А тем временем противостояние Ельцина с парламентом продолжалось. 20 марта 1993 года Ельцин обратился по телевидению к народу. Он жаловался на Верховный Совет, что тот пытается управлять страной «через парламентскую говорильню и митинговщину». Сообщил, что назначает на 25 апреля всенародный референдум о доверии президенту. В результатах референдума он мог не сомневаться, поскольку СМИ освещали события односторонне, в его пользу. Суть же самого конфликта для населения оставалась непонятной, прессой она преподносилась чуть ли не как попытка Верховного Совета восстановить коммунистический режим. В своем выступлении Ельцин также пообещал вынести на референдум проект новой конституции и новый закон о выборах федерального парламента. К этому он добавил, что вынужден подписать указ «Об особом порядке управления страной до преодоления кризиса власти». Указ этот приостанавливал работу Верховного Совета и съездов народных депутатов. Указ должны были завизировать А.Руцкой и секретарь Совета безопасности Ю.Скоков. Но оба отказались. Уклончиво отнесся к подписанию указа и председатель Конституционного суда В.Зорькин. После этого Ельцин велел указ не оглашать. Было принято решение указ изменить, и через несколько дней он появился уже в смягченном виде. Но было уже поздно, содержание первоначального указа уже стало достоянием заинтересованных кругов: «…по телевидению выступили Зорькин, Руцкой, генеральный прокурор Валентин Степанков и заместитель Хасбулатова Юрий Воронин. Они назвали действия президента антиконституционными» [46, стр. 181]. А 26 марта в целях объявления импичмента Ельцину собрался внеочередной съезд народных депутатов. Уже шел подсчет голосов, когда в зале появился Ельцин и заявил, что не признает решения об импичменте, пока на референдуме по этому поводу не выскажется народ. Но ситуация разрешилась сама собой, для объявления импичмента не хватило трех десятков голосов. И тогда Борис Николаевич вышел к своим сторонникам, собравшимся на Васильевском спуске, провозглашая победу. Но это еще не было победой. Она ощутилась лишь тогда, когда 25 апреля на референдуме 56 % избирателей поддержали Ельцина.
Одержав на этом этапе победу, Ельцин отправился отдыхать на Валдай. Это уже стало обычной формой его поведения после выигранного сражения. Но еще до этого он успел отстранить А.Руцкого от порученного им же дела. А суть в том, что в октябре 1992 года Руцкой по указанию Ельцина возглавил комиссию Совета безопасности по борьбе с преступностью и коррупцией. Так вот 29 апреля Ельцин отстранил Руцкого от руководства комиссией. Руцкому запрещалось встречаться с силовыми министрами, так как последние находятся в подчинении президента. Этот запрет нарушил главный российский контролер Болдырев (из организаторов «Яблока» — Явлинский, Болдырев, Лукин), собиравшийся передать Руцкому результаты проверки Западной группы войск, за что был отстранен и позже уволен. 7 мая 1993 года Ельцин лишил Руцкого всех поручений и фактически низвел его до положения изгоя. В ответ 16 июня Руцкой заявил, что передаст уже собранных 11 чемоданов компромата на высших чиновников в прокуратуру. Тогда последовало увольнение руководителя Министерства безопасности Баранникова, которого Ельцин заподозрил в помощи Руцкому по сбору этих 11 чемоданов.
Хасбулатов был настороже, он даже отказался распускать на депутатские каникулы Верховный Совет, ожидая очередного удара. И он последовал в виде указа номер 1400, распускающего парламент. Готовился этот указ в глубокой тайне, и только 21 сентября 1993 года Ельцин сам его озвучил в выступлении по телевидению. В ответ на это в ночь с 21 на 22 сентября Верховный Совет принял постановление о прекращении президентских полномочий Ельцина. Присягу Президента РФ принес А.Руцкой. А 22 сентября Конституционный суд официально отстранил Б.Ельцина от должности президента в соответствии со статьей Конституции 121.6.
Ельцин сделал вид, что ничего не слышал об этом решении. Пресса была в его руках, телевидение тоже. Тщательно скрывали эту тайну он сам и его окружение. И в стране в то время об этом почти никто не знал. «Таким образом Ельцин совершил двойное преступление против действующей законно избранной законодательной власти. Он распустил и расстрелял парламент, причем приказ о штурма Белого дома он отдал, будучи уже никем» [16, стр. 236]. Но так или иначе, с применением силы с двоевластием было покончено. 12 декабря 1993 года был проведен референдум по принятию новой Конституции, по которой в России устанавливалась президентская республика с двухпалатным парламентом.
