него, и почти всегда стихает к закату солнца. Сила ветра огромная; атмосфера наполняется тучами пыли и песка, затемняющих солнце. Таких бурь в Джунгарии экспедиция наблюдала в апреле 10, а в первой половине мая семь. Наблюдая эти бури как регулярные явления в разных местах Центральной Азии, Пржевальский делает верный и передовой по тем временам вывод, что их причиной являются перепады давления.
С местным климатом Пржевальскому и некоторым его спутникам-«ветеранам» уже доводилось сталкиваться: он ничем особо не отличался от климата пустыни Гоби. Как, впрочем, и животный, и растительный мир: те же редкие пищухи, ящерицы, саксаульные сойки, редкие пучки саксаула и дэрисуна (который, впрочем, Пржевальский отмечает как исключительно полезное растение для этих мест, так как он служит не только кормом для верблюдов, но и хорошим топливом в этих безлесных местностях). Всего в Джунгарии экспедицией было найдено 27 видов млекопитающих, кроме домашних. Пржевальский перечисляет наиболее характерные: антилопа хара-сульта (
Открытие Пржевальским дикого верблюда во время его экспедиции в пустыню Гоби, несомненно, произвело большой фурор. Но именно здесь, в Джунгарской пустыне, путешественник впервые увидел живьем дикую лошадь, единственный экземпляр шкуры которой в Европе он привез из второй центральноазиатской экспедиции, и которая была названа его именем.
