В работе Флорентийского собора (1439 - 1442 г.г.) приняли участие довольно большая делегация восточной православной церкви. В процессе подготовки важнейших решений об объединении церквей на соборе разгорелись догматические споры. Однако, в силу все тех же причин, связанных с турецкой опасностью, византийские представители были вынуждены признать верховенство римского папы, принять догматы католического вероучения с условием сохранения православной обрядности. Митрополит Исидор, будучи единым представителем русской православной церкви и Москвы и Киева, он отстаивал необходимость унии, но наткнулся на противодействие светского представителя московского князя тверского епископа Фомы.
В результате долгих дискуссий и жарких догматических споров уния была принята, но когда Исидор возвратился в Москву, Василий II был в ярости от результатов деятельности русской делегации и лично Исидора. Надеясь на получение самостоятельности и независимости от Константинополя в церковных делах, новоиспеченный "легат от ребра св. Петра" Исидор привез московскому князю папскую грамоту, в которой Великий князь приглашался быть "усердным помощником" Исидору взамен "папского благословения". По повелению князя Исидор был заключен в Чудов монастырь, откуда бежал сначала в Литву, после в Киев и, наконец, в Рим, где и стал кардиналом, формально оставаясь митрополитом Киевским и всея Руси.
Сложилась интересная ситуация. Отношения с Византией были испорчены, поскольку патриарх оказался сам сторонником унии, все попытки Василия II получить разрешение Константинополя на самостоятельно избрание митрополита успеха не имели. Киевский князь Олелько также был в недоумении по поводу поведения и намерений Исидора. На его запрос (спустя 6 лет после отъезда Исидора) Константинопольскому патриарху Григорию последний ответил, что кардинал Кир-Исидор является законным митрополитом киевским и всея Руси.
Сам Исидор делами киевской митрополии совершенно не занимался, хотя и неоднократно собирался приехать в Киев. Тем временем Василий II, узнав об ответе патриарха в отношении Исидора, в 1448 году вновь инициировал избрание митрополитом рязанского епископа Иону. Но наступило время, когда идея унии перестала быть актуальной. Оба инициатора этой акции (папа Евгений и император Иоанн) умерли, новый папа Николай V был сторонником католичества, польский король и литовский князь Казимир выразил полную свою подчиненность Риму. Однако военные успехи московского князя вынудили Казимира обратиться к епископу Ионе за содействием в деле подписания мира с Москвой в обмен на обещание объединить митрополии. Иона действительно стал реально единым митрополитом всей Руси и Московской и украинской и белорусской, но некоторые епископы его не признали.
Разделение митрополий. А тем временем, в 1453 году произошла страшная для всего православного мира катастрофа: турки взяли Константинополь и разрушили его. В Москве расценили это событие как Божью кару за измену православию на Флорентийском соборе и отныне не считали себя связанными с Византией в части обязательности рукоположения митрополитов. Исидор, называвший себя митрополитом Киевским и всея Руси был непосредственным свидетелем падения Константинополя, после чего вернулся в Рим и стал советником нового папы Калиста III, который вновь вернулся к идеям унии. Он по совету Исидора специальной буллой назначил в 1458 году митрополитом в Галиции епископа Макария. А после этого стал добиваться возобновления отдельной киевской митрополии. Раскол некогда единой церкви произошел 3 сентября 1458 года, когда преемник Калиста III папа Пий II издал буллу о разделении Киевской митрополии на верхнюю (Московскую) и нижнюю (Польско-Литовскую). При этом верхняя митрополия сохранялась за все тем же Исидором, а нижняя - за игуменом греческого монастыря Григорием, учеником Исидора c титулом митрополит Киевский и всея Руси. Одновременно Пий II обратился к Казимиру и русской пастве в пределах Литовского княжества не пускать в пределы Литовской части ни московских посланцев, ни константинопольских, а к пастве в верхней митрополии - с призывом не признавать Иону. Дело в том, что после разгрома Византии стало два вселенских православных патриарха - один в Константинополе под властью турецкого султана, а другой - в Риме.
