Петр I назначил комиссию по расследованию. Пытками и принуждением доказывали «вину» Софьи. Не было вины, и не было виноватых. Но все приверженцы и друзья Софьи должны были умереть. Только Василий Голицын сумел спасти свою жизнь в обмен на изгнание. Замученные пытками люди признались, что существовал план низложения Петра. Но признания в заговоре с целью убийства даже под пытками не добились ни от одного из ставших жертвами преступников.
Для Софьи эти годы проходили в монастыре. Царь Петр был злопамятен. Исполненный мести, думал о сестре. Девятью годами позже, в 1698 году, Петр как раз находился с «Великим посольством» в Западной Европе, стрельцы вновь восстали. Петр устроил невероятную «кровавую баню», которая напомнила о страшных преследованиях времен Ивана Грозного. Вновь следовало доказать, что Софья была инициатором восстания. Доказательств представить не смогли. Разумеется, у мятежных стрельцов были те или другие мысли о том, чтобы возвести на трон Софью вместо Петра. Но не Софья была зачинщицей этих протестов. Царь Петр сделал последний шаг. Он не приказывал убить свою сестру, он велел постричь ее в монахини. Она закончила свою жизнь в 1704 году в монастыре как сестра Сусанна. Забытая миром, для которого она когда-то была олицетворением блеска и достоинства Русского государства. На условиях ее жизни, правда, не отразились достоинство и уважение, с которым в России обычно относились к монахиням.
Энергичная, умная, дальновидная и глубоко вросшая в традиции своего народа и автократию, Софья расширила путь русской аристократки в современность. По своей сущности она полностью была Романовой, со всеми преимуществами и недостатками собственного понимания власти. Они не вызывали произвольных и безудержных вспышек ярости. Самим способом взятия власти она создала модель, на основе которой осуществляли дворцовые перевороты императрицы XVIII века, как бы ни были различны конкретные временные обстоятельства. Но что все это значит? На самом деле царь Иван IV или царь Петр I были не более разборчивы в выборе средств. «Преступление» Софьи было благом для Русского государства. Оспорив сначала права Петра на единоличное правление и мудро управляя сама, она воспрепятствовала тому, чтобы энергия слишком юного сумасброда была распылена в соперничестве Милославских и Нарышкиных. Великий реформатор должен был созреть, и когда он взял власть, семейные распри были уже менее драматичны по сравнению с предшествовавшими годами. Наконец остается неоспоримым факт, что Софья была первой регентшей Московского государства, которая смогла добиться исторического величия и самоутверждения.
Правление Софьи означало коренное изменение в истории русской правящей династии. Впервые женщина выступила открыто и публично. Современники и позднейшие историки считали Софью жертвой ее сводного брата Петра Великого. Ее историческое положение вытекало из политической истории. Предшествовавшие царицы и регентши, да и сама Наталья Нарышкина находились слишком в тени своих супругов, чтобы им была отведена столь самостоятельная роль. Она вынуждена была отступить, в жизни и в истории, перед могущественной тенью Петра и его историческими притязаниями. Образ Софьи слишком часто соизмерялся только с образом Петра, и она представляется бессовестной интриганкой, камнем преткновения на безостановочном пути великого Петра. Этот образ не учитывает ни ее личность, ни ее регентство, ни ее многолетние отношения с Петром и Иваном.
Она была самостоятельным и деятельным человеком, которому отводится свое, особое место в истории России. Она потерпела поражение из-за переизбытка надежд, из-за традиций автократического принципа и стремления Петра к власти. Она была интересной личностью, соединившей в себе многие отличительные черты, характерные для XVII века в Европе и в России, и чьи страстные желания разбились о несовершенство Русского государства. Она была Романовой по происхождению и по характеру.
А что же Наталья Нарышкина? В остававшиеся ей годы жизни она сосредоточилась на укреплении позиций Петра. Она должна была вновь и вновь доставать деньги, прощать Петру его разгульный образ жизни и заниматься поисками для него достойной партии. Она не справилась со своими неистощимыми притязаниями. Женитьба Петра оказалась ошибкой, в результате закатилась звезда и инициатора этого несчастливого брака. Когда в январе 1694 года Наталья Кирилловна Нарышкина умерла, Петр ожидал новый голландский корабль и поэтому не принял участия в похоронах. Так обошелся Петр Великий с обеими женщинами, способствовавшими его приходу к власти: Софья закончила свою жизнь государственной преступницей в монастыре, а собственную мать он наказал пренебрежением.
