Его докторская диссертация «Действующее законодательство о прямых налогах» носила догматический характер. В ней автор дал критический разбор форм прямого обложения, предусмотренных русским законодательством, т. е. действующих в то время законов о подушной подати, о налоге на городские недвижимости, об обложении торговли и промыслов, о повинностях (местные сборы) и оброчной подати. Главным источником этого сочинения послужили «Труды комиссии по пересмотру податей и сборов», учрежденной в 1859 г., соответствующие законодательные акты и некоторые другие материалы. Автор, как он пишет сам, дает объективную научную критику действующего законодательства о прямых налогах с двух точек зрения: экономической и юридической. В первом случае он разбирает соответствие признаков, по которым берется налог, с платежной способностью или ее внешними проявлениями, рассматривает экономическое влияние приемов установления и взимания налога. Приводятся статистические данные, которые количественно отражают значение различных налогов, иллюстрируют текст изложения состояния прямого налогообложения. Во втором случае исследуется определенность законодательной формулировки признаков, по которым констатируется наличность податной обязанности и устанавливаются ее размеры. М. М. Алексеенко, рассматривая налоги с юридической точки зрения, настаивает и на принципе определенности налоговой обязанности. Он подчеркивал, что «неопределенность признаков податной обязанности оказывается роковой для плательщиков в столкновениях с финансовой администрацией, особенно при таком положении дел, когда у исполнителей закона, при довольно широкой области применения "собственного усмотрения", недостаточно развито чувство долга»[1617].
Ученый отмечал разрозненность и обособленность прямых налогов и несоизмеримость налогообложения различных предметов. Так, налоги с торговли и промыслов оказываются далеко не налогами как тягостями известных лиц, а лишь затруднениями торговой и промышленной деятельности, составными частями издержек производства, которые восстанавливаются в цене товаров и продуктов. Автор также приходит к выводу, что в интересах поднятия уровня народного благосостояния в рамках реформы следует снизить размер налоговых обременений крестьянства. Ученый приходит к общему выводу о неуместности и сомнительности повышения налоговых окладов в прямых налогах в ходе назревших реформ в налогообложении. Решить проблемы повышения поступлений от прямых налогов он предлагал двумя способами, не затрагивая крестьянское налогообложение. Первый путь был связан с переустройством обложения землевладения и городских недвижимостей и особенно обложения торговли и промыслов. По мнению автора, необходимо было пополнить систему прямых налогов за счет включения в объект налогообложения пропущенных (капиталы, профессии, должности и службы) и недостаточно затронутых (крупная промышленность, личная и коллективная) объектов[1618]. Второй путь предполагал, по мнению ученого, переход к такой форме обложения, которая установила бы всеобщее привлечение к налогообложению так называемых неподатных сословий.
В 1874–1876 гг. в зарубежной командировке он изучал налоговые системы Великобритании, Германии, Австрии и Франции. Первоначально М. М. Алексеенко испытывал влияние исторической школы и, главным образом, немца Л. Штейна, однако учитывал и критику социалистами существующего строя. Впоследствии, по мнению Л. И. Буковецкого, ученый был ближе к старозаветному манчестерству[1619]. Нам такое отнесение представляется несколько условным, так как М. М. Алексеенко в целом остался на позициях исторической школы и не был чужд социологическому подходу к проблемам финансового права.
Так, отвечая на вопрос, вводить или не вводить в России подоходный налог, М. М. Алексеенко писал, что «надо, прежде всего, убедиться, имеются ли налицо условия, при которых эти меры сохраняют свое существо». В связи с этим он рассмотрел условия, которые придают подоходному налогу тот или иной характер. С одной стороны, как отмечает ученый, подоходный налог может быть самым совершенным выражением податной обязанности – обязанности подданного давать на содержание близкого ему, родного государства долю, соразмерную его платежной способности. Подоходный налог может приближаться к идеалу – к добровольной складчине, может быть основан на согласном сочетании правдивых собственных показаний и беспристрастных комиссионных проверок. С другой стороны, подоходный налог может быть опорочен упорным сопротивлением или «ехидным увиливанием» плательщиков, против которых закон может применять кары. Подоходный налог может выродиться в незаслуженную конфискацию, в вымогательство со стороны агентов фиска. Отсюда ответ на вопрос о целесообразности введения в России подоходного налога, по утверждению ученого, зависит «от характера отношений массы плательщиков к государству, от культурного возраста населения и от достоинства агентов власти»[1620].
