По всей стране шел дележ. За каждый квадратный сантиметр земли боролись, торговались и обманывали. Крестьянские восстания вспыхивали и подавлялись с применением военной силы. Студенты жаловались на отсутствие академических свобод и наталкивались на радикально-социалистические идеи, которые высказывали такие идеологи, как Александр Герцен или Михаил Бакунин. Александр был столь же мало подготовлен к такому развитию событий, как и администрация. Он, правда, склонялся к терпимости, однако выйти из затруднительного положения умел только за счет репрессивных мер. Прием в университеты был сокращен, консерваторы пришли на место либерально мыслящих реформаторов. Всем следившим за русской внутренней политикой казалось, что назначение Петра Валуева министром внутренних дел было сигналом того, что рассматривавшиеся в качестве либеральных реформы будут пущены по умеренно-консервативному руслу.
Императрица была в страхе, опасалась нововведений и поддерживала консервативные силы. Когда в Москве и Петербурге дело дошло до поджогов, а в Польше разразилось восстание, она предостерегала, что «это начало выполнения революционной программы». Она требовала энергичных мер восставших. Царь Александр действительно приказал схватить нарушителей спокойствия и вплоть до 1863 года жестоко подавлял Польское восстание. Императрица Мария также опасалась Польского восстания, потому что русские акции по его подавлению вызывали протесты Австрии, Пруссии, Англии и Франции. Кроме того, «неполитизированная» царица видела угрозу отношениям, осуществлявшимся с английскими предпринимателями благодаря строительству железной дороги от Москвы до Севастополя. Барон Ротшильд также намеревался участвовать «50 миллионами в нашем займе». Поэтому необходимо было «окончательно закончить с Польшей». Брат Марии Александр Гессенский и Рейнский выполнил свое русское поручение, успокоил Англию и Австрию, не было европейской войны, поляки умирали под градом огня русских пехотинцев, а международный консорциум смог финансировать железнодорожное строительство, отсутствие которой ранее внесло свой вклад в поражение русских в Крымской войне!
Политика реформ Александра послужила причиной развития общества и вызвала появление движений, которые в долгосрочной перспективе могли поставить под сомнение принцип самодержавия. После упорной борьбы университеты получили полную автономию. Школы освободили от надзора Священного Синода. Возникли ориентированные на будущее реальные гимназии. Государство назначало стипендии способным ученикам и студентам. 20 ноября 1864 года после двухгодичной подготовки была проведена судебная реформа. Реформа соответствовала многим отличительным чертам современного западноевропейского судопроизводства. В 1864 году появились земства — собрания, заседавшие наряду с прежними дворянскими собраниями, председатели которых избирались натри года и которые заботились о многочисленных региональных проблемах в сфере образования, здравоохранения и социального обеспечения. Подобные местные структуры были созданы и в городах.
Вместе с реформами шла индустриализация. Строительство железных дорог мобилизовало хозяйство. Рядом с государственными монополиями развивались частные промышленные предприятия. В страну начался приток иностранного капитала. Происходили невиданные до сих пор структурные изменения в экономике. Крестьяне устремились в города и промышленные поселки, они выходили из деревенской общины и создавали ядро будущего промышленного пролетариата. Сопровождавшие реформу структурные изменения неизбежно оказывали воздействие и на армию. Александр нашел в Дмитрии Милютине выдающегося человека для военной реформы: срок службы был сокращен до 16 лет, введена всеобщая воинская повинность.
Реформы подняли вопрос о центральном и выборном парламентском органе. Было разработано предложение о неком учреждении для обсуждения важных законов и стратегий, члены которого должны были частично выбираться из народа. Эта мысль была единогласно отвергнута Советом министров, и император пока отказался от нее. Реформа натолкнулась на свои же границы.
Императорская семья находилась в замешательстве в связи с реакцией на реформы. Столь же шумными, как и нигилистические листки, были и патриотически-консервативные органы, и впереди всех издатель «Московских ведомостей» Михаил Катков. Он презрительно-иронически упрекал императора в том, что теперь он видит последствия своих бессмысленных реформ. Несмотря на аресты, выступления и реакцию, сражение неумолимо продолжалось и настолько взволновало императорскую семью, что наметились новые черты в личностном развитии императора, его супруги и в их браке.