В 1903 г. Джавахишвили переехал в Тбилиси, где занялся литературной работой. В газете «Цнобис пурцели» был опубликован его первый рассказ под названием «Чинчура». В 1904 г. Джавахишвили стал одним из редакторов газеты «Иверия», основанной Ильей Чавчавадзе, ставшим к этому времени депутатом Государственной думы от Грузии. В этой газете Джавахишвили стал печатать свои рассказы. Уже через два года он становится редактором газеты «Глехи», что в переводе означает «Крестьянин», резко выступающей против политики правительства, – напомню, что это был 1906 г. – время первой русской революции.
Газету закрыли, а редактора отдали под суд. Джавахишвили бежал на запад и до 1909 г. перемещался по таким странам, как Швейцария, Италия, Германия, Англия, Австралия, пока на год не осел в Париже, где посещал лекции в Сорбонне. С 1909 г. Джавахишвили, вернувшийся на родину, издает журнал «Эри» (Нация), в котором выступает за предоставление больших свобод для грузинского народа. «Эри» так же, как в свое время «Глехи», закрыли, на этот раз редактор был посажен в Метехский замок – известную грузинскую тюрьму – где провел год. После освобождения он был выслан в Ростов-на-Дону. В этом городе писатель работал инспектором страхового общества. Как представитель этой организации, он в 1912 г. вернулся в Грузию и отошел от литературной деятельности. Началась Первая мировая война, и Михаил Джавахишвили, уже в качестве представителя Красного креста, оказался в Иране. Во время грузинской независимости Джавахишвили вновь приезжает в Грузию, и в 1921 г. становится членом Национально-демократической партии Грузии, входившей в коалиционное правительство Ноя Жорданиа. Когда 11-я армия большевиков заняла Тбилиси, Джавахишвили помог отступавшей грузинской армии и правительству эвакуироваться из Батуми в Турцию. Сам он, однако, решил остаться в Грузии, в 1921–1922 гг. заведовал финансово-экономическим отделом Комиссариата внешней торговли.
После освобождения из камеры смертников в 1924 г., вновь обратившийся к литературе Джавахишвили был председателем правления Литфонда, членом президиума грузинского Союза писателей, а в 1930-е гг. и членом правления Союза писателей СССР. Несмотря на большой успех его произведений – в 1930-е гг. был издан его четырехтомник, а за «Арсена из Марабды» Джавахишвили даже получил правительственную награду – пролетарская и марксистская критика нападала на писателя за то, что героями его произведений были не честные труженики, а авантюристы и деклассированные элементы. Так же, как и Робакидзе, с которым Джавахишвили подружился в конце 1920-х гг., Джавахишвили был белой вороной в грузинской литературе. Как отмечает историк грузинской литературы Дональд Рейфилд, не было преступлений, в которых бы не обвиняли писателя завистники. Одним из самых нелепых обвинений было то, что невестка писателя работала трамвайным кондуктором в Фессалониках.
Общим же стало обвинение писателя в порнографии. На самом деле Джавахишвили переводил на грузинский язык произведения Ги де Мопассана, влиянием которого отмечены некоторые его работы. В конце концов писатель попробовал написать произведение в духе социалистического реализма «Путь женщины», героиня которого большевичка – выходец из буржуазной семьи, влюбляется в верного сталинца, рабочего Зураба. Зураб приказывает героине (действие произведения происходит во время революции 1905 г.) познакомиться и сблизиться с жандармским офицером Авшаровым, а затем убить его как врага пролетариата. Это произведение тоже подверглось критике за обаятельный образ жандарма и приравнивание большевиков к террористам. Берия, который пришел в Грузии к власти в начале 1930-х, в начале покровительствовал Джавахишвили. Его произведение «Арсен из Марабды» было несколько раз переиздано, переложено в пьесу – автором инсценировки, кстати сказать, стал другой писатель Сандро Шаншиашвили. Пьеса с успехом была поставлена в театре Руставели режиссером Сандро Ахметели. Джавахишвили даже провели электричество, что в 1933 г. было в Тбилиси в частных домах редким явлением.