Аресту и следствию подверглись по обвинению к принадлежности к контрреволюционной офицерской организации Главком Вооруженных Сил Республики И. И. Вацетис (полковник старой армии), помощник руководителя Высшего Военного Совета С. Г. Лукирский (генерал-майор старой армии), военрук Северо-Кавказского военного округа А. Е. Снесарев (генерал-лейтенант старой армии), бывший руководитель инженерной обороны Петрограда К. И. Величко (генерал-майор старой армии), помощник начальника Организационного управления и Центрального управления военных сообщений Полевого штаба Реввоенсовета Республики К. И. Бесядовский (полковник старой армии) и др. Названных выше лиц после недолгого разбирательства оправдали, и они продолжали свою службу в Красной Армии на различных должностях, в основном преподавателями в военных академиях. Но стали появляться и смертные приговоры.
Первому объявили смертный приговор выходцу из потомственных дворян, имевшему боевой опыт, капитану 1-го ранга Алексею Михайловичу Щастному, после октябрьских событий перешедшему на службу Советской власти. Щастный с 27 декабря 1917 года по 9 января 1918 года исполнял обязанности 1-го заместителя начальника военного отдела Центробалта. Затем стал начальником Морских Сил Балтийского моря. В 1918 году руководил ледовым походом кораблей Балтийского флота. Спустя месяц после похода, при активном участии Троцкого, Щастный был арестован. Через два дня после ареста, обеспокоенная судьбой своего командующего, в Морскую коллегию обратилась команда линкора «Андрей Первозванный».
Троцкий знал, на что способны «революционные» матросы, как они могут «наводить порядок» и что они могут натворить в случае их мятежа или недовольства действиями властей. Поэтому нарком сразу же после ареста поспешил заручиться поддержкой законодательного органа Республики (ЦИК). Расправа с бывшим капитаном 1-го ранга А. М. Щастным получила широкую огласку на флоте и послужила поводом для ухода со службы значительной массы флотских офицеров. Кронштадтский мятеж в марте 1921 года послужил новым поводом для эскалации репрессий против командиров на флоте. Тогда впервые была названа «Петроградская боевая организация» (ПБО). Из числа арестованных по делу ПБО большую группу (61 человека) расстреляли в августе 1921 года, остальных приговорили к различным срокам заключения. Но это было только начало. Аресты командного состава флота в 1921 году прошли в Петрограде и Кронштадте, в Мурманске и в Крыму. Моряки подвергались не только аресту, но и другим видам дискриминации. Например, так называемой фильтрации, цель которой была прежде всего политическая аттестация командного состава флота. Эта своеобразная сортировка всех «бывших» на категории политической благонадежности была большим подспорьем в работе особых отделов ВЧК. Всегда можно было наметить лиц, предназначенных к «изъятию», т. е. аресту органами ВЧК.
Эту зверскую «позицию» значительной части руководства ВЧК предельно четко выразил уполномоченный Особого отдела в Морских Силах Балтийского моря А. Грибов в своей докладной от 9 сентября 1921 года (приведенной Черушевым): «Я полагаю, что чем больше их (бывших флотских офицеров. –
Позиция явно циничная, но, с другой стороны, и ситуация была довольно сложной своей неопределенностью: можно доверять военспецам или нет? Всего за участие в Кронштадтском мятеже к высшей мере наказания были приговорены 2103 человека, а к различным срокам лишения свободы – 6459 человек. С определенного момента целенаправленное уничтожение бывших генералов и офицеров старой армии, начатое в годы Гражданской войны, в конце 1920-х и начале 1930-х годов набирает обороты. Гонениям в эти годы подверглись как действующие командиры РККА, так и находившиеся в запасе и отставке (нахождение в запасе тогда именовалось долгосрочным отпуском).
ОГПУ одну за другой проводило операции по «зачистке» бывших военспецов, которые, как отработанный материал, уже оказались ненужными. Разработка ОГПУ некоторых из этих операций так или иначе связывалась с именем Михаила Николаевича Тухачевского.
