Численность реестрового казачества была невелика — в разное время она колебалась от 1 до 8 тысяч человек, так что «реестр» явно не мог вместить всех желающих. Кроме того, при возникновении угрозы войны с турками или с Москвой польский сейм обычно санкционировал увеличение казацкого войска, но как только опасность ослабевала — польские гетманы жестко требовали исключения из числа казаков всех, набранных сверх численности «реестра». Таким образом, нереестровые казаки (беглые крестьяне) вновь становились объектом преследований «кресовых» (от польск. kresy — окраины) панов. Одновременно под влиянием роста крепостного гнета в Речи Посполитой число беглецов на Низ постоянно росло, а народец этот был буйным. Масла в огонь добавило заключение Брестской церковной унии 1596 года, когда большинство православных епископов Речи Посполитой во главе с киевским митрополитом признали верховную власть папы римского и приняли католическую догматику. Казаки активно поддержали борьбу православных мещан и шляхты против унии. Отныне они поднимались на борьбу не только за свои сословные права, но и под знаменем защиты православия.
В 1644 году Богдан Хмельницкий в чине полковника реестрового казацкого войска и как влиятельный член казацкого посольства к польскому королю участвовал в переговорах с французским послом графом де Брежи, который хотел уговорить лидеров казацкого войска принять участие в войне Франции против Испании. Во французских архивах сохранились письма де Брежи к своему королю, в которых он сообщает, что Хмельницкий — «человек образованный, умный, прекрасно владеющий латынью…» (Хмельницкий хорошо говорил на турецком, татарском и русском языках, писал и свободно говорил на латыни и по-польски). Вообще, посол угадал в Хмельницком будущего казацкого вождя и гетмана украинской державы. Королю о Хмельницком он писал неоднократно и сообщал, что «если войны с турками не будет, Хмельницкий готов помочь мне в этом деле». В общем, ради денег и власти Хмельницкий был готов на многое.
В 1647 году православный украинский шляхтич Богдан Зиновий Хмельницкий, у которого его враг поляк Даниил Чаплинский сжег хутор, похитил любимую женщину и женился на ней по католическому обряду, не найдя поддержки у властей, бежал на Запорожье. Будучи выбранным там гетманом (старшим) и заручившись поддержкой крымских татар, в 1648 году он начинает войну против Короны польской, быстро переросшую в гражданскую (национально-освободительную) войну украинского народа против засилья польской знати и тесно сотрудничавших с ней евреев. Эта война до основания потрясла устои Польско-Литовского государства и сильно повлияла на его дальнейшую судьбу.
Совместное казацко-татарское войско сразу же разбило поляков при Желтых Водах и у Корсуни, после чего восстание охватило все восточное Приднепровье. Далее казацкие отряды Хмельницкого одерживают победу за победой и в короткий срок очистили от польских войск все Левобережье Днепра, Киевщину и Брацлавщину. Отряды крестьян, горожан и казаков под предводительством атаманов Кривоноса, Гани, Морозенко и старшего сына Богдана Хмельницкого Тимофея громили польские поместья, убивали католиков и евреев, оскверняли и уничтожали без пощады костелы и синагоги. Даже православные ремесленники и торговцы, как отмечали современники, часто гибли лишь за то, что носили польское платье или же брили себе голову по польскому обычаю. Запорожское войско Хмельницкого быстро росло, а мещане украинских городов устраивали ему торжественные встречи как освободителю от «ляшской» (польской) неволи.
Другой характерной особенностью казацкой освободительной войны была ее ярко выраженная антисемитская направленность, во многом принявшая форму геноцида. Такие вещи нельзя оправдать, но просто так они тоже не рождаются. Причину в данном случае, видимо, можно назвать одну — «достали». Массово Польское королевство и Великое княжество Литовское стали принимать евреев в пору гонений на них в Западной Европе, тоже весьма жестких. Причем еврейские общины в Речи Посполитой пользовались немалыми льготами, включая судебную экстерриториальность, которых и в помине не имели ее коренные жители. Иудеи составляли очень значительную и влиятельную часть городского и местечкового населения страны. Многие из них были богаты и политически влиятельны, так как ссужали деньгами и государство, и лично власть имущих под немалые проценты и залог их собственности. А чтобы вернуть долги с прибылью, в последующем эту собственность нещадно эксплуатировали сами или заставляли это делать своих должников, усугубляя в конечном счете тяготы простого населения — крестьян, мещан, купеческого сословия и даже шляхты. Одним словом, от еврейского ростовщического капитала в немалой степени страдали все, поэтому восставшие воспринимали евреев как польских ставленников и кровопийц, которые теперь наконец-то должны ответить за все — и за грехи своих хозяев, и за собственные деяния.
