Как уже упоминалось ранее, китайские партизаны-коммунисты пытались силой захватить власть в стране в промежутке между капитуляцией японцев и возвращением англичан в 1945 году. Это привело к столкновениям с полицией, состоявшей преимущественно из малайцев, и крестьянами-малайцами, в ходе которых погибло немало малайцев. К счастью, попытка коммунистов захватить власть была сорвана. Несмотря на то, что англичане достигли с партизанами-коммунистами соглашения о сдаче оружия, всего оружия партизане не сдали. Они спрятали свои вооружения, а их политическое крыло создало Малайскую коммунистическую партию (МКП — Malayan Communist Party), которая захватила контроль над профсоюзами и основала китайские благотворительные и другие общественные организации. Используя свое влияние в профсоюзах и общественных организациях, коммунисты стали угрожать Британской военной администрации (БВА — British Military Administration). Так как мощь коммунистов все возрастала, и они становились все более воинственными, БВА решила ограничить их деятельность. Коммунистические организации были распущены, а их характерные красно-желтые вывески — сняты. Некоторые лидеры коммунистов были арестованы, но большинство из них просто скрылось.
Было совершенно очевидно, что лидеры коммунистов вернулись в джунгли. В 1948 году они начали вооруженную борьбу, убивая плантаторов-малайцев и англичан. Колониальные власти объявили чрезвычайное положение и начали военные действия против партизан. Поначалу война велась не слишком успешно, ибо среди китайского населения имелось множество сочувствовавших коммунистам и их активных сторонников. Чтобы прекратить снабжение партизан продовольствием и деньгами, пришлось ввести комендантский час и переселить китайских фермеров, незаконно занимавшихся сельским хозяйством на участках, прилегавших к джунглям, в так называемые укрепленные «новые деревни». («New Villages») Принимая решение работать совместно с МКА и предоставить гражданство китайцам, ОМНО пыталась изолировать коммунистов от большинства китайского населения. Эта стратегия оказалась успешной, потому что большинство китайцев оценило великодушие, проявленное ОМНО в вопросе о предоставлении им гражданства и поддержало борьбу с коммунистами и борьбу за независимость. Поэтому первое в истории малайских государств демократически избранное правительство смогло добиться предоставления независимости и объединить малайцев и китайцев в борьбе против коммунистических повстанцев, что, в конце концов, позволило разгромить партизан. Правительство также признавало особое положение малайского большинства, тем не менее, в течение первого десятилетия после провозглашения независимости, после того как малайцы столкнулись с реалиями, эйфория улетучилась. За исключением того, что малайцы сменили англичан в государственной администрации, в их статусе не произошло значительных изменений: по сравнению с китайцами они оставались бедными. Малайские лидеры в тот период пришли к выводу, что пределом мечтаний для малайца была карьера государственного служащего, а для китайца — карьера бизнесмена. Возможно, в большинстве случаев так оно и было, тем не менее, значительное число малайцев стремилось к тому, чтобы разбогатеть, что, как они видели, было возможно в сфере бизнеса, а некоторые китайцы считали, что и у них было право работать в государственной администрации, где после ухода англичан появились вакансии. По мере того как малайцы и китайцы все яснее заявляли о своем желании работать в традиционных сферах влияния друг друга, напряженность в обществе нарастала, а отношения между ОМНО и МКА становились все более напряженными. К примеру, попытки правительства выделить некоторым малайцам лицензии на торговлю сигаретами натолкнулись на фактический бойкот со стороны китайцев.
Малайцы начали повнимательнее присматриваться к распределению национального богатства, и пришли к выводу, что они были обречены жить в бедности до тех пор, пока не обеспечено их активное участие в деловой жизни страны. В то время еще не были известны какие-либо точные цифры и факты относительно распределения национального богатства между расовыми общинами Малайзии, но то, что малайцы не имели своей доли в экономике страны, было ясно любому. В Куала-Лумпуре, практически, не было ни одного малайского магазина, все вывески были написаны китайскими иероглифами, а надписи на малайском языке — отсутствовали.
Как это ни парадоксально, но китайские школы также постепенно исчезали, так как все большее число китайских учеников стремилось учиться в английских школах. Это не особо радовало малайцев, потому что китайских учеников в малайских средних школах не было вообще. Малайцы считали, что следовало заставить китайцев и индусов учиться в малайских средних школах, но правительство не желало насильно насаждать национальный язык. Среди малайской молодежи росло разочарование в правительстве Альянса во главе с ОМНО. Одновременно, китайцы были недовольны МКА, считая, что эта партия делала слишком много уступок малайцам и ОМНО.
