В стране же все выглядело по-другому. Крестьян, башкир, казаков, раскольников, всех недовольных сплотил слух: Екатерина приказала убить Петра III, потому что он хотел дать свободу крестьянам и всем угнетенным народам. Достаточно было искры, и разразилась гроза. Эту роль взял на себя вольный человек с Дона — Емельян Пугачев. Будучи беглым казаком, он продвигался от польской границы до Урала. Казак был уволен из армии из-за постоянных нарушений дисциплины. Пугачев знал о заботах и нуждах людей в деревнях и городах. Он умело использовал мятежный дух и ловко вошел в роль Петра III. Осенью 1773 года как счастливо воскресший царь (Петр III) Пугачев поднял восстание, которое в течение нескольких недель охватило бассейн Волги и Урал. Люди всех низших слоев бежали к нему. Он обещал каждому то, что он хотел услышать. Самара, Пенза и Саратов стали жертвами мятежников. Помещиков, офицеров и государственных чиновников убивали вместе с женами и детьми.
Екатерина был несказанно удивлена разразившимся кризисом. Чернь с убийством и пожаром проникла в светлый мир просветительских идеалов и придворных церемоний. Екатерина быстро очнулась от своих грез. Но не проблема социальной несправедливости тронула ее. Она не понимала бунта. Екатерину не интересовало то, что страна была в огне. Она была уверена, что в течение короткого времени восстание будет подавлено. Ее размышления шли в двух направлениях: как мятежники могли отважиться посягнуть на образ Екатерины как единственной хранительницы всеобщего блага? И что подумают за границей о «Семирамиде Севера»? 10 декабря 1773 года Екатерина писала близкому ей губернатору Новгорода Иоганну Якобу Сиверсу: «Два года назад я имела чуму в сердце империи, на границе у Казани я имею чуму политическую, которая загадывает нам загадку… В любом случае это закончится повешением. Но какая это перспектива для меня, которая не любит вешать. Европа в своем мнении отбросит нас во времена царя Ивана Васильевича, именно такой чести нам следует ждать от этой презренной подлости». Генерал Александр Бибиков, которому было поручено подавление восстания, получил приказ «уничтожить этих преступников, которые позорят нас перед всем миром». На запросы со «всего мира» о том, какая опасность исходит от «пугачевщины», Екатерина пыталась разыгрывать уверенность в себе: это только газеты подняли так много шума вокруг разбойников, которых ежедневно ждет веревка! Только после того как в июле 1774 года после заключения мира с Турцией в распоряжении оказались опытные части, войско «Петра III» смогло разбить восставших под Царицыном на Волге. Пугачев был выдан его же людьми. 10 января 1775 года в Москве он был публично обезглавлен.
Никто не смел больше упомянуть имени мятежника. Связанные с этими событиями места, как, например, Яицкий городок, получили новые названия (Уральск). Последовали массовые репрессии против участников восстания. После Пугачевщины Екатерина окончательно оставила свои обширные помыслы о либерально окрашенных и обязанных духу просвещения реформах. Она ограничила просвещение только собственным духовным чтением, личной ученой перепиской с европейскими просветителями и настоящим потоком бумаги, которую она исписывала более или менее блестящими мыслями. Екатерина, как и другие русские цари, имела первый период реформ, который в ее конкретном случае был тесно связан с просвещением. Этот период сменился в 1775 году консервативным правлением.
В последующие годы царица сохраняла высокую работоспособность. Ее служба России и собственному историческому величию распространялась не только на мечту о просветительской европеизации России. Ни одна дата не запечатлелась в ее сознании более отчетливо, чем 7 августа 1782 года, тот день, когда на Сенатской площади Санкт-Петербурга был снят покров с конной статуи, которую украшала программная надпись: «Petro Primo Catharina Sekunda» — «Петру Первому Екатерина Вторая». Понятие «Великая» было предложено Екатерине относительно рано, в связи с подготовкой Уложенной комиссии. Действительно великой она стала позднее. На Босфоре она открыла дверь к «язычникам», а в Польше создала европейский палисадник для русского дома. В этом она нашла самую активную поддержку просвещенных умов Европы.
Личная радость от власти и остроумного разговора, пышность и блеск, патриархальная благотворительность для русских подданных и величие империи — это были максимы Екатерины, которым подчинялось все ее правление. Империя должна была расти и выйти из изолированного положения, присоединившись к Европе. Петр I приступил к делу с традиционно древнерусской целью о побережье Балтийского моря. Екатерина по духу и воспитанию была европейкой, которая сделала традиции России своим делом и стремилась поднять Россию до уровня всеми признанной великой европейской державы. Для нее больные места на пути России в Европу находились в Польше и Турции. Оба проблемных поля оказались тесно переплетенными.