В мае 1877 года Боткин второй раз в жизни выехал на театр военных действий, теперь уже на Балканы, в Дунайскую армию, «по званию лейб-медика в свите императора». Он провел в армии безвыездно около 7 месяцев, передвигаясь с императорской квартирой. Обязанностью его в качестве лейб-медика царя Александра II было безотлучно находиться при императорской главной квартире, ежедневно (обычно утром и вечером) осматривать царя и в случае возникновения у того каких-либо недомоганий принимать меры к их устранению. Такое положение тяготило Боткина как человека, привыкшего к активной деятельности, что видно из его переписки с женой.
После смерти Боткина вдова издала отдельной книжкой его письма к ней из Болгарии, и «получился как бы дневник, описывающий жизнь в ставке Государя». Этот «дневник» представляет немалый интерес, прекрасно изображая жизнь высших военных кругов во время походов и боев под Плевной. Характеристика С. П. Боткиным военных будней императорской ставки, острые замечания о некоторых участниках этой войны всегда реалистичны и метки. Из писем видно также, что он рвался из ставки в Петербург к научной и врачебной работе, к семье, считая свое пребывание здесь не приносящим большой пользы. Так, Боткин пишет из Болгарии 14 ноября 1877 года: «Мои нервы слишком натянуты за это время, чтобы сносить долее мое тяжелое положение лейб-медика. Обязанность врача мне никогда не может быть тяжела, но она иногда делалась невыносимой в моем положении. В 45 лет лишиться самостоятельности, свободы действий, отчасти свободы мнений, слушать все, видеть все и молчать – все это не только бесполезно, но и вредно не для одного меня, но и в отношении моего медицинского дела».
Много времени, помимо своих прямых обязанностей при особе государя, Боткин уделял работе лечебных походных учреждений. При первой же возможности он посещал «военно-временные» госпитали или лазареты «частной помощи», расположенные поблизости от императорской ставки, помогал советами. «Сегодня опять работал в госпитале, – пишет он в очередном письме жене, – и хорошо понимаю, что эта работа не бесплодная: ведь я не обхожу госпиталь как генерал от медицины, а обхожу как опытный врач, предлагающий услуги товарищам в случаях, где они затрудняются».
Письма Сергея Петровича наполнены и «скорбным, горьким чувством» от тяжелых потерь и неудач русской армии («Под Плевной было очень плохо; наших погибло, говорят, от 5 до 7 тысяч… Турки в Плевне укрепились ужасно») и симпатией к простым «труженикам» войны – рядовым солдатам и полевым армейским офицерам («Люди, живущие в опасности, при некоторых лишениях положительно становятся лучше, нравственнее, добрее»). Сознавая весь ужас войны («Пора, пора кончать с этим ужасом! Неужели еще мало крови, мало несчастья, мало бедствия?»), Боткин, однако, подчеркивает ее глубоко справедливый характер. «Вместе с болью в сердце от грустных дум, – пишет он в одном из писем, – у меня все-таки твердо сидела мысль, что идем на хорошее, святое дело, участвовать в котором своим трудом будет отрадой на значительную часть жизни».
Александр II
Лишь в конце 1877 года Сергей Петрович вновь оказался в Петербурге. Несмотря на свое отрицательное отношение к придворному окружению, он был искренне и глубоко предан императору Александру II и, в свою очередь, пользовался большой симпатией с его стороны. Как отмечают биографы, близость к монарху обусловливалась самой должностью постоянного лейб-медика. Ввиду этого Боткин был силою обстоятельств посвящен во все интимные стороны жизни императора, в том числе в его отношения с княгиней Юрьевской.
Это, по-видимому, явилось причиной прохладного отношения к нему Александра III. Оставаясь формально его лейб-медиком, Сергей Петрович теперь уже не был близок ко двору. На это имелись и другие причины. Находясь вдали от каких-либо политических партий и кругов, он все же тесно был связан не только служебными отношениями, но и дружбой со многими деятелями прежнего царствования, такими как М. Т. Лорис-Меликов, Д. А. Милютин и др. И конечно, на нем самом лежал «известный отпечаток либерализма», не вписывавшийся в настроения царствования Александра III. Усложнял положение Боткина и «фрондирующий и либеральный нрав» его второй жены. Ее мать вторым браком была замужем за польским революционером по фамилии Острога, ввиду этого Екатерина Александровна «при дворе не была принята и фрондировала его».
Возвратившись в Петербург, Сергей Петрович с еще большей энергией развернул свою врачебную и общественную деятельность. Авторитет его был высок как никогда. В 1878 году он единогласно избирается председателем Общества русских врачей в Петербурге и становится одним из организаторов нарождающейся в России общественной медицины, задачей которой было улучшение медико-санитарного обслуживания широких слоев населения, борьба с массовыми эпидемиями и заболеваниями. Масштаб этой общественной деятельности С. П. Боткина был очень велик.