Именитые бояре недолюбливали Софию: она держала себя гордо; притом ее считали главной виновницей новых порядков. В 1490 г. умер старший сын великого князя от первого брака – Иван. Возник вопрос, кому быть наследником: второму сыну государя – Василию или Димитрию, сыну умершего князя? Знатным сановникам очень не хотелось, чтобы престол достался Василию, сыну Софии. Покойный Иван Иванович титуловался великим князем, был как бы равным отцу, и потому сын его даже по старым родовым счетам имел право на старшинство. Зато Василий со стороны матери происходил от знаменитого царского корня. Придворные разделились: одни стояли за Димитрия, другие – за Василия. Против Софии и ее сына действовали князь Иван Юрьевич Патрикеев и зять его Семен Иванович Ряполовский. Это были лица, очень близкие к государю, и все важнейшие дела шли через их руки. Они и вдова умершего великого князя – Елена пустили в ход все меры, чтобы склонить государя на сторону внука и охладить к Софии. Пущены были слухи, что Ивана Ивановича извела София. Государь, видимо, стал склоняться на сторону внука. Тогда сторонники Софии и Василия, по большей части люди незнатные – боярские дети и дьяки, составили заговор в пользу Василия. Заговор этот был открыт в декабре 1497 г. В то же время до Ивана Васильевича дошло, что какие-то лихие бабы с зельем приходили к Софии. Он пришел в ярость – жены и видеть не хотел, а сына Василия велел держать под стражей. Главных заговорщиков казнил мученической смертью: сперва отрубили руки и ноги, а потом головы. Баб, приходивших к Софии, утопили в реке; многих побросали в тюрьмы.
Желание бояр исполнилось: 4 января 1498 г. Иван Васильевич короновал своего внука с небывалым торжеством, как будто в досаду Софии. В Успенском соборе среди церкви было устроено возвышенное место. Здесь поставлено было три стула: великому князю, внуку его и митрополиту. На аналое лежали Мономахова шапка и бармы. Митрополит с пятью епископами и многими архимандритами отслужили молебен. Великий князь и митрополит заняли свои места на возвышении. Князь Димитрий стоял пред ними.
– Отче митрополит, – громко сказал Иван Васильевич, – издревле предки наши давали великое княжение первым своим сыновьям, так и я первого своего сына Ивана при себе благословил великим княжением. Волею Божиею он умер. Благословляю ныне старшего сына его, внука моего Димитрия, при себе и после себя великим княжеством владимирским, московским, новгородским. И ты, отче, дай ему свое благословение.
После этих слов митрополит пригласил Димитрия стать на предназначенное ему место, положил ему на преклоненную голову свою руку и громко молился: «Да сподобит Всевышний его Своею милостью, да живет в сердце его добродетель, вера чистая и правосудие» и т. д. Два архимандрита подали митрополиту сначала барму, потом Мономахову шапку, тот передавал великому князю, а он уже возлагал их на внука. Вслед за этим последовала ектения, молитва Богородице и многолетие, после чего духовенство поздравляло обоих великих князей.
– Божиею милостью радуйся и здравствуй, – провозгласил митрополит, – радуйся, православный царь Иван, великий князь всея Руси, самодержец, и с внуком великим князем Димитрием Ивановичем, всея Руси, на многие лета!
Затем митрополит приветствовал Димитрия и произнес ему краткое поучение, чтобы он в сердце имел страх Божий, любил правду, милость и суд праведный и так далее. Подобное же наставление повторил внуку и князь. Этим обряд коронации и кончился.
После обедни Димитрий из церкви вышел в бармах и венце. В дверях его осыпали золотыми и серебряными деньгами. Это осыпание повторялось у входа в Архангельский в Благовещенский соборы, куда ходил нововенчанный великий князь помолиться. В этот день был устроен у государя богатый пир.