Он разделил свои войска на три корпуса: Сен-Сир командовал правым флангом, силой в 15 000—16 000 человек, и ему было поручено оборонять Бокетту, Геную и ущелья Бормиды; Дюгем с левым флангом, составленным из всех частей, имевшихся в наличии в Альпийской армии, то есть с 12 000– 15 000 человек, расположился в Бриансоне. С центром, образованным из дивизий Лемуана, Виктора, Мюллера и Гренье, силой около 25 000 человек, Шампионе двинулся вперед за Кони, чтобы помешать Меласу вести осаду этой крепости – единственной оставшейся у французов в Италии; сохранение этой крепости было для них очень важно. Намерением Шампионе было также зазимовать на равнинах Пьемонта, чтобы можно было с началом весны возобновить наступление, не переходя Альпы.
Мелас упорно продолжал осаду Кони, но ему пришлось в этом раскаяться: его линии между Стурой и Пезио были форсированы. Он был разбит у Виллановы, у Мондови и у Карру, был вынужден очистить весь правый берег Стуры и покинуть свою главную квартиру в Трините. Свою армию он собрал на левом берегу Стуры.
Со своей стороны, Дюгем спустился с горы Женевр, овладел Пиньеролем и Салуццо. Шампионе, чтобы облегчить соединение с ним, выступил из Кони, двинулся 3 ноября на Савильяно с дивизиями Гренье и Мюллера, оставив дивизию Лемуана в Карру на правом берегу Стуры, и приказал Виктору двинуться из района Мондови на Фоссано, чтобы переправиться там через Стуру и присоединиться к армии. Фоссано было ограждено от захвата врасплох.
Мелас собрал все свои силы между этим городом и Маренном. 4 ноября на рассвете он двинулся тремя колоннами нa Савильяно. Дивизия Гренье, атакованная дивизиями Отта и Митровского, не могла сопротивляться. Она была отброшена на Кони. Виктор по прибытии к Фоссано был атакован дивизиями Эльсница и Готтесгейма. Дюгейм прибыл к Савильяно только через четыре часа после того как был отброшен Гренье. Он оказался в тылу у противника.
После двух часов колебаний он отступил сначала на Салуццо. Атакованный на этой позиции генералом Каймом, он продолжал свое отступление на Пиньероль и перевалил обратно через гору Женевр. Шампионе собрал дивизию Гренье в Труччи, дивизию Виктора – в Мороццо. Дивизия же Лемуана оказалась отрезанной от Кони. Некоторые из ее полков были вынуждены сложить оружие. 6 ноября Эльсниц взял лагерь Мадонна-дель-Ольмо у подножия Тендского перевала.
Гренье укрылся в лименском лагере, где был атакован. 12-го он очистил Ормеа и Понте-ди-Наву. 16-го генерал Соммарива занял Аржентьерский перевал. 15-го Провера вступил в графство Ницца. Несчастный бой 4-го числа, названный сражением у Женола, обошелся французам в 8000–9000 убитыми и ранеными и всех привел в уныние. Армия, отброшенная за Альпы и Апеннины, оказалась разделенной на три части.
Шампионе последовательно перенес свою главную квартиру в Пьетру и в Coспело. Мелас осадил Кони, держа обсервационные корпуса на Тендском перевале и у Мондови, и расположил свою главную квартиру в Борго-Сан-Далмаццо. 5 декабря Кони открыл свои ворота. Гарнизон численностью в 2600 человек сдался в плен.
Передвижения Сен-Сира в направлении Генуи были приостановлены Краем, а все атаки, какие Кленау, выйдя из Специи, пытался вести против Генуи, были отражены Сен-Сиром. 15 октября Кленау двинулся на Рекко, в 4 лье от Генуи, увязав свою операцию с Нельсоном, имевшим на своих кораблях десантные войска.
Генерал Миоллис овладел позициями у Рекко, разбил Кленау и отбросил противника за реку Магра, захватив несколько тысяч пленных. Освободившись таким образом от Кленау, Сен-Сир перешел через Бокеттский перевал, двинулся на Нови и отбросил от Ривальты дивизию Карачая, но 2 ноября спешно прибыл Край и двинулся на Акви, чтобы помочь действиям Меласа. 3, 4 и 5 ноября он отбросил Сен-Сира от Ривальты и вытеснил его из Нови, который тот занимал. 6-го Кленау двинулся снова вперед. Он был отброшен за Магру генералом Арно.
В декабре Край возымел надежду изгнать французов из Генуи, но, остановленный бокеттской заставой, он приказал Кленау двинуться вперед и атаковать правый фланг этой позиции. 21 декабря этот генерал атаковал и оттеснил Арно и овладел Торрильей. Положение Сен-Сира сделалось критическим. 14-го он сам атаковал противника, отогнал его за Магру и взял несколько тысяч пленных.
В это время им были получены значительные подкрепления: часть войск, дравшихся у Женолы, а также войск Альпийской армии, которые в это время года были не нужны для охраны высоких гор, прибыли в Геную. Мелас тогда же понял, что ему нельзя выполнить свое намерение, не начав новой кампании. Он решил уйти на зимние квартиры и дать отдых войскам, предполагая открыть военные действия в первых числах февраля. Обе армии расположились на зиму.
