Проникшие в Кремль стрелецкие полки поначалу, казалось, действовали совершенно бесконтрольно. Их лозунг был просчитан: они прорывались к кремлевским дворцам и кричали, что Нарышкины убили больного царевича Ивана. Злодеяние должно искупить кровью. Слабоумный Иван, о котором никто всерьез не заботился, находившийся за пределами различных властных интересов, сразу стал центром происходящего. Сторонники Софьи привели трясущегося от страха Ивана из его комнаты. Наталья сразу же велела привести и маленького царя Петра, и обе партии показали мальчиков неистовствующей, вооруженной до зубов толпе. На мгновение стрельцы застыли в нерешительности, затем их кровожадность беспрепятственно проложила себе путь в определенном направлении. Она втянула в смертельную пучину Артамона Матвеева и других сторонников и друзей Нарышкиных. Софья очень энергично сопротивлялась этому натиску, и возникло подозрение, что Матвеев и злодейски убитые братья Натальи были только жертвой в игре.
Жажда крови была утолена, и Софья взяла бразды правления в свои руки. Стрельцы прислушались и ограничились компромиссом: обоих — Петра и Ивана — провозгласить царями. До совершеннолетия Петра Софья осуществляла регентское правление. Клир и Дума в сложившейся ситуации могли только подчиниться воле стрельцов. В то же время Софья поняла, насколько ненадежной была поддержка стрельцов, недооценивала она и Наталью Нарышкину. Сначала она воспрепятствовала единоличному правлению Петра и 29 мая 1682 года официально объявила себя регентшей.
Софья была не первой регентшей на Москве. За малолетних отпрысков уже правили Елена Глинская, Ирина Годунова, Мария Скуратова и Наталья Нарышкина. Всегда речь шла о временном состоянии, которое, кроме того, официально едва ли подтверждалось. Вступление этих регентш каждый раз было косвенным доказательством того, что царские жены пользовались особым уважением или были готовы после смерти своего супруга самостоятельно вести активную государственную политику. В отличие от предыдущих правительниц, Софья не была женой царя и хотела долго править сама, хотела установить самостоятельную, автократическую власть и, если будет возможно, самой стать русской царицей.
Софья собрала вокруг несколько доверенных людей, среди которых были и близкий ей с детства дядя Иван Милославский, и князь Василий Голицын, который, как говорили, был любовником Софьи. Он стал и министром-казначеем и министром иностранных дел. Другой фаворит фактически выполнял задачи премьер-министра. Особенно серьезно Софья раздумывала о должности военного министра. Стрелецкий вопрос следовало решить быстро и основательно. Большим влиянием среди стрельцов пользовался князь Иван Хованский. Хованский, красивый и богатый, предполагал, что сможет жениться на Софье. Он не был сторонником Нарышкиных. Софья была охвачена сомнениями. Тщеславие Хованского и чересчур близкие отношения со стрельцами наполняли ее беспокойством. Однако он был блестящий воин. И в конце концов он был назначен, хотя в глубине души Софью мучило недоверие. (В. В. Голицын стал главой правительства, И. А. Хованский получил под начало Стрелецкий приказ, И. М. Милославский — Иноземный и Рейтарский приказы. —
Со времени реформ патриарха Никона едва прошло три десятилетия. Староверы, которые придерживались исконно русских традиций и находились в оппозиции государству, имели в лице стрельцов сильную поддержку. Староверы и стрельцы видели в выдвижении Хованского повышение значимости своего положения во власти. Они не видели тактической одаренности Софьи. 5 июля 1682 года регентша созвала в Кремль на диспут православных и староверов. Стрельцы должны были обеспечивать спокойствие и порядок. Дебаты закончились рукопашной. Софья хотела изгнать из зала староверов и тем спровоцировала стоявших на страже стрельцов. Зазвучали угрозы против правительницы. Организовала ли Софья инцидент или она ловко отреагировала на развитие ситуации, вновь осталось неясным. Известно, что после этого происшествия она собрала вокруг себя коронованных братьев Петра I и Ивана V, доверенных лиц, членов семьи и друзей. Софья объявила, что в Кремле больше нельзя поручиться за безопасность царей, правительницы и двора. Вся свита покинула Москву, двинулась с небольшими интервалами от резиденции к резиденции и от монастыря к монастырю. Софья говорила о заговорах против священных персон царей и регентши. Хованский угодил в ловушку, которая была расставлена в результате отъезда двора. Все происходящее покоилось на соглашении, заключенном Софьей 5 июля с патриархом Иоакимом, Натальей Нарышкиной (!), а также царскими дочерями Татьяной Михайловной и Марией Алексеевной. К этому времени на московском царском дворе не было сильного мужчины и Москвой правили женщины.
