В 1858 году были организованы первые женские училища; женщин впервые стали брать на службу в государственные учреждения. С 1864 года мальчики могли получать среднее образование в семилетних классических (с изучением греческого и латинского языков) или реальных (с естественно-научным уклоном) гимназиях; в 1872 году последние были заменены реальными училищами, выпускники которых, в отличие от гимназистов, не имели права поступать в университет без экзаменов, но принимались в высшие технические учебные заведения. Среднее образование было платным, что являлось препятствием в его получении детьми из малоимущих семей; с точки зрения власти, неразумно было плодить образованных бедняков, отрывавшихся от своей среды. Университетский устав 1863 года возрождал введённую при Александре I и урезанную при Николае I автономию высшей школы: все должности, в том числе ректора, были выборными; учебными, научными и финансовыми делами университета ведал совет из профессоров, а проступки студентов рассматривал университетский суд.
В том же году были отменены телесные наказания (шпицрутены, розги и клеймение) для всех подданных, кроме крестьян.
В 1865 году в столицах ликвидировалась предварительная цензура для книг — теперь за публикацию «недозволительных» сведений следовало наказание по суду; но министр внутренних дел после трёх «предостережений» имел право прекратить выпуск периодического издания.
По закону 1869 года сыновья православных священников были освобождены от автоматической приписки к духовенству и могли избрать любой род деятельности; таким образом, перестала существовать замкнутость духовного сословия. В 1874 году был издан новый закон о старообрядческих браках: их стали регистрировать в полиции в особых метрических книгах, и появившиеся в таких браках дети уже считались законнорождёнными.
Конечно, эти изменения не были радикальными. По приговорам волостных судов крестьян продолжали пороть. Деятельность земств и городских дум была ограничена их финансовыми возможностями (они получали средства только в виде сборов с земли и с выдачи прав на торговлю и промыслы) и контролем со стороны администрации — губернатор мог отменить любое их решение. Сохранялся особый духовный суд по семейному праву. Герои романа Льва Толстого «Анна Каренина» не могли развестись, поскольку сам по себе роман Анны с Вронским по этим законам основанием для развода не являлся — необходимо было публичное уличение в прелюбодеянии, совершённом в присутствии свидетелей. Сохранялась и привилегия («административная гарантия») для чиновников: только министр или губернатор решал вопрос о привлечении своих служащих к суду, а чаще всего просто увольнял их.
Реформы стимулировали экономическое развитие — в стране началось масштабное железнодорожное строительство, вызвавшее создание новых отраслей промышленности. К 1865 году протяжённость железных дорог составила три тысячи километров, они соединили Москву с основными хлебопроизводящими районами и морскими портами. В 1880 году была введена в эксплуатацию Оренбургская железная дорога, доставлявшая российские товары на азиатские рынки; в ходе её прокладки Александр II лично курировал строительство самого длинного в Европе Сызранского моста через Волгу, состоявшего из тринадцати пролётов по 111 метров.
Преобразования были важным шагом на пути модернизации российского общества, но практически не затронули политическую систему. А ведь такие планы имелись. Министр внутренних дел Пётр Александрович Валуев в 1861—1863 годах предлагал создать Кабинет министров во главе с премьером, отвечавшим за работу своей «команды», ввести систему одинакового для всех подоходного налогообложения и образовать при Государственном совете нижнюю палату из выборных представителей земств, городов и национальных окраин с правом совещательного голоса: «Это мероприятие представляет то преимущество, что не наносит никакого удара полновластию государя, сохраняет ему всю законодательную и административную силу, а между тем создаёт центральное учреждение, которое было бы чем-то вроде представительства страны. Император смог бы призвать туда временных советников, взятых из различных провинций империи, и привлечь их к законодательным работам, не допуская в департаменты и не растягивая период законодательных работ на весь год».
Но эти предложения были отклонены царём. «Я готов подписать какую угодно конституцию, если бы я был убеждён, что это полезно для России. Но я знаю, что сделай я это сегодня — и завтра Россия распадётся на куски», — отвечал Александр II в 1865 году на предложение собрать «выборных людей». А ведь в таком «парламенте» дворяне, буржуазия и даже крестьяне приобретали бы политический опыт, закладывались бы основы будущих политических партий; тем самым монархия не только не проиграла бы, но и расширила собственную опору.
Боязнь распада империи была не единственной причиной незавершённости реформ — в стране ещё отсутствовало активное общественное движение, способное «подтолкнуть» правящие круги к их продолжению.
