В годы Великой Отечественной войны А.И. Прошляков проявил себя как талантливый военный инженер и военачальник. Он руководил инженерным обеспечением и боевой деятельностью инженерных войск в решающих битвах Великой Отечественной войны под Москвой, в Сталинградской и Курской битвах, в обеспечении успешного форсирования Днепра, Березины, Друти, Западного Буга. Организовывал инженерное обеспечение войск 1-го Белорусского фронта в Висло-Одерской и Берлинской операциях. В этих операциях А.И. Прошляков был заместителем командующего – начальником инженерных войск фронтов, во главе которых стояли прославленные советские полководцы, Маршалы Советского Союза Константин Константинович Рокоссовский и Георгий Константинович Жуков.
В ходе ожесточённых сражений с врагом, с первого и до последнего дня Великой Отечественной войны, ярко проявился его талант крупного военного инженера и военачальника с широким оперативным кругозором. А.И. Прошляков был волевым, энергичным, требовательным начальником, удивительно скромным и выдержанным человеком.
Боевая деятельность А.И. Прошлякова была высоко оценена командованием. В январе 1942 г. он был назначен заместителем командующего – начальником инженерных войск Южного, в августе 1942 г. – Сталинградского, в сентябре – Донского, с февраля 1943 г. – Центрального, с октября 1943 г. – Белорусского, а с апреля 1944 г. -1-го Белорусского фронтов.
Воинское звание генерал-майор инженерных войск было присвоено полковнику Прошлякову Алексею Ивановичу Постановлением Совета Народных комиссаров СССР от 1 октября 1942 г. Постановлением Совета Народных комиссаров СССР от 29 октября 1943 г. генерал-майору инженерных войск Прошлякову Алексею Ивановичу присвоено воинское звание генерал-лейтенант инженерных войск. Постановлением Совета Народных комиссаров СССР от 26 июля 1944 г. генерал-лейтенанту инженерных войск Прошлякову Алексею Ивановичу было присвоено воинское звание генерал-полковник инженерных войск.
После окончания войны генерал-полковник инженерных войск А.И. Прошляков продолжил службу в Вооружённых Силах СССР. В июле 1945 г. он был назначен на должность начальника инженерных войск – заместителя Главнокомандующего Группой Советских оккупационных войск в Германии.
Тогда же Алексею Ивановичу довелось соприкоснуться с темой развития отечественной ракетной техники. В 1945–1946 гг., во время работы советских специалистов, занимавшихся поиском и изучением немецкого ракетного оружия, он руководил работами по погрузке, отправке, транспортировке и разгрузке в СССР оборудования, двигателей и узлов трофейных немецких ракет «V-2» («Фау-2»), а также найденной в Германском ракетном центре Пенемюнде документации к этим ракетам.
Тогда же состоялось и его знакомство с будущими академиками Валентином Петровичем Глушко и Сергеем Павловичем Королёвым, с которыми он потом ещё не раз встречался во время строительства ракетных полигонов Капустин Яр и Байконур.
В июне 1950 года генерал-полковник инженерных войск А.И. Прошляков был направлен на учёбу ив 1951 году окончил Академические курсы при Высшей Военной Академии имени К.Е. Ворошилова, по окончании которых, в июле 1951 г., получил назначение на должность начальника Управления боевой подготовки инженерных войск Вооружённых Сил СССР.
В мае 1952 г. он был назначен на должность начальника Инженерных войск Сухопутных войск Вооружённых Сил СССР.
Занимая высший пост в Инженерных войсках, А.И. Прошляков на основе обобщения боевого опыта Великой Отечественной войны обеспечил коренной пересмотр основных положений советского военно-инженерного искусства в связи с внедрением в войска ракетно-ядерного оружия, перевооружение инженерных войск и развитие их организационно-штатной структуры.
Под его руководством была проделана значительная работа по созданию и освоению новых образцов средств инженерного вооружения и разработка новых способов выполнения инженерных задач. 14 марта 1954 г. на Тоцком полигоне проходили войсковые тактические учения с применением ядерного оружия. Заниматься инженерным обеспечением этих учений пришлось подчинённым Алексея Ивановича, а сам он был главным руководителем по подготовке района опытно-показательного учения, во время которого проводились эксперименты по противодействию инженерно-фортификационными средствами поражающим факторам атомного взрыва.
По заданию начальника инженерных войск, генерал-полковника инженерных войск А.И. Прошлякова, в районе города Бузулука Оренбургской области (в ста километрах от полигона) было построено несколько деревень для выселенных из района испытаний жителей. Части, подчинённые Управлению инженерных войск, также принимали участие в строительстве Семипалатинского ядерного полигона.
Алексей Иванович вспоминал о тех событиях: