Гнев Павла на жену и подругу вызвал потрясения в «верхах» и опалы близких к ним лиц: были отставлены племянник Нелидовой генерал-лейтенант А. А. Баратынский, вице-адмирал С. И. Плещеев, петербургский губернатор генерал Ф. Ф. Буксгевден (его место занял будущий глава заговора П. А. Пален), генерал-прокурор князь Алексей Куракин и вице-канцлер Александр Куракин. Императрица смирилась. Павел сделал Лопухину камер-фрейлиной, подарил ей дом на Дворцовой набережной, куда ездил инкогнито в карете, украшенной мальтийским крестом, которую хорошо знали в столице. Скромная Анна Петровна старалась держаться вдали от интриг и пользовалась своим влиянием только для просьб о прощении попавших в немилость или о наградах для кого-нибудь — плакала, капризничала и в итоге получала желаемое. Её мачеха стала статс-дамой, а отец — генерал-прокурором и действительным тайным советником. Павел стремился и этому увлечению придать рыцарский характер: возвёл возлюбленную в степень кавалерственной дамы Большого креста Мальтийского ордена; имя Анны (
Вокруг дам, пользовавшихся благосклонностью императора, складывались и боролись придворные «партии». Павел был непредсказуем: то возносил своих слуг (к примеру, Иван Павлович Кутайсов из пленного турка стал царским брадобреем, а затем — ближайшим к государю лицом и графом Российской империи), то налагал опалы на вернейших, в том числе на Аракчеева.
Резкость, неуравновешенность и вспыльчивость императора, наступление на дворянские привилегии, мелочная регламентация различных сфер жизни настроили дворянство против него. Количество арестантов по Тайной экспедиции начало быстро расти, и почти половину угодивших туда составляли дворяне; наиболее частым преступлением стало оскорбление величества, а реакция властей на него — весьма суровой. Так, унтер-офицера Мишкова, подозреваемого в авторстве злой карикатуры на царя, тот приказал в начале 1801 года, «не производя над ним никакого следствия, наказав кнутом и вырвав ноздри, сослать в Нерчинск на каторгу». Хорошо ещё, что приведение экзекуции в исполнение было, по-видимому, умышленно затянуто; пришедший к власти Александр I велел дело «оставить без исполнения». Произвольные репрессии императора стали одной из причин образования против него заговора.
Педантичный до смешного Павел уже распланировал чуть ли не по дням весь наступивший 1801 год:
«10-го марта начинаются ученья. Первые 10 дней поодиночке, потом и две недели ротами, а последние две недели баталионам, причём Его Императорское Величество присутствовать изволит по трижды в неделю: в понедельник, в среду и в пятницу, а в те две недели, что ротами учить будет, только мимоездом.
1-го майя переезд в Павловское и отъезд Его Величества в Москву.
2-го ночевать в Новегороде и при отъезде Его Величество смотреть изволит баталион полку Вырубова.
3-го в Валдае.
4-го в Вышнем Волочке, где Его Величество осматривать изволит водную коммуникацию.
5-го в Твери, и при отъезде Его Величество смотреть изволит баталион полку Вырубова.
6 приезд в Москву к ночи или к обеду другого дня...»
Но в ночь на 12 марта 1801 года император был убит группой заговорщиков из гвардейских офицеров в только что отстроенной резиденции — Михайловском замке. Подготовкой заговора руководил военный губернатор Петербурга Пётр Алексеевич Пален — исполнитель многих жестоких распоряжений Павла:
