После 1685 года Сольвычегодск перестает быть главной резиденцией Строганова. Промышленник перебирается в Нижний Новгород. Переселение было вызвано его желанием находиться поближе к центральным районам России, где он все шире развертывал торгово-промышленную деятельность. Отсюда было ближе и к Москве, куда Строганову приходилось наведываться по различным административным и торгово-промышленным делам. Его новой резиденцией вначале становится заречное село Гордеевка, расположенное против Нижнего, на другом берегу Волги. Это вотчинное село Строганова, состоящее из добротных каменных господских домов и каменных надворных построек, имевшее красивую, выстроенную в стиле барокко церковь Смоленской Богоматери, выглядело гораздо внушительнее, чем Нижегородский кремль. Ведь и сам кремль, и административные здания в нем, и даже дворец губернатора были срублены из дерева.
Путешествовавший тогда по России голландец Корнилий де Бруин так описывал открывшуюся перед ним картину кипящей торговой жизни в Нижнем Новгороде: «Река здесь постоянно заставлена множеством судов, приходящих или уже пришедших сюда со всех сторон. На другом берегу этой реки лежит большое село, принадлежащее Григорию Дмитриевичу Строганову, с прекрасной каменною церковью и близ нее с каменным же господским домом, где живет по временам он сам. Сим вечером отсюда отплыло 48 больших 9-весельных барок, на которых в каждой было человек по 40…Все эти барки, находившиеся в сем городе, принадлежали этому купцу, которого считают… самым богатым в России».
Позднее из Гордеевки Строганов перебрался в Нижний. На берегу Волги, рядом с пристанями, он возвел новое «обширное подворье с каменными палатами, службами, амбарами и складами» и начал строить удивительную Рождественскую церковь, возвышавшуюся над городскими улицами и пристанями. В народе ее называли «строгановской». «Всякими красками раскрашена», – рассказывали о ней очевидцы. Украшал ее каменной резьбой из сказочных цветов знаменитый мастер Г. Иванов. На церковной колокольне, под крестом, был установлен флюгер, показывавший направление ветра. Укрепленные на колокольне куранты с музыкальным боем отмечали фазы Луны и времена года. Сохранилась легенда, будто бы образ Спаса Вседержителя, изображенного на иконе с символами власти, весьма напоминающими царские, сильно походил на самого Григория Строганова. А писал образ, по-видимому, его крепостной художник, обучавшийся живописи в Италии, Стефан (Степан) Нарыков. Однако Строганов не дождался конца постройки храма. Все лучшие мастера были отозваны на начавшееся строительство новой столицы – Санкт-Петербурга. Одновременно Петр запретил по всей стране возведение каменных зданий. Императорский указ был отменен лишь в 1721 году.
Строганов становится полновластным хозяином в Поволжье и прилегающих районах. Однако здесь его торговля, несмотря на впечатление, которое она производила своим размахом на иностранцев, происходила далеко не так безоблачно, как это могло казаться со стороны. Местные власти чинили большие препятствия свободному прохождению товаров. Строганов терпел громадные убытки, и нужны были его авторитет, богатство и связи в местной и приказной администрации, чтобы преодолевать бесчинство воевод, а позднее и губернаторов, не знавших удержу своему стяжательству. В Кашире, на Оке, как только подплывали к заставам нагруженные солью струги его и «купецких всякого чина людей», их останавливали и находившихся на судах кормщиков, подрядчиков и работных людей отводили в город, где сажали в острог и держали до тех пор, пока хозяева не давали за них выкуп. Так же действовали и в других городах. В Белеве воевода просто перегородил реку толстым канатом, не пропуская купеческие караваны без выплаты дани. Челобитные, подаваемые на имя царя, не действовали, так как подобное самоуправство воевод, по мнению царских властей, способствовало пополнению местной казны.
Но и Строганов в своих вотчинах являлся полновластным хозяином, на которого не было управы. Так, в 1693 году в Сольвычегодске по его указу, зачитанному собравшемуся народу, били батогами нещадно, сняв рубаху, на площади перед приказной избой крестьянина Степана Пустынникова. Вся же его вина заключалась в том, что он «по совету с малыми людьми» осмелился послать на царское имя жалобу на Строганова.
Нередко крестьяне бежали из владений Строганова в глубь Сибири целыми общинами, вступая в настоящие сражения с хозяйскими преследователями. Об одном из них рассказывает докладная, посланная в Сибирский приказ: «И в нынешнем 1700 году в генваре и в феврале месяце семей с двести и больше из Пермских, Чусовских его вотчин, отбиваясь от людей его боем и стреляя из ружья и из луков, пошли явно в те же сибирские городы на вечное житье…»
