Правительница стояла перед серьезной проблемой. Ее приверженцы среди Милославских и Голицыных придерживались того мнения, что для факта регентства достаточно существования царя Ивана V, который обеспечивает главенство семьи. Одновременно у Софьи было много врагов в Боярской думе, потому что она принадлежала к Милославским, потому что она была умной и уверенной в себе, потому что Голицын потерпел поражение в Крымских походах и потому что Петр с Нарышкиными хотели единоличной власти. Софья не была коронована. Этот факт тяготил ее. Только с преданным ей дворянством она ничего не могла сделать. Софья должна была ограничиться тем, чтобы держать в поле зрения подросшего Петра и его мать и по их поведению определять собственные шансы на сохранение власти. Это было изнурительно, трудно и рискованно. Софья знала все о повседневной жизни 15-лет-него Петра и его двора в Коломенском и Преображенском. Она знала о его пристрастии к солдатам, кораблям, техническим новинкам, иностранцам и жизнерадостным женщинам. Она знала его ум, энергию и дикость, его буйный нрав и несдержанность, его неожиданные приступы гнева. Знала правительница и Наталью Нарышкину. Софья боялась того дня, когда Петр заявит о своих властных притязаниях. Сначала Петр внезапно появлялся на заседаниях Думы. Он дико озирался, не говорил ни слова и исчезал так же немотивированно, как и появлялся. После первого Крымского похода Петр отказал полководцу Голицыну в аудиенции. Софья попыталась смягчить проблему ироническим замечанием: «Мой брат, вероятно, сильно занят с укреплениями и кораблями». В действительности ее беспокойство росло день ото дня. Несмотря на весь свой ум и тактическую ловкость, она не знала, ни в какой момент, ни с какой стороны нападут Нарышкины. Войско еще было на ее стороне. Но насколько прочен союз с солдатами, Софья знала с тех времен, когда она сама добивалась регентства.
Столкновение последовало 8 июля 1689 года. Софья не хотела отказываться от власти, потому что она властью обладала и потому что она, конечно, не считала Петра способным править. Конфликт между волей и самоотречением парализовал ее решимость. Она утратила сначала свое тактическое чутье и затем — регентство.
Июльской ночью 1689 года Петр получил в Коломенском дворце известие о готовящемся покушении на свою жизнь. В панике он бежал из Коломенского и нашел для себя готовое укрытие в расположенном неподалеку Троице-Сергиевом монастыре. Хотя, как говорят, доверенные лица Софьи Шакловитый и Медведев и разработали план, как заставить Петра отказаться от трона, но они решительно отрицали покушение на убийство. Здесь есть определенная логика. Если бы Софья намеревалась отдать приказ убить Петра, она не стала бы дожидаться, пока он достигнет совершеннолетия. Какими бы ни были мотивы поведения обеих сторон, событие наметило решающий поворотный пункт во властно-политических противоречиях между правительницей Софьей Алексеевной и царем Петром Алексеевичем — между враждующими сводными братом и сестрой и их сторонниками.
Патриарх Иоаким распространил слух, что Петр решил исправиться. Софья немедленно поклялась, что речь идет о будничной семейной ссоре, о безделице: царь извинится перед старшей сестрой за свой неподобающий поступок. Петр не отреагировал, и общие настроения медленно оборачивались против Софьи. Борьба за власть стремительно завершилась после того, как Софья с надеждами на примирение отправилась в Троице-Сергиев монастырь и в пути получила от солдат Петра приказ вернуться в Москву. У Софьи не было другого выбора, кроме как подчиниться.
1 сентября 1689 года — в первый день нового года по старославянскому календарю — Софья предприняла последнюю попытку спасти свою власть.
Она обратилась к толпе народа на Красной площади и отвергла все упреки в том, что пыталась убить брата. Москвичи слушали ее молча. Никто не поднял меча, топора или мушкета в ее защиту. Полки один за другим покидали Софью и вставали на сторону Петра. В сущности, это была больше не драма, а простая замена, которая восстанавливала запоздавшую династическую справедливость. Вся сцена и приблизительно не была так скандальна, как в 1682 году, когда Софья принимала регентство.
Василий Голицын торопил Софью с бегством за границу. Но регентша доказала свое историческое величие, проявила кровь Романовых или мужество отчаяния: «Я царская дочь. Покинуть сейчас мою страну означало бы только признать вину, в которой меня упрекают. Я остаюсь там, где я есть и чему я принадлежала всю свою жизнь». Это был широкий жест, но он соответствовал дальнейшему поведению Софьи. Петр велел поместить свою сводную сестру в Новодевичий монастырь. Она не оказала сопротивления. Она больше никогда не получила свободы, и никто не видел больше Софью открыто. Ее дальнейшая жизнь была окружена высокими стенами молчания и сокрытия.
