Спасательными германскими самолётами спасено в море 109 человек. Потери самолётов, базировавшихся в Крыму, составили: два самолёта подбиты советскими истребителями, один подбит своим зенитным огнём, два разбиты на земле, два пропали без вести. 76 поврежденных самолётов, которые невозможно было вывезти на материк, были уничтожены на аэродроме. Из самолётов, действовавших с материка, два пропали без вести, один сбит советскими ночными истребителями.
После принятия решения об эвакуации, в ночь с 8 на 9 мая внимание всех обратилось в сторону флота. От него теперь зависело спасение или гибель 17-й армии.
С 12 апреля по 8 мая из Крыма в Констанцу и Сулину были перевезены 64 563 солдата, 9424 раненых, 11 358 гражданских лиц и 4260 военнопленных.
К эвакуации своих войск из Крыма немцы привлекли практически все суда и плавсредства, имевшиеся у них на Чёрном море. Впервые за войну в районе Севастополя активно действовали румынские корабли, включая эсминцы. Ранее же по политическим соображениям Антонеску запрещал им заходить так далеко. (А может, боялся потерять свой флот?) В любом случае, в 1941–1943 гг. румынские корабли действовали у своего побережья и лишь иногда сопровождали конвои до Одессы и Николаева, хотя, впрочем, эти города румыны считали своей территорией.
В связи с наступлением советских войск 1-я флотилия торпедных катеров была переведена из Иван-баба (Двуякорной бухты) в Констанцу, однако часть её продолжала действовать с временных баз в Балаклаве и Севастополе. Её катера использовались прежде всего для дальнего охранения конвоев и прикрытия транспортных путей. При повторяющихся боевых столкновениях с советскими катерами успеха достигнуто не было, так как после открытия огня противник уклонялся от боя.
В свою очередь 19 апреля советские торпедные катера Г-6, № 313, 331, 332, 343, 344 и 353 перешли из Анапы в Ялту для действий на коммуникациях противника в районе Севастополя.
Успешным могло быть применение реактивных снарядов по береговым целям. Но их наши катера по объектам у Севастополя использовали лишь два раза. Так, 23 апреля два катера выпустили реактивные снаряды по району Константиновской батареи. А 29 апреля торпедный катер № 126 выпустил 24 снаряда М-13 по аэродрому на Херсонесе.
Кроме этого, наши корабли не оказывали никакого огневого воздействия на противника в районе Севастополя. Зато 3-я немецкая флотилия артиллерийских барж применялась близ Севастополя для обстрела советских позиций на северном фронте обороны.
30-я флотилия германских подводных лодок (шесть лодок II серии) с 30 июня 1943 г. по 16 января 1944 г. потопила два танкера – «Эмба» и «Валян Куторы» – и шхуну «Тонанс». А в конце апреля – начале мая германские подводные лодки ожидали у Поти, Батуми и Туапсе выхода в море советских кораблей, но, увы, никто из них идти к берегам Крыма не собирался. За неимением лучшего одна из лодок – U-9 – атаковала конвой, шедший из Сухуми в Туапсе. Выпущенная ею акустическая самонаводящаяся торпеда поразила корму сторожевого корабля «Шторм». Корабль разломился надвое, кормовая часть утонула, а носовую удалось отбуксировать в порт Туапсе.
В полночь с 9 на 10 мая командующий 17-й армией генерал Альмендингер и его начальник штаба генерал-майор Ксилендер сели на торпедный катер S-51 и покинули Крым. Командование войсками на Херсонесском плацдарме принял командир 49-го армейского корпуса генерал Хартман.
В течение 10 мая советские войска продолжали атаки херсонесской позиции. Немцам с трудом удалось их отбить. Усилились огонь советской артиллерии и налеты авиации. Большая часть мест для погрузки была расположена в Казачьей и Камышовой бухтах. Поскольку эти пункты находились в центре позиции, они очень хорошо подходили для главных погрузочных пунктов. Большие транспорты, которые сами не могли подойти к пристаням, должны были становиться у входа в бухты, а погрузка на них должна была осуществляться с паромов 770-го саперно-десантного полка. Причалы защищали лёгкие и тяжёлые зенитные батареи 9-й зенитно-артиллерийской дивизии.
К концу дня 12 мая большая часть германских войск на мысе Херсонес во главе с командиром 73-й пехотной дивизии генерал-майором Беме сдалась в плен.
В ночь с 12 на 13 мая с херсонесского побережья и с подручных плавсредств торпедными катерами были подобраны ещё 83 человека. В последующие две ночи немецкие катера предприняли ещё два поиска, оказавшихся безуспешными. Сражение 17-й армии за Крым было закончено.